Las elecciones municipales de Trujillo de 2006 se llevaron a cabo el 19 de noviembre de 2006 para elegir al alcalde y al Concejo Provincial de Trujillo para el periodo 2007-2010. La elección se celebró simultáneamente con elecciones regionales y municipales (provinciales y distritales) en todo el país.

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Elecciones municipales de Trujillo de 2006 Municipalidad Provincial de Trujillo
Fecha						19 de noviembre de 2006
Tipo						Municipal
Lugar						Trujillo
Cargos a elegir						Alcaldía Provincial de Trujillo 15 escaños del Concejo Provincial de Trujillo
Período						2007 - 2010
Demografía electoral
Hab. registrados						520 676
Votantes						450 135
Participación
							86.45 %  2.3 %
Votos válidos						406 557
Votos en blanco						17 614
Votos nulos						25 964
Resultados
			César Acuña Peralta – Alianza para el Progreso
			Votos			229 673  1336.8 %
			Regidores obtenidos						9  9
									56.49 %
			Moisés Arias Quezada – Partido Aprista Peruano
			Votos			116 803  20.6 %
			Regidores obtenidos						5  4
									28.73 %
			Eduardo Cassinelli Rodríguez – Fuerza Democrática
			Votos			25 357  75.4 %
			Regidores obtenidos						1  4
									6.24 %
Alcalde Provincial de Trujillo
Titular José Murgia Zannier Partido Aprista Peruano						Electo César Acuña Peralta Alianza para el Progreso

José Murgia, alcalde desde 1990, decidió no postular a la reelección y, en su lugar, optó por presentarse como candidato a gobernador regional de La Libertad. En su reemplazo, Moisés Arias, entonces alcalde distrital de Víctor Larco Herrera, fue el candidato del Partido Aprista Peruano para la alcaldía provincial. Arias se enfrentó a César Acuña, excongresista y líder del recién creado partido Alianza para el Progreso, quien rápidamente se posicionó como uno de los favoritos en la contienda.

Los resultados fueron sorprendentes: por primera vez en la historia, el aprismo perdió la alcaldía provincial de Trujillo, registrando su peor desempeño electoral. Acuña obtuvo una diferencia a su favor de casi 30 puntos porcentuales, lo que representó más de 200 mil votos, una cifra que sigue siendo, hasta la actualidad, la mayor votación conseguida por cualquier partido en una elección municipal trujillana con la participación más alta registrada, solo superada por la de la elección de 1963. Alan García, líder nacional del aprismo, describió la pérdida de Trujillo como una «puñalada en el corazón».

Asimismo, por primera vez en la historia, el aprismo perdió su hegemonía en los municipios distritales, cediendo varios de ellos al apepismo, incluso aquellos que gobernaba desde las primeras elecciones de 1963. De todos los distritos que había ganado en los comicios anteriores, solo logró conservar Florencia de Mora y sumar uno adicional, Salaverry, obteniendo así sus peores resultados desde 1995. Alianza para el Progreso, en cambio, ganó en más de la mitad de los distritos, incluido el más poblado, La Esperanza. Por su parte, Fuerza Democrática y la coalición Juntos por La Libertad obtuvieron una alcaldía distrital.

Esta elección es considerada como el inicio del declive de la hegemonía aprista en La Libertad y, en general, en todo el denominado «sólido norte», una región tradicionalmente aprista que fue desplazada por el apepismo.