Las elecciones municipales de Trujillo de 2006 se llevaron a cabo el 19 de noviembre de 2006 para elegir al alcalde y al Concejo Provincial de Trujillo para el periodo 2007-2010. La elección se celebró simultáneamente con elecciones regionales y municipales (provinciales y distritales) en todo el país.

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Elecciones municipales de Trujillo de 2006 Municipalidad Provincial de Trujillo
Fecha						19 de noviembre de 2006
Tipo						Municipal
Lugar						Trujillo
Cargos a elegir						Alcaldía Provincial de Trujillo 15 escaños del Concejo Provincial de Trujillo
Período						2007 - 2010
Demografía electoral
Hab. registrados						520 676
Votantes						450 135
Participación
							86.45 %  2.3 %
Votos válidos						406 557
Votos en blanco						17 614
Votos nulos						25 964
Resultados
			César Acuña Peralta – Alianza para el Progreso
			Votos			229 673  1336.8 %
			Regidores obtenidos						9  9
									56.49 %
			Moisés Arias Quezada – Partido Aprista Peruano
			Votos			116 803  20.6 %
			Regidores obtenidos						5  4
									28.73 %
			Eduardo Cassinelli Rodríguez – Fuerza Democrática
			Votos			25 357  75.4 %
			Regidores obtenidos						1  4
									6.24 %
Alcalde Provincial de Trujillo
Titular José Murgia Zannier Partido Aprista Peruano						Electo César Acuña Peralta Alianza para el Progreso

José Murgia Zannier, quien había ocupado la alcaldía provincial de Trujillo de forma ininterrumpida desde 1990, decidió no postular a la reelección. En su lugar, optó por postular al cargo de presidente regional de La Libertad. Como sucesor en la candidatura aprista a la alcaldía provincial fue elegido Moisés Arias, entonces alcalde distrital de Víctor Larco Herrera. Arias se enfrentó a César Acuña Peralta, excongresista y líder del recientemente fundado partido Alianza para el Progreso. La candidatura de Acuña generó gran expectativa desde un inicio, y rápidamente logró posicionarse como uno de los favoritos en la contienda, capitalizando el desgaste del aprismo y presentándose como una alternativa renovadora frente al continuismo político.

Los resultados fueron históricos: por primera vez desde que se instauraron las elecciones municipales en 1963, el Partido Aprista Peruano perdió la alcaldía provincial de Trujillo. La victoria de Acuña fue contundente: logró una ventaja de casi 30 puntos porcentuales sobre su competidor más cercano, acumulando más de 220 mil votos. Esta cifra sigue siendo, hasta hoy, la mayor cantidad de votos obtenida por un partido en una elección municipal en Trujillo, y solo ha sido superada en participación ciudadana por la elección de 1963. La derrota fue tan impactante para el partido de la estrella que el propio Alan García, entonces presidente de la República y líder nacional del aprismo, la calificó como una «puñalada en el corazón».

La caída aprista no se limitó al ámbito provincial: por primera vez, el partido también perdió la mayoría de municipios distritales del área metropolitana de Trujillo, incluso en bastiones que habían sido su fortaleza durante décadas. De todos los distritos que había ganado en las elecciones anteriores, el aprismo solo logró conservar Florencia de Mora y sumar Salaverry, configurando así su peor desempeño electoral desde 1995. En contraste, Alianza para el Progreso obtuvo una victoria arrolladora, logrando la alcaldía en más de la mitad de los distritos, entre ellos La Esperanza, el más poblado de la provincia. Otros partidos, como Fuerza Democrática y la coalición Juntos por La Libertad, también lograron conquistar una alcaldía distrital cada uno.

Las elecciones de 2006 marcaron un hito en la historia política de Trujillo. El triunfo de César Acuña no solo significó el inicio de su ascenso como figura clave en la política regional y nacional, sino que también evidenció el inicio del declive del dominio aprista en La Libertad. Su hegemonía en el denominado «sólido norte», región históricamente fiel a ese partido, empezó a resquebrajarse y a ser reemplazada gradualmente por el apepismo, una fuerza en ascenso que cambiaría el mapa político de la región en los años siguientes.