El 16 de julio de 1809, un grupo revolucionario encabezado por Pedro Domingo Murillo se rebeló contra las autoridades coloniales en la ciudad de La Paz, tomó el control y obligó a las principales autoridades a renunciar a sus cargos, entre ellos al gobernador Tadeo Dávila y al obispo Remigio de la Santa y Ortega. Se trataba inicialmente de un grupo que pedía mayor representación dentro del gobierno colonial, pero poco a poco se convirtió en un movimiento que buscaba la independencia de la región.

Pronto los revolucionarios nombraron nuevas autoridades y formaron una junta para gobernar la región, se decidieron por expandir su poder y sus ideas independentistas para controlar en su totalidad la Intendencia de La Paz. Una vez que conseguirían este objetivo estarían en posición de animar a otras regiones a seguirlos o finalmente negociar con las autoridades coloniales para que les reconozcan su gobierno.

Siguiendo el plan de controlar la región, la Junta nombró nuevos Subdelegados que debían controlar las diferentes provincias. En cuanto a la región de Yungas, fue nombrado Manuel Victorio García Lanza, un importante hacendado de aquél lugar y cuya misión era pasar por todos los pueblos para levantarlos en armas contra la dominación española.

Para evitar cualquier intento de derrocar al nuevo gobierno, la junta decidió expulsar de la ciudad al obispo La Santa. Éste era un personaje con demasiado poder político y un férreo defensor de la corona española, siendo una amenaza para el nuevo gobierno fue expulsado de la ciudad en la madrugada del 24 de julio en compañía de dos esclavos y algo de equipaje. La Santa salió de la ciudad junto a José María Landavere, un criollo que también era expulsado de la ciudad por haber rechazado al nuevo gobierno, ambos se dirigieron a la hacienda Millocato que era propiedad de éste último.

En la ciudad muchos españoles y criollos se habían retirado a sus propiedades en el campo, quedaron otros, que si bien no apoyaban al nuevo gobierno tampoco se habían puesto en contra de éste de forma pública. Entre éstos estaba el capitán español Joaquín Revuelta, había sido maltratado en la plaza la noche del 16 de julio^[1]​ y fue obligado a firmar como testigo en varios documentos. Desde ese día buscó salir de la ciudad en compañía de su esposa e hijos, finalmente recibió permiso para visitar sus haciendas en la región de Yungas y empezó su viaje el 8 de septiembre.

Mientras tanto García Lanza había llegado a Chulumani el 12 de septiembre y ordenó arrestar a todas las autoridades contrarias al nuevo gobierno. El alcalde de Irupana, Esteban Cárdenas, se negó a cumplir esa orden y en cambio llamó a todo aquel que estuviese contra los revolucionarios a refugiarse en ese pueblo. Cárdenas pronto entró en contacto con Revuelta que cambió de destino y se dirigió a Irupana inmediatamente. El 20 de septiembre el obispo La Santa recibe las noticias de la resistencia que se formaba en Irupana y decide unírseles.

El obispo viajó apresuradamente a Irupana, siguió el camino del río La Paz y prácticamente no descansó hasta llegar al pueblo el 23 de septiembre. La Santa fue recibido por Revuelta a las afueras del poblado, quien ya le habían preparado habitaciones para que pueda descansar. El obispo no perdió tiempo y tomó el control de la situación, nombró al capitán Revuelta como comandante de la plaza y al alcalde Cárdenas le encargó construir las trincheras alrededor del poblado.

La Santa pronto envió correos hacia Cochabamba y Potosí para pedir ayuda. La primera envío municiones, armamento y algunos voluntarios, mientras que Potosí preparó un regimiento de 300 soldados que nunca salió de la ciudad pues se creía que la situación se había controlado.^[2]​ Por otro lado, Revuelta había conseguido armar 12 compañías de 50 soldados cada una, se trataba de una compañía de españoles, seis compañías de criollos, una compañía de los voluntarios cochabambinos, tres compañías de indígenas y una compañía de esclavos negros.^[3]​ En cuanto al armamento se contaba con 80 escopetas, 350 lanzas, 3000 cartuchos de balas e incontables flechas y palos con los que se armó a los indígenas. El obispo se encargó de informar que él mismo correría con el salario de todos los que defendiesen el poblado, aunque este pago era no igualitario, se conoce que los soldados blancos llegaron a recibir 435 pesos mientras que los soldados negros solo recibieron 32 pesos.^[4]​ La Santa también dispuso que los sacerdotes que se encontraban en Irupana recibiesen formación militar y que actuasen como capitanes de las compañías indígenas. Entre ellos estaban Tomás Virrueta y San Martín, sacerdote de Yanacachi, Pedro Escobar y León, sacerdote de Coroico, y también Martín Larrea, sacerdote de Chirca.^[5]​

Con las tropas ya organizadas el obispo se sintió fuerte y lanzo una proclama el 26 de septiembre, era el anuncio de la excomunión de todos los líderes revolucionarios y de quienes los apoyasen. En aquella época esto era muy temido, pues una persona excomulgada no puede recibir los sacramentos y pierde el derecho a recibir la Eucaristía.

Parte del documento de excomunión indica lo siguiente:

"Separamos del gremio de la Católica Iglesia, excomulgamos y entregamos a Satanás a las cabezas del alzamiento".

Este alejamiento de la Iglesia católica en una sociedad profundamente creyente resulta ser una amenaza muy seria y la única forma de recibir el perdón es mostrar arrepentimiento ante el obispo. Esta excomunión dio resultado cuando en los próximos días varias personas se acercaron a Irupana solicitando el perdón del obispo y se unieron a las fuerzas de defensa.

Por su parte los revolucionarios también se organizaron en varios poblados llamando a la sublevación contra la corona y la rebelión de indígenas y negros en contra de los hacendados. Lanza empezó a reclutar hombres en Chojlla, mientras se levantaban en armas los pueblos de Yanacachi, Chupe (Villa Aspiazu), Chirca, Coripata, Ocobaya y Chulumani. Se nombraron capitanes en cada pueblo para encargarse del reclutamiento de voluntarios, en Chupe estaban encargados Manuel Zapata, Juan de Dios Sayas y Dámaso Coronado, en Chirca estaban Vicente Murga y Dámaso Canto. El cacique de Chirca, Vicente Hinojosa, encargó la formación de voluntarios a Pedro Barrera, José María Tristán, Pedro Machicado, Mariano Mendoza y al esclavo rebelde Gabriel Soto que luego sería capitán del regimiento de negros. Solamente en Chupe el teniente José Hilarión Andrade logró reclutar a 50 hombres y se calcula que en toda la región se reclutaron casi 3000 entre criollos, mestizos e indígenas, luego se incluyeron hasta 300 negros a los que se les prometió la libertad.^[6]​ Aunque se trataba de una fuerza numerosa, se tenían pocas armas de fuego y la mayoría iba armado de lanzas y hondas.

Lanza fue nombrando a los nuevos alcaldes adeptos a la revolución, José María Nieto fue designado en Yanacachi con el apoyo del cacique Cornelio Cerro, Vicente Hinojosa se hizo cargo de Chirca, Manuel Gemio en Coripata, Diego Inofuentes en Ocobaya, y José Jiménez Pintado en Chulumani. El secretario de Lanza, Julián Peñaranda, fue nombrado defensor de naturales junto al cacique Mateo Saravia y como autoridades de los negros estaban Manuel Pinto y Manuel Pardo que se dirigieron a Colpar para reclutar más gente.

Las fuerzas de Lanza se apresuraron a cortar los caminos hacia Irupana, el capitán realista Francisco Soliz y el sacerdote Martín Larrea partieron con sus compañías a tomar el puente que conectaba a Chupe, pero las tropas de Lanza atacaron el 1 de octubre y los hicieron retroceder, de esta manera Irupana quedaba incomunicada con el resto de la región.

El 6 de octubre llegó a Chulumani el revolucionario Manuel Rocha con la noticia de la excomunión, Manuel Victorio García Lanza encabezaba la lista de afectados y éste ordenó a sus tropas prepararse para partir hacia Irupana. Lanza envió a sus subordinados Jiménez y Orrantia a La Paz para solicitar a las Cajas Reales que se le entreguen 18.000 pesos mas otros 5.000 de lo recaudado en impuestos, este dinero lo pensaba utilizar para conseguir armamento y municiones pero la solicitud fue rechazada. Resulta que el líder de la revolución, Pedro Domingo Murillo, había entrado en negociaciones con el general realista José Manuel de Goyeneche para que el nuevo gobierno sea reconocido por las autoridades virreinales y la entrega de dinero para armar un ejército se vería de forma negativa.

A pesar de no contar con armas suficientes, Lanza sabía que su ejército era muy superior en número al que se encontraba en Irupana, así que se decidió a atacar el 12 de octubre ordenando a sus fuerzas establecerse en el pueblo de Chicaloma y desde ahí avanzar contra el obispo. El capitán Revuelta salió con una compañía a dar encuentro a la avanzada de Lanza y se produjo la primera escaramuza, los revolucionarios detuvieron su avance y los realistas pronto volvieron a tomar sus posiciones dentro de Irupana.

Lanza envió a Sebastián Álvarez Villaseñor, Jacinto Zárate y a Antonio Lecaros a parlamentar con el obispo, pero éste les negó la entrada al poblado. Lanza propuso entrevistarse con La Santa en las afueras de Irupana, el intrépido obispo aceptó y salió del pueblo el 14 de octubre junto al capitán Revuelta y una compañía bien armada que lo rodeaba, el general Lanza pretendía apresar al religioso pero viendo que estaba bien protegido se limitó a saludarlo con el sombrero y le mencionó que lamentaba no haber llegado antes, luego se despidieron. Lanza comprendió que necesitaba reunir a más tropas si quería tomar el pueblo y prefirió retirarse momentáneamente a Chulumani. Este acto generó desconfianza en algunos de sus hombres, el rebelde Sebastián Álvarez Villaseñor se presentó en Irupana junto a 12 soldados el día 18 de octubre solicitando el perdón del obispo y se unieron a su bando.

El día 20 de octubre Lanza volvió a acercarse a Irupana, esta vez con una fuerza de 2000 hombres, mientras que Irupana tenía 650 defensores. El general revolucionario ordenó a sus fuerzas rodear el pueblo antes de inicial cualquier ataque, Jiménez Pintado comandaba una fuerza indígena que tomó posición en Laza, otra parte del ejército se estableció en Ocobaya y en Corapata, el generla Lanza dirigió el grueso de sus hombres a Chicaloma y tomó los altos de Laza y la ladera de Calabatea. Las lluvias constantes retrasaron este avance y recién el día 25 estaban en posición de ataque.

Irupana, en aquella época, estaba compuesto por 5 casas bien construidas que rodeaban la plaza principal, el resto del pueblo se comprendía de varias chozas que se extendían por la ladera. Las trincheras estaban defendidas por el alcalde Esteban Cárdenas, el comandante Joaquín Revuelta, el segundo comandante Francisco Soliz, el cacique de Chulumani Martín Romero Mamani y los capitanes Nicolás Cáceres y Alejo Larrea.^[7]​ La defensa estaba preparada para dejar el sector de las chozas si era necesario y defender fuertemente la plaza.

A las 6 de la mañana del día 26 de octubre, las fuerzas del general Lanza atacaron por todos los puntos, en su mayoría eran indígenas y negros armados con palos y piedras, pocos hombres tenían escopetas. Esto dificultó a los atacantes el acercarse a las trincheras sin el riesgo de tener muchas bajas, los revolucionarios concentraron su ataque en la trinchera de la calle Santa Bárbara hacia las 9 de la mañana, si lograban vencer la trinchera toda la parte baja del pueblo peligraría y el acceso al agua sería imposible. El capitán Soliz se dio cuenta de esto y reunió a sus hombres para aumentar la defensa en esta barricada y evitar que los atacantes se acerquen.

El obispo La Santa se colocó en medio de la plaza, a la derecha de una cruz y un estandarte que había colocado ahí unos días después de su llegada. Se ausentaba para visitar las trincheras y arengaba a sus soldados como cualquier comandante lo haría, luego se rumoraría que esta batalla fue para el obispo una verdadera cruzada. En estas constantes visitas La Santa se percató del poco armamento de fuego que tenía el enemigo y ordenó a Revuelta cambiar los planes, ya no debía defender el pueblo sino salir de las trincheras y atacar a las fuerzas de Lanza. Revuelta obedeció y organizo a la compañía del capitán José Fernández para intentar un asalto a la 1 de la tarde, la compañía atacó pero fue rechazada y tuvo que refugiarse nuevamente en las trincheras.

Para las 2 de la tarde el capitán Revuelta salió con su compañía hacia la llanura de Churiaca, fue un buen avance pero tuvo que retroceder nuevamente. Las tropas de Lanza se reorganizaron y lanzaron un furioso ataque a las trincheras de la cárcel, del barrio de Caravedo y el barrio de Machacamarca, toda la parte baja de Irupana parecía perdida. En ese momento el revolucionario Apolinar Jaén llegó con 50 hombres como refuerzo para el general Lanza.^[8]​

Lanza había debilitado su posición en la parte alta de Irupana al desviar sus fuerzas hacia la zona de las chozas, que ya empezaban a incendiarse. El capitán Revuelta se decidió a sostener las trincheras mientras el capitán Soliz intentaba un nuevo ataque por la parte alta, esta vez tuvieron éxito y lograron romper las filas de los atacantes. Pronto las tropas de Lanza se vieron perdidas y se retiraron a las 5 de la tarde, el mismo general Lanza envió a Julián Peñaranda y a Crispín Diez de Medina a pactar un acuerdo, pero el obispo sabía que tenía la batalla ganada y ordenó el arresto de estos mensajeros. Se rumoreó que éstos fueron azotados en la plaza y cuando Lanza escuchó esto ordenó fusilar a varios realistas como Miguel Ignacio Zabala y Miguel Guilarte.^[9]​

El general Lanza se retiró a Chulumani luego de perder más de 400 hombres, el obispo La Santa reunió pronto a sus capitanes quienes le aconsejaron que lo más prudente era retirarse al pueblo Suri pues era imposible detener un nuevo ataque. Pronto se supo de la entrada del general José Manuel de Goyeneche a la ciudad de La Paz, la revolución estaba derrotada, el obispo envió una carta a Goyeneche para informarle de su victoria y solicitar refuerzos para perseguir a Lanza.

La derrota de las tropas de Lanza provocó que la región de Yungas no cayera en manos revolucionarias, que, aprovechando la geografía de la zona podrían haber empezado una guerrilla. Las fuerzas de los sublevados todavía tardaron en ser derrotadas, se dieron combates contra el indígena Francisco Katari y la victoria definitiva se dio en el Combate de Chicaloma el 11 de noviembre.

Muchos de los revolucionarios huyeron a la selva y fueron encontrados días o semanas después, Lanza murió degollado por una patrulla indígena aliada a los españoles el 16 de noviembre de 1809.