El C. D. Alfaro fue fundado el 2 de julio de 1922 con la denominación de C. F. de S. S. Alfaro, jugando sus primeros encuentros en el campo de La Florida. Permaneció en categorías regionales hasta lograr su primer ascenso a Tercera División en la temporada 1958-59. Durante las siguientes ocho temporadas el club alfareño compitió con rivales de la talla del Deportivo Alavés, S. D. Eibar o C. D. Logroñés.

No regresó a categorías regionales hasta la temporada 1975-76, coincidiendo con el cambio de campo de fútbol, dejando La Florida para recalar en el recién estrenado estadio de La Molineta. El equipo terminó en 18.ª posición, regresando a Regional.

En la temporada 1981-82 el club riojano regresó de manera definitiva a categorías nacionales (exceptuando un breve paso por regional en el curso 1985-86), disputando en la temporada 1990-91 su primera promoción de ascenso a Segunda B dentro del Grupo B3 junto al C. D. Hernani (Equipo ascendido), U. D. Barbastro y C. D. Barquereño.

Diez años más tarde disputó su segunda promoción imponiéndose en el Grupo B3 al C. D. Aurrera de Ondarroa, C.D. Teruel y S. D. Laredo, comenzando la época dorada de la entidad. El ascenso se confirmó tras la contundente victoria por 5-1 sobre el conjunto guipuzcoano en la La Molineta.

En su primera temporada en Segunda B, donde por primera vez en la historia coinciden tres conjuntos riojanos (C. D. Logroñés, C. D. Calahorra y C. D. Alfaro), el equipo finalizó como colista del Grupo II, regresando a Tercera División. Un año duró el paso por la categoría al lograr el ascenso en la última jornada de la promoción frente a la S. D. Reocín. Esta etapa en la categoría de bronce del fútbol español duró cuatro temporadas, donde logró su mejor clasificación histórica al finalizar en 9.ª posición en el curso 2003-04.

En la promoción de la temporada siguiente al descenso fue campeón del Grupo XVI, cayó en primera ronda frente al C. D. Tudelano. Pese a ello, el descenso administrativo del C. D. Logroñés^[1]​ le permitió jugar la siguiente temporada en Segunda B^[2]​ en la que fue su última experiencia en la categoría al finalizar en 19.ª posición y descender a Tercera División.^[3]​ Hay que destacar de esa última temporada los 40 jugadores que jugaron a lo largo de la competición.

Tras su regreso a la Tercera División se convirtió en un equipo de la zona media-alta de la tabla dentro del Grupo XVI. En 2015 se produjo la absorción del C. F. Ciudad de Alfaro, club fundado en 2005, pasando a ser conocido el conjunto de Regional Preferente de La Rioja como el C. D. Alfaro "B".^[4]​

La temporada 2021-22 consiguió el ascenso a Segunda Federación tras acabar segundo en la tabla y ganar la promoción de ascenso en la fase nacional con un empate a cero contra el C. D. Lealtad.^[5]​

La estancia en Segunda Federación sólo duró un año. El Alfaro quedó en 15.ª posición, volviendo así a Tercera Federación.^[6]​

Sólo un año después el club volvió a conseguir un ascenso, esta vez, sin necesitar del playoff, aunque llegó a disputarlo. El Alfaro acabó segundo en la tabla,^[7]​ con los mismos puntos que el campeón, la U. D. Logroñés "B", lo que le relegaba a intentar el ascenso mediante la promoción. Sin embargo, una vez eliminados de esta promoción, se conoció la noticia de que la U, D. Logroñés, quedaba apeada del ascenso a Primera Federación, lo que impedía el ascenso de su filial y daba una plaza en Segunda Federación al C. D. Alfaro.^[8]​

• Primera Equipación: camiseta blanca, pantalón negro y medias blancas.
• Segunda Equipación: camiseta granate, pantalón blanco y medias negras.

Disputa sus partidos como local en el Estadio La Molineta, con capacidad para 2500 espectadores.

El escudo del club es de forma suiza y con los colores del club blanco y negro.

La mitad izquierda blanca y la mitad derecha negra.

En el punto de jefe del escudo contiene un castillo y sobre una llave que representa a la ciudad de Alfaro, también conocida como llave de Castilla.

En el centro del escudo ocupando todo el espacio medio, las letras "C.D.ALFARO".

En la punta, un balón de fútbol representa el deporte que practica el club.

Nota: en negrita competiciones vigentes en la actualidad.

• Temporadas en Primera División: 0
• Temporadas en Segunda División: 0
• Temporadas en Primera Federación: 0
• Temporadas en Segunda Federación / Segunda B: 8
• Temporadas en Tercera Federación / Tercera División: 44
• Mejor puesto en la liga: 9.º en Segunda División B (temporada 2003-04)

LEYENDA
  :Ascenso de categoría
  :Descenso de categoría

El conjunto filial entre 1990 y 1995 tuvo la denominación de C. D. Alfaro Promesas.^[11]​ Desde 2015, el C. F. Ciudad de Alfaro, tras su absorción, cumple el papel de filial en Regional Preferente de La Rioja con el nombre de C. D. Alfaro B.

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• C. D. Alfaro en la Federación Riojana de Fútbol
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• C. D. Alfaro en futbol-regional.es