El club fue fundado en 1940. Su mayor logro histórico llegó en 1991, cuando consiguió ascender a Segunda División B. El Hernani permaneció dos temporadas en esta categoría, descendiendo de nuevo a Tercera en 1993.

En la temporada 2010-11, el Hernani logró el ascenso a Tercera División tras proclamarse campeón de la División de Honor, lo que le otorgó el ascenso directo.

Sin embargo, en la temporada 2011-12, la Tercera División resultó demasiado exigente y, tras una campaña irregular, el equipo descendió nuevamente a la División de Honor. En la 2012-13, el Hernani finalizó segundo y disputó el play-off de ascenso, aunque no logró regresar a Tercera.

Durante los últimos doce años, el club ha vivido altibajos en la División de Honor, con clasificaciones que han oscilado entre el segundo y el decimoquinto puesto. En la temporada 2024-25, consiguió la permanencia en la última jornada.

El club cuenta además con secciones de atletismo, natación, balonmano, voleibol, baloncesto, waterpolo, bolos y pelota vasca.

• Uniforme titular: Camiseta verde, pantalón blanco y medias verdes.
• En los primeros años la primera equipación fue blanca con una banda rosa (representando la bandera de Hernani).
• Uniforme alternativo: Camiseta negra, pantalón negro y medias negras.

Campo de Fútbol Zubipe, de propiedad municipal. Su nombre quiere decir en euskera bajo el puente, ya que se encuentra a la sombra de un puente que cubre el río Urumea a la entrada de Hernani.

Fue inaugurado en 1991 y tiene capacidad de algo más de 1.000 espectadores sentados y unos 3000 de pie. Es de hierba artificial. Anteriormente el Hernani jugaba en el campo de fútbol de Txantxilla (tierra), hoy en día ya desaparecido y convertido en un barrio.

• Temporadas en 1.ª: 0
• Temporadas en 2.ª: 0
• Temporadas en 2ªB: 2
• Temporadas en 3.ª: 43
• Mejor puesto en la liga:

Actualmente (2025) además del equipo de División de honor regional, el CD Hernani tiene equipos masculinos en las categorías Regional Preferente, Liga Nacional Juvenil, Juvenil de Honor, 1.º Juvenil, Cadete de Honor, 1.º Cadete, Infantil de Honor (2.º ESO), Infantil Txiki (1.º ESO), Infantil Participación (1.º, 2.º ESO) y Alevín y equipos femeninos en Territorial, Regional Preferente, Cadete, Infantil de honor (2.º ESO) y Infantil Txiki (1.º ESO).

El club también posee una Escuela de Fútbol de gran tradición y éxito.