Thomsen comenzó su carrera profesional de forma poco convencional para un futuro jefe de departamento, ya que se embarcó como grumete en la compañía naviera A.P. Møller - Mærsk a los 16 años. Posteriormente, ascendió a cocinero y mayordomo jefe de barco, antes de retirarse del mar en 1985.^[3]​

En 1991, obtuvo una Maestría en Ciencias Políticas y trabajó como administrativo en el Ministerio de Hacienda, tras lo cual siguió una carrera más tradicional en la función pública como, entre otros cargos, secretario ministerial, jefe de oficina y jefe de departamento en el mismo ministerio, hasta que asumió la jefatura del mismo en 2005.^[4]​ Cinco años después, continuó en el mismo puesto como jefe de departamento de Lars Løkke Rasmussen en la Oficina del Primer Ministro.

En 2016, Christian Kettel Thomsen fue nombrado la cuarta persona más poderosa de Dinamarca, justo después de los tres políticos más importantes: Lars Løkke Rasmussen, Claus Hjort Frederiksen y Kristian Thulesen Dahl.^[5]​ Al mismo tiempo, con un salario anual de 2,1 millones de coronas danesas, se encontraba entre los funcionarios mejor pagados de Dinamarca.^[6]​

Fuentes cercanas lo describen como un adicto al trabajo, un líder de la vieja escuela y muy confiable, pero recibió críticas por su rol cuando, durante el cambio de gobierno en 2011, él y un colega transmitieron a Henrik Sass Larsen el mensaje de que no podía obtener una autorización de seguridad como ministro. Los dos jefes de departamento no tomaron notas de la reunión en cuestión, lo cual violaba la Ley de Libertad de Información y fue criticado por el Defensor del Pueblo del Parlamento danés.^[7]​^[8]​^[9]​