La reserva se compone de cuatro zonas donde se permiten diferentes niveles de impacto humano.

La zona recreativa tiene una extensión aproximada de 706.00 hectáreas y está destinada para ecoturismo, senderismo y otras actividades relacionadas. Aquí se puede encontrar el Sendero Interpretativo donde se puede hacer un recorrido de alrededor de 1 kilómetro a través del bosque, visitar las pozas destinadas a los bañistas, los terrarios y los fósiles en exhibición.

Esta zona tiene una extensión de 1,519 km², los cuales están destinados a amortiguar el impacto del hombre sobre el territorio y prevenir el fácil ingreso e impacto a las zonas protegidas.

Tiene una extensión de 11.490 Ha, las cuales están destinadas a actividades económicas reguladas y sostenibles a las personas de las comunidades, como el uso forestas, uso agrícola, y algunos cultivos como el Xate de uso ornamental.

La zona núcleo comprende 5710 Ha, donde no se permita ninguna actividad de extracción, ni la explotación de recursos naturales; la caza está prohibida y no se permiten asentamientos humanos.

Es en la zona núcleo, que tiene una mayor altitud, en donde se encuentran algunas de las especies menos comunes dentro de la reserva, y que no son observadas frecuentemente por los visitantes debido a las restricciones de acceso.

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  Perico de Garganta Oliva (Aratinga nana)
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  Aguilillo Penachudo (Spizaetus ornatus)
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  Zumbullidor Piquipinto (Podilymbus podiceps)
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  Mielero Verde (Chlorophanes spiza)
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  Tucán (Ramphastos sulfuratus)
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  Carpintero Real (Campephilus guatemalensis)
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  Mano de Piedra (Atropoides nummifer)
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  Pelícano (Pelecanus occidentalis)
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  Tapir o Danta (Tapirus bairdii)
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  Mono Araña (Ateles geoffroyi)
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  Jaguar (Panthera onca)
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  Mazacuata o Boa Constrictor (Boa constrictor imperator)

no hay información sobre el tema.

Dentro de la reserva se encuentra el nacimiento del río Las Escobas, el cual abastece de agua a la ciudad de Puerto Barrios y sus zonas aledañas, aquí se encuentra también la planta de captación que conduce el líquido hasta la ciudad y el cual se encuentra en una zona no abierta a los visitantes, con lo cual se garantiza el mantenimiento de la calidad del agua.

• Reserva Protectora de Manantiales Cerro San Gil, museo natural viviente. turismo-sigap.com