Castrodeza inicia su actividad académica e investigadora en 1968, al conseguir una beca Stevenson durante el curso 68-69 en el Institute of Animal Genetics de la Universidad de Edimburgo (Escocia), donde trabajó fundamentalmente con Douglas Scott Falconer, especialista en Genética cuantitativa, labor que simultanea en el Instituto de Genética de la Universidad de Helsinki (Finlandia) donde trabaja con el especialista en poliploidía animal Esko Suomalainen y en la Cátedra de Fisiogenética Animal de la Universidad Politécnica de Madrid con el especialista en genética de caballos, Miguel Odriozola Pietas quien sería asimismo el director de su tesis doctoral.

Tras la lectura de su tesis doctoral sobre especiación animal en 1973 con el título "El Medio Ambiente como Condicionante Genético: Pleiotropía e Hibridación" en cuyo tribunal participaron los genéticos españoles Ramón Lacadena Calero y Enrique Sánchez Monge), Castrodeza se centra en problemas teórico-epistémicos en torno a la teoría de la selección natural. Realiza estos trabajos entre la División de Historia y Filosofía de la Ciencia del Departamento de Filosofía de la Universidad de Leeds (Inglaterra), especialmente con Robert Cecil Olby -posiblemente la primera autoridad mundial en Mendel en la década de 1970- y el conocido especialista en estudios darwinianos Jonathan Hodge, realizando una tesina bajo la dirección de este último con el título de "The Idea of Biological Progress: Some Methodological Problems Relating to the Genetical Theory of Natural Selection" que le hace acreedor del título de Master of Philosophy (M.Phil.) en 1978 trabajando asimismo en combinación con el Departamento de Lógica y Filosofía de la Ciencia de la Facultad de Filosofía de la Universidad Complutense de Madrid, bajo la autoridad del introductor de la lógica moderna en España, Manuel Garrido Jiménez, institución donde obtiene una titularidad docente en 1985 y donde, hasta su defunción, ha centrado su actividad universitaria.^[1]​

A Carlos Castrodeza se le reconoce como una autoridad sobre Darwin y el darwinismo, su pensamiento gira alrededor de las cuestiones de bioética, de lo que es una aproximación científica a una problemática y de lo que no lo es, así como de la interpretación ideológica de textos científicos. Su principal línea de investigación se remite a las posibles justificaciones de la acción, el comportamiento ético y el pensamiento humano, según las teorías científicas y teorías de la ciencia existentes, analizando y comparando dichas justificaciones con tradiciones vigentes de diversa índole tanto desde un enfoque científico como propiamente humanista.

Por medio de su trilogía darwiniana "Los Caminos Profundos de la Biología": 1.- "Razón Biológica: la base evolucionista del pensamiento" (1998), "Nihilismo y Supervivencia: una expresión naturalista de lo inefable" (2007) y "La Darwinización del Mundo" (2009), que marca su actividad investigadora en las últimas dos décadas, Castrodeza intenta mostrar el escaso control que tenemos sobre nuestro futuro a pesar de nuestra preocupación profunda por entender el pasado.

Para Castrodeza son las consideraciones etológicas implicadas en las pautas mentales relativas a las actividades humanas relacionadas con la filosofía, la teología y la ciencia las que potencian la construcción de la realidad en la que tratamos de sobrevivir. Dichas pautas no son necesariamente adaptativas de un modo directo, sino que son parte del todo sobre lo que se apoya nuestra estrategia global de supervivencia. Como indica Castrodeza la estrategia concreta no tiene por qué ser la adecuada a la hora de enfrentarnos a los desafíos que comprometen nuestra supervivencia por lo que nada garantiza esa supervivencia y a pesar del refinamiento de nuestro pensamiento podemos ir en la dirección equivocada. Nuestros deseos e intenciones pueden tener poco que ver con nuestras expectativas de supervivencia a largo plazo y quizá en el fondo nos de igual. Actuamos y esperamos salir del paso mejor que peor sobre la base de nuestra experiencia lo que es más bien poco.

La contextualización onto-epistémica de la obra de Castrodeza se enclavaría en un nihilismo epistémico como contraste especialmente o bien al anarquismo epistémico de un Paul Feyerabend o bien a la epistemología tradicionalmente racional del positivismo lógico del Círculo de Viena y de la disidencia crítico-racional de Karl Popper e Imre Lakatos, o bien al neopragmatismo epistémico de Willard van Orman Quine, Donald Davidson, John McDowell, Robert Brandom o Richard Rorty. Dicho enclave ontoepistémico se ajustaría más al historicismo de Georges Canguilhem, Michel Foucault y Bruno Latour que al de Thomas Kuhn, y estaría claramente en la línea de la sociología del conocimiento de Wilfredo Pareto, Pierre Bourdieu, Randall Collins y Steve Woolgar más que en la línea más propiamente británica de, por ejemplo, Barry Barnes, David Bloor, Harry Collins o John Henry.

Además la obra de Castrodeza se desmarca de la ortodoxia de la filosofía de la biología de un Michael Ruse, un Elliot Sober o un Kim Sterelny, centrándose más bien en una biología de la filosofía que continuaría en este sentido la obra del conocido etólogo, Premio Nobel compartido de Medicina y Fisiología en 1973, Konrad Lorenz, en lo que vendría a ser una etología del pensamiento muy en la perspectiva actual de la psicología evolucionista inaugurada en los últimos años de la década de 1990 especialmente por el antropólogo John Tooby, los psicólogos Leda Cosmides, Jerome H. Barkow o Steven Pinker, y ya precozmente en los últimos años 60-70 por los biólogos George Price, William Donald Hamilton, John Maynard Smith, George Christopher Williams, Robert L. Trivers, Edward Osborne Wilson, Richard Dawkins y el historiador de la biología Frank J. Sulloway.

Castrodeza piensa que la fuerza ilocucionaria que potencia el pensamiento darwiniano viene provista en primera instancia por el metanaturalismo especialmente del primer Heidegger corregido por el deconstruccionismo de Jacques Derrida.

• Poliploidía
• Especiación
• Saltación (biología)
• Mutación
• Especiación simpátrica
• Cromosoma
• Cariotipo
• Programa fuerte

• Descripción de "Nihilismo y Supervivencia"
• Declaraciones de Carlos Castrodeza: "El periodo nazi tiene visos de volverse a repetir"
• Departamento de Lógica y Filosofía de la Ciencia, Universidad Complutense
• Minibiografía de Castrodeza en la página de Ed. Trotta
• Releyendo a Darwin (Diario Público)