En 1159, Bethanam aparece mencionada en fuentes cruzadas en relación con la definición de sus fronteras y las de Parva Mahomeria.^[5]​^[6]​

En 1883, el Estudio de Palestina Occidental (Survey of Western Palestine) sugería que Beit 'Anan era idéntica a la aldea cruzada de Beithumen, un feudo del Santo Sepulcro en el siglo XII. ^[7]​ En 1887, Röhricht consideró más probable que Beitunia fuera Beithumen,^[8]​ y en 1890 Conder se mostró totalmente de acuerdo con Röhricht.^[9]​

Beit 'Anan pasó bajo dominio del Imperio otomano en 1517, junto con toda Palestina, y en 1596 aparecía en los registros fiscales como perteneciente a la nahiya de Quds, en la liwa de Quds. Tenía una población de 28 hogares, todos musulmanes, que pagaban un impuesto fijo de 3400 akçe.^[10]​

Alrededor de 1740, el obispo irlandés Richard Pococke divisó Beit 'Anan viajando desde Nabi Samwil.^[11]​

En 1838 se señaló como una aldea musulmana, situada en la zona de Beni Malik, al oeste de Jerusalén.^[12]​^[13]​

En 1863, Victor Guérin visitó la aldea y estimó que tenía 600 habitantes,^[14]​ mientras que una lista oficial otomana de aldeas de alrededor de 1870 indicaba que «Bet 'Anan» tenía 59 casas y una población de 220 habitantes, aunque el recuento de la población solo incluía a los hombres.^[15]​^[16]​ En 1883, el Estudio de Palestina Occidental (SWP) del Fondo para la Exploración de Palestina (Palestine Exploration Fund-PEF) describió la aldea como «una pequeña aldea situada en la cima de un alto plano; cerca de una carretera principal, al oeste, se encuentran los restos de un caravasar con agua, y a aproximadamente una milla al este hay un manantial».^[17]​

En 1896, la población de Beit 'Anan se estimaba en unas 450 personas.^[18]​

A principios del siglo XX, unos residentes de Beit Anan se establecieron en Ajanjul, cerca de al-Ramla, y lo convirtieron en una dependencia —o aldea satélite— de su aldea natal.^[19]​

Durante la Primera Guerra Mundial, las fuerzas británicas capturaron Beit 'Anan en la batalla de Jerusalén de 1917, durante su campaña en Palestina contra los otomanos.^[20]​ Se describía como una aldea situada en la colina que dominaba Dukka desde el sur, en la carretera a Kubeibeh, identificada como la antigua Emaús.^[21]​

En el censo de Palestina de 1922 realizado por las autoridades del Mandato Británico, «Bait 'Inan» tenía una población de 509 musulmanes,^[22]​ que aumentó en el censo de 1931 a una población de 654 musulmanes, en 162 casas.^[23]​

Según las estadísticas de 1945, Beit I'nan tenía una población de 820 habitantes, todos musulmanes,^[24]​ con 10.105 dunams de tierra, según un estudio oficial sobre la tierra y la población.^[25]​ De esta superficie, 2015 dunams eran plantaciones y tierras de regadío, 2471 se utilizaban para cereales,^[26]​ mientras que 63 dunams eran terrenos urbanizados (urbanos).^[27]​

Tras la guerra árabe-israelí de 1948 y los acuerdos de armisticio árabe-israelí de 1949, Beit 'Anan pasó a estar bajo dominio jordano, así como toda Cisjordania. Fue anexionada por Jordania en 1950.

Según el censo de población jordano de 1961, la población de «Beit I'nan» era de 1255 habitantes.^[28]​

Durante la Guerra de los Seis Días en junio de 1967, Israel conquistó Cisjordania y desde entonces Beit 'Anan ha estado bajo ocupación israelí. El censo del verano de 1967 realizado por las autoridades israelíes contabilizó 1261 habitantes, de los cuales 212 procedían del territorio israelí.^[29]​

El Acuerdo de Oslo II, firmado en septiembre de 1995, estableció la división de Beit 'Anan entre las zonas «B» y «C». Aproximadamente 1309 dunams (12,9 % de la superficie total) se asignaron como zona «B», donde la Autoridad Nacional Palestina (ANP) tiene control total sobre los asuntos civiles, pero Israel mantiene la responsabilidad en materia de seguridad. La zona «B» consiste en la parte urbanizada de Beit Anan donde residen sus habitantes. Aproximadamente 8797 dunams (87,1 % de la superficie total) están clasificados como zona «C», bajo control total de Israel sobre la seguridad y la administración. En la zona «C» los palestinos tienen prohibido construir y gestionar sus tierras, salvo que cuenten con un permiso otorgado por la Administración Civil israelí. La zona «C» cuenta esencialmente con campos de cultivo y espacios abiertos.^[1]​

La construcción en 2007 de la barrera de separación israelí, que cruza el municipio sobre 4 km, ha separado el pueblo de 10 % de sus tierras. Los campesinos pueden acceder a sus tierras situadas al otro lado del muro a través de barreras, si disponen de permisos específicos. Estos se otorgan a las personas que pueden demostrar su propiedad, y se expiden por temporadas por lo que deben renovarse. Pero no permiten la entrada de la mano de obra ni de los equipos agrícolas necesarios para cultivar adecuadamente las tierras aisladas.^[1]​

Desde la Segunda Intifada en 2000, los habitantes de Beit 'Anan han perdido su conexión con la ciudad de Jerusalén, que era su principal fuente de empleo, educación y servicios sanitarios. Pasaron por lo tanto a recurrir a la ciudad de Ramallah para satisfacer estas necesidades. Hasta 2002, podían acceder a ella utilizando la carretera israelí 443, pero desde entonces, las autoridades israelíes les han prohibido utilizarla y deben viajar por carreteras indirectas reservadas a palestinos, con infraestructuras deficientes. Esto ha provocado que muchos habitantes de Beit 'Anan se trasladen a Ramallah para evitar los retrasos y las interrupciones causados por los obstáculos israelíes al tránsito y los malos tratos habituales en los puestos de control israelíes.^[1]​

En julio de 2007, el centro cultural de Beit 'Anan organizó cuatro días de eventos culturales en el marco de la celebración de «Jerusalén, Capital Árabe de la Cultura», dado que Israel prohibía que se desarrollaran en Jerusalén. Al festival acudieron 15.000 personas de Jerusalén Este.^[30]​

Desde 1999, un consejo municipal gobierna el pueblo. Se compone de nueve miembros nombrados por la Autoridad Nacional Palestina, además de nueve empleados permanentes.^[1]​

Beit 'Anan dispone de dos escuelas públicas para chicos, una de educación primaria y otra de educación secundaria, y una escuela primaria para chicas, gestionada por la UNRWA. No tiene jardín infantil.^[1]​

Beit 'Anan tiene pocos servicios sanitarios. En 2020 tenía un centro de salud, una clínica médica privada y otra clínica gestionada por una ONG, una clínica dental privada, un laboratorio médico, un centro de maternidad y atención infantil, y una farmacia privada.^[1]​