Las aguas frescas son una familia de sencillas bebidas sin alcohol que se sirven durante las comidas en casa o en restaurantes de todo el país. Consisten básicamente en jugos de frutas recién exprimidas y diluidas en agua fría con azúcar. Se pueden encontrar en una amplia variedad de sabores: limón, melón, sandía, durazno, guayaba, ensalada, naranja, mango, así como otros vegetales que no son frutas, como las populares aguas de tamarindo y de jamaica (de flor de jamaica). El agua de horchata y la horchata de morro elaborada de semillas de morro junto con ajonjolí, maní, arroz y canela.

También son comunes las bebidas de cebada, preparadas con cebada tostada, azúcar y esencias aromáticas, y el fresco de chan, una bebida gelatinosa a base de semillas de chan (Salvia hispanica), muy popular en zonas rurales por su efecto refrescante. En las calles y mercados se pueden encontrar estas bebidas servidas en bolsas plásticas selladas con pajilla o en vasos reutilizables.

Las bebidas calientes son parte importante del desayuno o la merienda, y muchas tienen raíces indígenas. El café es la bebida caliente más consumida en el país, siendo además uno de los principales productos agrícolas de exportación.^[3]​ Se toma tradicionalmente en su forma filtrada o hervida con canela, clavo y piloncillo (panela).

En El Salvador, existe la costumbre de tomar café a media tarde, alrededor de las 4:00 p.m., acompañado de pan dulce o postres típicos. Esta tradición es tan arraigada que se ha convertido en una pausa esencial en la rutina diaria de los salvadoreños.^[4]​

Otra bebida tradicional es el chocolate caliente, preparado a partir de tablillas artesanales hechas con cacao tostado, azúcar y canela. Estas tablillas se disuelven en agua o leche caliente para obtener una bebida espesa y aromática, comúnmente acompañada de pan dulce o semitas. El chocolate en tablilla es una herencia indígena muy arraigada en la cultura salvadoreña, especialmente en departamentos como Sonsonate y Usulután.^[5]​^[6]​

El atol es una bebida caliente y espesa de origen prehispánico, hecha principalmente a base de maíz, aunque existen muchas variedades con diferentes ingredientes. Se consume tanto como desayuno como en meriendas vespertinas, especialmente en zonas rurales y en festividades religiosas y patronales.

Entre los más conocidos están:

• Atol de elote: Hecho con maíz tierno licuado, leche y canela.
• Atol de piñuela: Preparado con el corazón de la planta del mismo nombre.
• Atol de semilla de marañón: De consistencia cremosa y sabor dulce.
• Atol de maíz tostado: Con un característico sabor ahumado.
• Atol chuco: Hecho con maíz fermentado, servido con frijoles y chile.
• Chilate: Atol especiado con pimienta gorda, clavo de olor y canela, comúnmente acompañado con nuégados.

En el país también existen bebidas comerciales de producción nacional que han adquirido reconocimiento popular. La más conocida es Kolashanpan, una gaseosa de sabor dulce y color anaranjado que se ha convertido en un símbolo cultural salvadoreño.^[7]​ También destacan SalvaCola, una bebida tipo cola producida por Embotelladora La Cascada desde 1948, y otras bebidas como Tropical, que ofrecen sabores variados como uva, fresa y jengibre.

Entre las bebidas alcohólicas tradicionales se encuentra el chaparro, un aguardiente artesanal elaborado a partir de la fermentación y destilación de caña de azúcar, maíz o panela. Su producción es casera y suele estar vinculada a contextos rurales, especialmente en el departamento de Chalatenango.^[8]​ También se consumen bebidas importadas como cervezas, vinos y licores, así como la cerveza Suprema, Pilsener y Regia, de fabricación local, consideradas las principales marcas nacionales.

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