El Banco Nacional de Moldavia (MNB) fue establecido por decreto del Presidente de la República de Moldavia el 4 de junio de 1991, con la designación del Gobernador - Leonid Talmaci .^[5]​

Desde 1991, se han desarrollado e implementado una serie de medidas efectivas para estabilizar el entorno monetario y crediticio. El paso más importante en esta dirección fue la introducción en circulación el 29 de noviembre de 1993 de la moneda nacional, el leu moldavo, con la posterior promoción de una política crediticia monetaria y anti-inflacionista. Esto detuvo la inflación al galope desde principios de la década de 1990.

En 1995, el Parlamento de la República de Moldavia aprobó la Ley del Banco Nacional de Moldavia y la Ley de instituciones financieras. De acuerdo con la primera ley, el NBM es independiente en la labor de sus funciones y rinde cuentas al parlamento. La segunda ley apunta a crear un sector financiero fuerte y competitivo, que no permita un riesgo excesivo en este sistema y que proteja los intereses de los depositantes.

Desde 1998, el Banco Nacional abandona la práctica de establecer la tasa de cambio oficial de la moneda nacional frente al dólar en la bolsa y procedió a su determinación como media aritmética simple de la media ponderada de la oferta y venta de dólares en el mercado inter e intra-bancario. Esto permitió la des-centralización del mercado de divisas de acuerdo con las prácticas de los países desarrollados.

Poco antes de las elecciones parlamentarias moldavas de 2014, se perpetró un fraude bancario que involucraba a tres bancos. En tres días, se transfirieron mil millones de dólares a empresas fantasma en el Reino Unido y Hong Kong, utilizadas para ocultar a los verdaderos propietarios de los activos,^[6]​^[7]​ y luego se depositaron en cuentas bancarias letonas a nombre de varios extranjeros. Una investigación independiente encargada por el Banco Nacional de Moldavia concluyó que los tres bancos habían transferido al menos 13.500 millones de lei a cinco empresas moldavas afiliadas al Grupo Shor, controlado por Ilan Șor. Este fraude casi arruinó a Moldavia.^[8]​ El 13 de abril de 2023, un tribunal condenó a Shor en ausencia a 15 años de prisión por corrupción y congeló todos sus activos.^[9]​

En diciembre de 2023, el gobernador Octavian Armașu, quien había sido criticado en el parlamento por no recuperar los activos financieros robados ni retener a los empleados bancarios acusados en el caso de fraude bancario, fue destituido de su cargo.^[10]​

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