En abril de 1221,^[1]​ después de destruir Nishapur, Tolui continuó su campaña para pacificar el Gran Jorasán avanzando sobre Herat,^[2]​^[3]​ la única gran ciudad que quedaba en la región.^[4]​

Durante la Edad Media, las ciudades de Asia Central como Merv, Bujará o Samarcanda^[5]​ típicamente contaban con una ciudadela (kuhandiz) ubicada en terreno elevado y que servía como última línea de defensa.^[6]​ Luego tenían la zona intramuros (shahristán) donde vivía la mayoría de la población y se encontraban las principales edificaciones.^[7]​ Por último, tenían los arrabales o suburbios (rabad) que se encontraban afuera de las murallas.^[5]​

En su paso, los mongoles saquearon las ciudadelas de Fūshanj y Kūsūyi.^[8]​ Estos asedios debieron tomar de 10 a 15 días.^[9]​ Su llegada a Herat debió ser entre a fines de mayo o en la primera mitad de junio de 1221,^[8]​^[10]​ más probablemente en mayo.^[11]​ La ciudad era gobernada por Malik Shams al-Din Muhammad Juzjani, que había sido nombrado gobernador de Jorasán por el sah Jalal ad-Din Mingburnu.^[12]​

La ciudad contaba con 100 000 defensores según Alugh Beg Mirza,^[13]​ ó 190 000 según Herawi^[14]​^[15]​^[16]​ y Çelebi.^[12]​ Tolui envió a un mensajero llamado Zanbür a negociar la capitulación de la urbe.^[17]​ Los habitantes ejecutaron al enviado mongol,^[14]​ lo que llevó a un enfurecido Tolui a jurar venganza.^[18]​

Los mongoles llegaron desde el norte, por Baghis.^[14]​ Tolui hizo saquear el campo circundante antes de centrarse en la urbe,^[19]​ a la que rodeó con catapultas por todos los flancos.^[20]​ Instaló un campamento al sur de la ciudad, en los prados de Beshuran,^[14]​ entre los muros de la ciudad y Hari Rud.^[15]​

Según Juzjani, los emires de la ciudad se prepararon para defenderla, pero sus catapultas estaban mal ubicadas y en vez de arrojar rocas en el campamento mongol, los proyectiles impactaban en la propia ciudad.^[21]​ Por siete días y sus noches la lucha fue feroz. Según Herawi, más de 30 000 hombres de ambos bandos murieron en la primera jornada, incluyendo 1700 nobles mongoles.^[14]​^[22]​^[23]​^[24]​ Durante los combates murió el gobernador de la ciudad, lo que desanimó a sus hombres.^[12]​^[24]​

Poco después, Tolui atravesó la trinchera y en la puerta de Firuzabad llamó a los habitantes a rendirse.^[18]​^[25]​ Al octavo día, cien nobles y comerciantes encabezados por Ezz al-Din Moqaddam Heravi salieron de la ciudad a negociar, llevando 9 túnicas de tela fina como regalo.^[26]​ El asedio se prolongó por diez días.^[27]​

Finalmente, los mongoles tomaron por asalto el barrio de Sikandar y masacraron a casi todos sus habitantes, que eran un cuarto de la población de la ciudad. Según Juzjani, las víctimas fueron 600 000 y este cronista extrapola en 2 400 000 el total para toda Herat.^[21]​ Basado en el dato anterior, Kâtip Çelebi afirmó que los mongoles sacaron a 600 000 personas por cada una de las cuatro puertas de la ciudad y las masacraron en el descampado, salvándose sólo 200 000 habitantes.^[12]​ Herawi indica que unas 600 000 personas fueron ejecutadas, incluyendo 100 000 menores de catorce años.^[28]​^[29]​ En cambio, Athir describió en su obra que los habitantes consiguieron negociar con sus conquistadores y sólo una parte de ellos pereció.

Los mongoles se conformaron con dejar dos gobernadores,^[27]​ el mongol Monketai^[26]​^[12]​ (Mengetei) y el iraní Abu Bakr Maruchaq.^[26]​ El historiador René Grousset interpretaba que la población debió abrir las puertas y fue la guarnición jorezmita la que resistió, siendo aquellas tropas las masacradas.^[1]​ Probablemente fueran los 12 000 soldados ejecutados que habían mencionado Mirchond,^[30]​ al-Isfizari^[31]​ y Herawi;^[32]​^[25]​ el primero agregó que al resto de la población no se le hizo daño.^[14]​^[18]​^[33]​ Mirza menciona que 1200 sirvientes del sah fueron ejecutados, pero que a la población se le perdonó la vida.^[34]​

Tolui fue a Taloqan a ayudar a su padre, Gengis Jan.^[27]​ Herat parecía controlada, pero se trataba de una calma tensa.^[26]​ Poco después, los mongoles empezaron a sitiar la ciudadela de Kalyun, que ya había resistido dos asedios impuestos por los mongoles. Los gobernadores querían ganarse el favor del jagán enviando soldados a Herat para ayudar en el sitio, con lo que armaron a los habitantes.^[35]​

En noviembre, después de enterarse de la derrota mongola en Parwan,^[36]​ los habitantes de Herat en rebelión mataron a ambos gobernadores.^[27]​^[35]​ A Abu Bakr lo lincharon junto a la ciudadela y luego fueron asesinados todos los soldados mongoles que estaban en la ciudad cuando turbas enfurecidas se hicieron con las calles; un jeque afirmaba que la revuelta fue animada por agentes de Kalyun que se habían infiltrado en la ciudad en la primavera disfrazados de comerciantes y ocultando armas entre sus ropas.^[37]​ En diciembre^[35]​ los mongoles regresaron y la urbe resistió^[38]​ pues Gengis Jan había ordenado no perdonar a sus habitantes.^[39]​^[40]​ Juzjani da a entender que las fuerzas mongolas volvieron después de la batalla del Indo^[38]​ y que Taloqan fuera tomada.^[35]​ Según Mirchond,^[41]​ Mirza^[42]​ y Herawi,^[39]​^[40]​ venían desde Gazni y sumaban inicialmente 80 000 hombres.^[43]​^[44]​ En cambio, Çelebi afirmaba que eran 60 000.^[12]​

Los defensores eran dirigidos por el banquero judío Khwajah Fakhr-ud-Din-i-Abd-ur-Rahman y el comandante del fuerte de Firuz-Koh, Malik Mubariz-ud-Din, quien había evacuado la fortaleza para refugiarse en Herat.^[45]​ Los mongoles estaban dirigidos por el general (noyan) Eljigidei^{[nota 1]}​ y el asedio se prolongó hasta el 14 de junio de 1222,^[36]​ De las cercanías vinieron 50 000 infantes y jinetes a defender Herat, involucrándose en numerosas batallas durante las salidas, pero gradualmente los mongoles se fortalecieron y los musulmanes se debilitaron.^[12]​^[46]​ Los mongoles debieron haber recibido refuerzos desde el Amu Daria, quizás unos 50 000 según Mahendrarajah y Mirza.^[44]​^[42]​

Nuevamente la ciudad fue tomada por asalto, pero en esta ocasión sin cuartel.^[27]​ Los mongoles distribuyeron 30 000 soldados en cada lado de la ciudad e iniciaron sus ataques.^[46]​^[42]​ Juzjani menciona el caso de Malik Mubariz-ud-Din, un anciano que luchó valientemente con su armadura puesta en aquellos últimos momentos.^[47]​ Los mongoles sufrieron miles de bajas, casi 5000,^[48]​^[49]​ y la lucha duró seis meses.^[50]​ Finalmente, 400 mongoles consiguieron abrir una brecha en las murallas y la lucha dentro se prolongó por otros tres días.^[51]​ Que la ciudad resistiera tantos meses este segundo asedio indicaría que la primera rendición fue negociada y la mayoría de sus defensas seguían intactas.^[18]​

Los mongoles saquearon y quemaron todo lo que encontraron durante siete días y mataron a todos los habitantes.^[52]​^[27]​^[51]​ Acorde a Herawi, fueron asesinadas 1 600 000 personas.^[53]​^[54]​^[55]​^[56]​^[57]​ Çelebi afirmaba que 300 000 vidas se perdieron en el segundo asedio.^[12]​

Al octavo día, los mongoles partieron a Kalawin,^[12]​^[58]​^[44]​ pero al llegar al pueblo de Obeh, al este de Herat,^[43]​ Eljigidei envió a 2000 jinetes de vuelta a la ciudad a dar muerte a cualquier superviviente oculto entre las ruinas. Los jinetes estuvieron dos días en el lugar, en el que mataron a casi 2000 sobrevivientes y luego volvieron con el ejército principal.^[59]​^[56]​^[43]​^[12]​^[60]​ Se menciona el caso de un anciano que sobrevivió y después de ver las ruinas agradeció a Alah que todo hubiera acabado.^[43]​ Çelebi mencionó que 16 personas sobrevivieron y hubo que esperar once años para que la ciudad se reconstruyera.^[12]​ Los mongoles llevaron 1000 caballos capturados como regalo al jagán.^[58]​

Eljigidei se quedó en Jorasán, donde asedió el fuerte de Kalyun, ubicado entre Herat y Balj, mientras que ignoró el de Tulak a pesar de que sus habitantes se habían mostrado hostiles a los mongoles.^[61]​ Una parte de su ejército fue enviada a Sistán a las órdenes de Söyiketü, otro general mongol que había participado del asedio de Herat.^[62]​^[61]​

Según recoge el Ta'rīḵẖ-Nāma-yi-Harāt (Historia de Herat), obra del siglo XIV de Saif Bin Muhammad Bin Yaqoob Alhirwi, en 1236 el jagán Ogedei ordenó reconstruir la ciudad, empezando por la reparación de un canal para volver a cultivar trigo, pues en la zona no había campesinos ni ganado.^[63]​^[64]​

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