La especie se describió por primera vez en 2021 basándose en el holotipo (NMNZ S.36731), un tarsometatarso izquierdo completo descubierto en 1998 cerca de Marton, Isla Norte de Nueva Zelanda.^[1]​Se encontró en un estrato de la Formación Rangitikei conocido como Kaimatira Pumice Sand, del Calabriense (segunda edad del Pleistoceno).^[2]​

El holotipo NMNZ S.36731 se comparó con 161 tarsometatarsos de otras especies de kiwi existentes y finalmente la especie Apteryx littoralis fue nombrada y descrita por Tennyson y Tomotani en 2021.^[2]​

A. littoralis es el segundo registro más antiguo de kiwis conocido hasta la fecha y también es la única especie extinta conocida que pertenece al género Apteryx y es una de las dos especies de kiwi extintas conocidas, la otra es Proapteryx micromeros.

A. littoralis se parece más a A. rowi y A. mantelli en tamaño y forma, pero difiere en que es más robusto, con extremos proximal y distal proporcionalmente más estrechos.^[2]​ A. littoralis probablemente tenía aproximadamente el mismo tamaño que A. mantelli, alrededor de 40 centímetros de alto completamente desarrollado.^[2]​ Por ello, A. littoralis demuestra una morfología de kiwi relativamente conservadora desde mediados del Pleistoceno.

Según el lugar donde se descubrió el holotipo, Apteryx littoralis probablemente estaba restringido a una región costera debido a la actividad volcánica en el centro de la isla Norte, restringiendo su área de distribución y hábitat a una pequeña región de la isla.^[2]​

Se desconoce cuándo se extinguió A. littoralis, aunque desaparece del registro fósil hace unos 771.000 años, al final del piso Calabriense del Pleistoceno.^[2]​ Esto probablemente se deba a que las rocas de la Formación Rangitikei, donde se descubrió A. littoralis, dejaron de depositarse después del Calabriense.