El número 10, debe ser el dorsal con más historia en el conjunto barranquillero, un número que por años ha representado su juego. Jugadores como Alfredo "el maestrico" Arango quien llevó a Junior en 1977 a su primer campeonato, jugó dos temporadas (1977 y 1978) donde participó en 15 goles (11 en el título del 77) en 76 partidos. Junto a Verón hicieron una dupla temible para la primera estrella de Junior marcando 30 goles entre los dos.

Los argentinos Juan Miguel Tutino campeón en 1980 y Carlos Babington quien hizo una brillante campaña en 1983, un solo año le basto para quedar en la memoria de la hinchada, fue apodado como "El Lord del Fútbol".

“Recuerdo que arrancamos muy bien. Anduvimos bien todo el año y lastimosamente en la última fecha, en casa, perdimos la chance de salir campeón. Queríamos darle una alegría a la gente, pero no pudimos. Un gol que erra Fiorillo (risas), esos que te matan porque piensas que si hacíamos ese gol éramos campeones… pero bueno, ya pasó.”

Carlos Babington.

Julio César Uribe gestor importante en aquella Selección peruana que llegó a la Copa Mundial de fútbol de 1982, arribó a Barranquilla en 1986 después de su paso en el Cagliari Calcio de Italia, con Junior realizó un gran campeonato junto a Alex Valderrama y anotó 16 goles. Uribe participó en la inauguración del Estadio Metropolitano Roberto Melendez en los partidos contra Uruguay, Argentina y Dinamarca previo a la Copa Mundial de fútbol de 1986.

Carlos «El Pibe» Valderrama, "Marquinho" y Giovanni Hernández.

Plantillas
	2005 - I	2005 - II	2006 - I	2006 - II	2007 - I	2007 - II	2008 - I	2008 - II	2009 - I	2009 - II
1									A. Berbia	A. Berbia
2									R. Cortés	R. Cortés
3									R. Cambindo	R. Cambindo
4									D. Rueda	D. Rueda
5									J. Valencia	J. Valencia
6									J. Córdoba	F. Grisales
7									C. Bacca	V. Pacheco
8									J. Boiga	J. Boiga
9									J. Díaz
10							G. Hernández	G. Hernández	G. Hernández	G. Hernández
11
12										F. Alvear
13										H. Patiño
14									H. Palacio	H. Palacio
15									C. Fawcett	C. Fawcett
16									Y. Chará	B. Cabezas
17									B. García	B. García
18									A. Jaramillo	A. Jaramillo
19									C. Ceballos	C. Ceballos
20									E. Acuña	E. Acuña
21
22									J. Chunga	J. Romero
23									J. Romero	F. Rodríguez
24									N. Orozco	N. Orozco
25									J. Flórez
26
27									L. Ruiz	L. Ruiz
28									V. Hernández	V. Hernández
29									T. Gutiérrez	T. Gutiérrez
30									R. Meléndez	R. Meléndez
31									C. Rodríguez	C. Rodríguez
40									L. Yanez
55										J. Casanova
70										C. Bacca
77									D. Muñoz	D. Muñoz
91									R. Ciciliano

Plantillas
	2010 - I	2010 - II	2011 - I	2011 - II	2012 - I	2012 - II	2013 - I	2013 - II	2014 - I	2014 - II
1	A. Berbia		S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera
2	R. Torres	R. Torres	A. Nieves	A. Nieves	A. González	A. González	A. González	A.González	A. González	G. Gutiérrez
3	R. Cambindo	R. Cambindo	A. de Almeida	A. de Almeida	A. de Almeida	A. de Almeida			K. Sandoval	O. Pérez
4	J. Casanova	J. Casanova	S. Otalvaro	S. Otalvaro		A. Nieves	A. Nieves	J. Ramos	J. Ramos
5	J. Valencia	J. Valencia	J. Valencia	J. Valencia	D. Briceño	D. Amaya	D. Amaya	A. Correa	A. Correa	A. Correa
6	B. García	B. García	J.D. Valencia	J.D. Valencia	B. Belalcázar	B. Belalcázar	G. Gómez	J. Córdoba	W. Tesillo	W. Tesillo
7		A. Padilla	A. Padilla	C. Mejía	M. Balanta	D. Moreno	D. Moreno	T. Moreno	L. Quiñones	L. Quiñones
8	J. Boiga	J. Barahona	J. Barahona		J. Núñez	J. Núñez	E. Cardona	E. Cardona	M. Bolatti	G. Cuéllar
9		W. Parra		A. Padilla		C. Rentería	D. Álvarez	M. Macedo	M. Arzuaga	R. Ovelar
10	G. Hernández	G. Hernández	G. Hernández	G. Hernández	G. Hernández	G. Hernández	V.Hernández	M. Ortega	M. Ortega	M. Ortega
11			L. Páez	L. Páez	L. Páez	L. López		E. Perea		J. Barrera
12	F. Alvear	L. Estacio	C. Rodríguez	C. Rodríguez	J. Chunga	J. Chunga	J. Álvarez	M. Balanta	J. Chunga	J. Chunga
13	P. Tavima	P. Tavima	J. Amaya	J. Amaya	I. Vélez	I. Vélez	I. Vélez	I. Vélez	I. Vélez
14	H. Palacio	H. Palacio	W. Caneda	W. Caneda			É. Toloza	É. Toloza	É. Toloza	Y. Mena
15	C. Fawcett	C. Fawcett	J. Viafara	L. Narváez	L. Narváez	L. Narváez	L. Narváez	L. Narváez	L. Narváez	L. Narváez
16	V. Hernández	V. Hernández	V. Hernández	V. Hernández	V. Hernández	V. Hernández		V.Hernández	V. Hernández	V. Hernández
17	P. Arango	P. Arango	B. García	B. García	B. García	B. García	B. García			B. García
18	A. Jaramillo	A. Jaramillo	H. Macias	H. Macias	H. Macias	H. Macias	H. Macias	H. Macias	M. Balanta	N. Bareiro
19	F. Pacheco	F. Pacheco	J. Gómez	J. Gómez	J. Gómez	J. Gómez	J. Gómez	J. Gómez	J. Gómez	J. Gómez
20	E. Acuña	H. Rojas	S. Cárdenas	S. Cárdenas	S. Cárdenas	S. Cárdenas	M. Balanta	Domínguez	J. Domínguez	J. Domínguez
21	F. Benalcázar	A. Reyes	W. Delgado	W. Delgado	C. Rodríguez	C. Rodríguez	C.Rodríguez	C.Rodríguez	C. Rodríguez
22	J. Romero		C. Fawcett	C. Fawcett	C. Fawcett	C. Fawcett	C. Fawcett	C. Fawcett	C. Fawcett	C. Fawcett
23	F. Rodríguez	J. Romero	J. Romero	J. Romero	J. Romero	J. Romero	J. Romero	J. Romero		Á. Domínguez
24	M. Arzuaga		F. Arrieta	N. Orozco		M. Balanta	S. Vanegas	S. Vanegas	S. Vanegas	J. Ortega
25	V. Cortes	V. Cortes	V. Cortes	V. Cortes	V. Cortes	V. Cortes	J. Barrera	J. Vásquez	J. Vásquez	J. Vásquez
26	J. Gómez	J. Gómez	E. Buelvas				G. Celis	Maldonado
27	L. Ruiz	L. Ruiz	L. Ruiz	L. Ruiz	L. Ruiz	L. Ruiz	L. Ruiz	L. Ruiz		L. De La Hoz
28	N. Orozco				F. Arrieta		R. Herrera	G. Celis	G. Celis	G. Celis
29		N. Orozco	N. Orozco	A. González		T. Gutiérrez	J. Cañete	R. Herrera	J. Aguirre	J. Aguirre
30	R. Meléndez			A. Navarro					Y. Ramírez	Y. Ramírez
31	C. Rodríguez	C. Rodríguez					J. Chunga	J. Chunga		C. Rodríguez
32			L. Escalante	L. Escalante			J. Manjarrés	J. Manjarrés
33			F. Verdecia			A. Reyes	A. Reyes
34							J. Rodríguez
35		F. Rodríguez	F. Rodríguez			F. Rodríguez	F.Rodríguez
36						C. Márquez
40			J. Chunga	J. Chunga
70	C. Bacca	C. Bacca	C. Bacca	C. Bacca
77	D. Muñoz

Plantillas
	2015 - I	2015 - II	2016 - I	2016 - II	2017 - I	2017 - II	2018 - I	2018 - II	2019 - I	2019 - II
1	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera
2	G. Gutiérrez	G. Gutiérrez	G. Gutiérrez	G. Gutiérrez	G. Gutiérrez	G. Gutiérrez	G. Gutiérrez	G. Gutiérrez	G. Gutiérrez	G. Gutiérrez
3	O. Pérez	O. Pérez	D. Balanta	D. Balanta	D. Balanta	D. Balanta	D. Balanta	D. Balanta	D. Balanta	C. Haydar
4	J. Ramos	D. Murillo	D. Murillo	D. Murillo	D. Murillo	D. Murillo	D. Murillo	D. Murillo	D. Murillo	D. Murillo
5	A. Correa	A. Correa	A. Correa	A. Correa	A. Correa	R. Pérez	R. Pérez	R. Pérez	R. Pérez	R. Pérez
6	W. Tesillo	W. Tesillo	J. Sánchez	J. Sánchez	J. Sánchez	J. Sánchez	J. Sánchez	J. Sánchez	J. Sánchez	J. Sánchez
7	Y. Mena	Y. Mena	Y. Mena	S. Hernández	S. Hernández	S. Hernández	S. Hernández	S. Hernández	S. Hernández	S. Hernández
8	G. Cuéllar	G. Cuéllar		F. Cañaveral	F. Cañaveral	Y. Chará	Y. Chará	L. Sandoval	F. Hinestroza	F. Hinestroza
9	R. Ovelar	R. Ovelar	R. Ovelar	R. Ovelar	R. Ovelar	R. Ovelar	J. Álvez		M. Rangel	L. Sandoval
10	M. Torres	M. Ortega	J. Barrera	J. Barrera	J. Barrera	J. Barrera	J. Barrera	J. Barrera	L. Díaz	L. González
11	J. Barrera	J. Barrera	Y. González	J. Rodríguez	B. Cuesta	Y. Murillo	Y. Murillo	D. Moreno	D. Moreno	D. Moreno
12	J. Chunga	J. Chunga	J. Chunga	J. Chunga	J. Chunga	J. Chunga	J. Chunga	J. Chunga	J. Chunga	J. Chunga
13	I. Vélez	I. Vélez	I. Vélez	I. Vélez	J. Ávila	J. Ávila	J. Ávila	J. Ávila	C. Díaz	F. Ángel
14	É. Toloza	É. Toloza	É. Toloza	É. Toloza	É. Toloza	L. Pico	L. Pico	L. Pico	L. Pico	L. Pico
15	L. Narváez	L. Narváez	L. Narváez	L. Narváez	L. Pico	L. Narváez	L. Narváez	L. Narváez	L. Narváez	L. Narváez
16	V. Hernández	V. Hernández	V. Hernández	V. Hernández	R. Aponzá	J. Aguirre	J. Aguirre	J. Bocanegra	H. Martínez	G. Mera
17	M. Ortega	Z. Valoyes	J. Arias	M. Rangel	M. Rangel	J. Arias	J. Arias	G. Fuentes	G. Fuentes	G. Fuentes
18	N. Bareiro	N. Bareiro	Y. Mena	Y. González	Y. González	Y. González	Y. González	Y. González	M. Fernández	M. Fernández
19	J. Gómez	J. Gómez	A. Pérez	A. Pérez	A. Pérez	B. Cuesta	L. Sandoval	Aladesanmi	W. Ditta	W. Ditta
20	J. Domínguez	J. Domínguez	J. Domínguez	J. Domínguez	H. Quiñones	M. Piedrahíta	M. Piedrahíta	M. Piedrahíta	M. Piedrahíta	M. Piedrahíta
21	S. Estrada	J. Pérez	J. Rodríguez	C. Palacios	J. Estrada	J. Gómez	A. Rodríguez	J. Gómez	J. Gómez
22	E. Labarrera	J. Mosquera	J. Mosquera	J. Mosquera	J. Mosquera	J. Mosquera	S. Pabón	S. Pabón	S. Pabón	S. Pabón
23	L. López		J. Vásquez	S. Toro	L. Ochoa	L. Díaz	L. Díaz	L. Díaz	R. Torres	Y. Orozco
24	F. Noguera	F. Noguera	F. Noguera	F. Noguera	F. Noguera	V. Cantillo	V. Cantillo	V. Cantillo	V. Cantillo	V. Cantillo
25	J. Vásquez		J. Vásquez	David Álvarez	R. Carrascal	J. Herrera	M. Mier	F. Sambueza	F. Sambueza	S. Acuña
26	L. Escalante	L. Escalante	L. Escalante	L. Escalante	L. Escalante	L. Escalante	Aladesanmi	E. Castañeda	L. Escalante	I. Luquetta
27	L. De La Hoz		G. Támara		G. Támara	M. Mier	L. Ruiz	L. Ruiz	L. Ruiz
28	G. Celis	G. Celis	G. Celis	E. Serje	E. Serje	E. Serje	E. Serje	E. Serje	E. Serje	E. Cetré
29	J. Aguirre	J. Aguirre	J. Aguirre	J. Aguirre	J. Aguirre	T. Gutiérrez	T. Gutiérrez	T. Gutiérrez	T. Gutiérrez	T. Gutiérrez
30	Y. Ramírez	Y. Ramírez	Y. Ramírez	H. Martínez	J. Roa	J. Roa	J. Bocanegra	I. Rivas	I. Rivas	E. Farías
31								L. Vásquez
33								W. Ditta
34								L. Escalante

Jugadores filiales con participación en la primera plantilla (2015 - 2019)
	2015 - I	2015 - II	2016 - I	2016 - II	2017 - I	2017 - II	2018 - I	2018 - II	2019 - I	2019 - II
16							S. Acuña
30					C. Pérez
31				L. Sandoval			G. Fuentes
32					I. Morales	H. Márquez			K. Martínez
33						R. Romaña			J. Salamanca
34									C. Haydar

Plantillas
	2020 - I *	2020 - II *	2021 - I	2021 - II	2022 - I	2022 - II	2023 - I	2023 - II	2024 - I	2024 - II
1	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera	S. Viera
2	🇦🇷 Lionel messi	Cristiano Ronaldo	J. Castro	A. Simarra	A. Simarra	A. Simarra
3	C. Haydar			E. Velasco	E. Velasco	E. Velasco	E. Herrera
4	W. Ditta	W. Ditta	W. Ditta	W. Ditta		C. Haydar
5	L. Vásquez	L. Vásquez	L. Vásquez	L. Vásquez	J. Arias	Y. Gordillo
6	J. Sánchez	J. Sánchez	Didier M.	Didier M.	Didier M.	Didier M.	Didier M.
7	S. Cárdenas	S. Cárdenas	🇵🇹 Cristiano Ronaldo	J. Muñóz	D. Giraldo	D. Giraldo	L. González
8	F. Hinestroza	F. Hinestroza	F. Hinestroza	F. Hinestroza	F. Hinestroza	F. Hinestroza	F. Hinestroza
9	M. Borja	M. Borja	M. Borja	C. Martínez	M. Borja
10	Lionel Messi	L. González	L. González	L. González	L. González	L. González
11	D. Moreno	D. Moreno	D. Moreno	J. Bocanegra
12	J. Chunga	J. Chunga	E. Chaux	E. Chaux	J. Acosta
13	C. Higuita	C. Higuita	R. Manjarrés	R. Manjarrés	N. Castrillón	N. Castrillón
14	L. Pico	L. Pico	H. Martínez	H. Martínez	H. Martínez	H. Martínez	H. Martínez
15		M. Rangel		W. Pacheco	Y. Cabrera	Y. Cabrera
16	G. Mera	G. Mera	G. Mera	G. Mera	G. Mera	N. Deossa
17	G. Fuentes	G. Fuentes	G. Fuentes	G. Fuentes	G. Fuentes	J. Arias
18	Didier M.	Didier M.	E. Cetré	E. Cetré	E. Cetré	E. Cetré
19	C. Valencia	C. Valencia	C. Valencia	C. Valencia	C. Valencia	C. Valencia
20	M. Piedrahíta	M. Piedrahíta	M. Piedrahíta	M. Piedrahíta	F. Uribe	F. Uribe
21	J. Gómez	J. Gómez	J. Gómez	J. Gómez	W. Pacheco	W. Pacheco	W. Pacheco
22	R. Fontalvo	R. Fontalvo	R. Fontalvo	S. Araujo	S. Araujo	S. Araujo	S. Araujo
23	J. Angulo	J. Angulo	F. Sambueza	F. Sambueza	F. Sambueza	I. Rossi
24	D. Rosero	D. Rosero	D. Rosero	D. Rosero	D. Rosero	D. Rosero	D. Rosero
25	L. Sandoval	L. Sandoval	L. Sandoval	J. Herrera	C. Esparragoza	C. Esparragoza
26		D. Murillo	J. Pajoy	L. Berdugo	J. Pajoy	J. Pajoy
27	F. Viáfara	F. Viáfara	F. Viáfara	F. Viáfara	F. Viáfara	F. Viáfara
28	E. Cetré	E. Cetré	J. Rodríguez	J. Rodríguez	E. Serje	E. Serje	E. Serje
29	T. Gutiérrez	T. Gutiérrez	T. Gutiérrez	F. García	O. Albornoz	O. Albornoz	O. Albornoz
30		F. Ángel	F. Ángel	F. Ángel	F. Ángel	J. Martínez	J. Martínez
31
32
33
70

• Nota: En negrita jugadores extranjeros actualmente bajo disciplina del club.

Nacionalidad	#	Jugadores
Argentina	22	Haroldo Ferreyra, Carlos Babington, Edgardo Bauza, J. Delménico, Carlos Ischia, Carlos Gambina, Eduardo Solari, Juan Ramón Verón, Oscar Fornari, José Ponce, José Iglesias, Juan José Meza,Juan Miguel Tutino, Lucas Fantini, Daniel Carnevali, Juan Docabo, Omar Pérez, Emmanuel Perea, Matias Bolatti, Luis López, Bernardo Cuesta, Walter Ribonetto, Fabián Sambueza, Daniel Kuchen,Emanuel Olivera, Nicolás Zalazar
Brasil Brasil	15	Heleno de Freitas, Adalberto Kretzer, Garrincha, Víctor Ephanor, "Dida", Quarentinha, Othon Dacunha, "Marquinho", Armando Miranda, "Tim", Silva Batuta, Rodrigo Teixeira, Anselmo de Almeida, Marcelo Mácedo, Cassiano Mendes Da Rocha
Camerún Camerún	2	Oyié Flavié, Joseph Mbarga
Checoslovaquia	1	Rafael Uram
Chile Chile	4	Cristian Montecinos, Nelson Tapia, Sebastián Toro, Matías Fernández
Estados Unidos	1	Iván Luquetta
Gabón Gabón	1	Pierre-François Aubame-Eyang
Hungría Hungría	4	Béla Sárosi, Wladislaw Zsoke, Imre Danko, Fernes Neyrs, Bela Majtenyi
Panamá Panamá	3	Román Torres, Gabriel Gómez, Alberto Blanco
Paraguay Paraguay	5	Adriano Samaniego, Javier Ferreira, Nery Bareiro, Jorge Ortega, Roberto Ovelar
Perú Perú	2	Julio César Uribe, Alberto Rodríguez
Rumania Rumania	1	Alejandro Negrescu
Suecia Suecia	1	Kevin Aladesanmi
Uruguay Uruguay	14	William Martínez, Nelson Silva Pacheco, Julio Comesaña, Eliseo Álvarez, Lorenzo Carrabs, Alberto Santelli, Gerardo Satriano, Rudy Rodríguez, Mathías Riquero, Adrián Berbia, Jorge Casanova, Sebastián Viera, Matías Mier, Jonathan Álvez, Santiago Mele
Venezuela Venezuela	4	Andrés Rouga, Edder Farías, Luis González, Yohandry Orozco

N.º	Jugador	Periodo	Procedencia	Valor ($USD)
1	Yimmi Chará	2017	Monterrey	4.500.000
2	Jonathan Álvez	2018	Barcelona	3.500.000
3	Miguel Borja	2021	Palmeiras	3.000.000
4	Teófilo Gutiérrez	2017	Sporting de Lisboa	2.200.000

• En negrita, los jugadores que actualmente militan en el club.
• Teófilo Gutiérrez jugaba en forma de cesión en Rosario Central, el dueño de sus derechos era Sporting de Lisboa.

Las llegadas al fútbol italiano de Iván René Valenciano (Atalanta) y Jorge Bolaño (Parma) en los 90 habían sido las noticias más rimbombantes en materia de transferencias en las memorias rojiblancas, pero esta nueva era presenta traspasos que han dado de qué hablar como el de Guillermo Celis al Benfica de Portugal en 2,2 millones de euros, el de Vladimir Hernández al Santos de Brasil en 2 millones de dólares, Luis Carlos Ruiz al Shanghái Shenhua en 4 millones de dólares y, por supuesto, el de Carlos Bacca al Brujas de Bélgica, por 2 millones y medio de euros. Aunque a juzgar por lo bien que le ha ido al porteño en Europa (Sevilla, Milan y Villarreal), le salió bastante barato al equipo belga.^[1]​

N.º	Jugador	Periodo	Destino	Valor ($USD)
1	Luis Díaz	2019	Porto	7.900.000
2	Yimmi Chará	2018	Atlético Mineiro	6.000.000
3	Jorge Bolaño	1999	Parma Calcio 1913	5.500.000
4	Iván René Valenciano	1992	Atalanta Bergamasca Calcio	4.800.000
5	Luis Carlos Ruiz	2014	Shanghái Shenhua	4.000.000
6	Teófilo Gutiérrez	2009	Trabzonspor	3.300.000
7	Alexis Pérez	2017	Querétaro Fútbol Club	2.800.000
8	Carlos Bacca	2011	Club Brujas	2.500.000
9	Guillermo Celis	2016	S. L. Benfica	2.200.000
10	César Haydar	2020	RB Bragantino	2.120.000

En 1999, con motivo de los 75 años del Junior, EL TIEMPO realizó una encuesta entre los periodistas de Barranquilla con el equipo ideal de todos los tiempos. Este fue el resultado: Juan Carlos Delménico (argentino); Arturo Segovia, Gabriel Berdugo, Dulio Miranda, Jesús ‘Toto’ Rubio; Alfredo Arango, Carlos Valderrama, Juan Ramón Verón (argentino); Dida (brasileño), Iván Valenciano y Víctor Ephanor (brasileño).^[2]​

“Si volviera a nacer jugaría otra vez en Junior”.

Carlos "El Pibe" Valderrama.

• La siguiente tabla muestra los partidos jugados en todas las competiciones.^[3]​

N.º	Nombre	Partidos	Periodo
1.	Sebastián Viera	638	2011 - 2023
2.	Dulio Miranda	440	1971 - 1973; 1975 - 1985
3.	Hayder Palacio	439	1999 - 2006; 2008 - 2010
4.	José María Pazo	418	1982 - 1997; 1999
5.	Alexis Mendoza	417	1979 - 1989; 1993 - 1996; 1998
6.	Gabriel Berdugo	379	1974 - 1979; 1980 - 1982
7.	Víctor Pacheco	367	1990 - 1999; 2002; 2006; 2009
8.	Jesús Rubio	363	1970 - 1975; 1977 - 1982
9.	Vladimir Hernández	360	2008 - 2016; 2023 - Presente
10.	Luis Grau	341	1981 - 1984; 1987 - 1995
11.	Othon Dacunha	333	1966 - 1974
12.	Oscar Bolaño	327	1977 - 1984
13.	Carlos Julio Araujo	308	1982 - 1990; 1992 - 1997; 1999
14.	Luis Narváez	302	2011 - 2019
15.	Emerson Acuña	294	2002 - 2010
16.	Fernando Fiorillo	293	1976 - 1981; 1983 - 1985

     En activo.      En activo con el club.

• Se hace referencia al número total de goles marcados con el club en todos los torneos oficiales en que este participe:^[4]​

N.º	Nombre	Partidos	Goles	Periodo
1.	Iván René Valenciano	212	166	1988 - 1992; 1993 - 1996; 2006
2.	Carlos Bacca	265	128	2009 - 2011; 2022 - Presente
3.	Teófilo Gutiérrez	265	94	2007 - 2009; 2012; 2017 - 2021
4.	Nelson Silva Pacheco	187	84	1973 - 1976; 1978
5.	Víctor Ephanor	144	81	1971 - 1972; 1974 - 1976
6.	Víctor Danilo Pacheco	367	80	1990 - 1999; 2002; 2006; 2009
7.	Martín Arzuaga	194	71	2000 - 2005; 2008; 2012 ; 2014
8.	Vladimir Hernández	360	65	2008 - 2016; 2023 - Presente
9.	Orlando Ballesteros	197	57	1999 - 2001; 2003 - 2004
10.	Hayder Palacio	432	53	1999 - 2006; 2008 - 2010
11.	"Marquinho"	208	53	1999 - 2004
12.	Giovanni Hernández	203	52	2008 - 2012
13.	Miguel Borja	85	51	2020 - 2021; 2022
14.	Édison Toloza	158	49	2013 - 2014; 2015 - 2017
15.	William Knight	193	48	1982 - 1987
16.	Carlos Julio Araújo	308	48	1982 - 1990; 1992 - 1997; 1999
17.	"Niche" Guerrero	92	45	1993 - 1994; 2000
18.	Oswaldo Mackenzie	196	45	1990 - 1991; 1993 - 1995; 2002; 2008
19.	"Didí" Valderrama	162	45	1984 - 1987
20.	Fernando Fiorillo	284	45	1976 – 1981; 1983 – 1985
21.	"Kiko" Barrios	217	45	1980 - 1989; 1996 - 1998
22.	Roberto Ovelar	147	44	2014 - 2017
23.	Luis Carlos Ruiz	250	44	2008 - 2014; 2018 - 2019
24.	Antonio Rada	78	42	1966 - 1967
25.	Luis Daniel González	209	39	2019 - Presente
26.	Juan Ramón Verón	123	38	1976 - 1977; 1979
27.	Omar Galvan	225	38	1980 - 1984
28.	Jarlan Barrera	195	35	2013 - 2018
29.	"Dida"	67	33	1966 - 1968

     En activo.      En activo con el club.

• Carlos "Boris" Rodríguez el único jugador en la historia de Junior en marcar 5 goles en un partido. El 14 de noviembre Junior vence a Once Deportivo por 6-0.
• Rigoberto “Memuerde” García convirtió el primer penal al Once Deportivo de Manizales después de que el árbitro Alfredo Cuezzo sancionó una mano de Aldemar “Cutucu” Tenorio el 5 de septiembre.

Jugadores con más títulos oficiales en la historia del club.

Jugadores	Títulos nacionales			Total	Detalle
Sebastián Viera	3	2	2	7	Liga 2011, Copa 2015, Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019. Superliga 2020
José Luis Chunga	3	2	2	7	Liga 2011, Copa 2015, Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019. Superliga 2020
Luis Narváez	3	2	1	6	Liga 2011, Copa 2015, Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019. Superliga 2020
Léiner Escalante	3	2	1	6	Liga 2011, Copa 2015, Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019.
David Murillo	2	2	2	6	Copa 2015, Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019, Superliga 2020
Luis Carlos Ruiz	4	-	1	5	Liga 2010, Liga 2011, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019.
Germán Gutiérrez	2	2	1	5	Copa 2015, Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019.
Teófilo Gutiérrez	2	1	2	5	Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019. Superliga 2020
James Sánchez	2	1	2	5	Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019. Superliga 2020
Marlon Piedrahíta	2	1	2	5	Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019. Superliga 2020
Leonardo Pico	2	1	2	5	Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019. Superliga 2020
Jefferson Gómez	2	1	2	5	Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019. Superliga 2020
Luis Díaz	2	1	1	4	Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019.
Sebastián Hernández	2	1	1	4	Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019.
Víctor Cantillo	2	1	1	4	Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019.
Enrique Serje	2	1	1	4	Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019.
Rafael Pérez	2	1	1	4	Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019.
Deiby Balanta	2	1	1	4	Copa 2017, Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019.
Gabriel Fuentes	1	1	2	4	Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019. Superliga 2020
Willer Ditta	1	1	2	4	Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019. Superliga 2020
Daniel Moreno	1	1	2	4	Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019. Superliga 2020
Luis Grau	3	-	-	3	Liga 1980, Liga 1993, Liga 1995.
César Fawcett	3	-	-	3	Liga 2004, Liga 2010, Liga 2011.
Vladimir Hernández	2	1	-	3	Liga 2010, Liga 2011 y Copa 2015.
Jossymar Gómez	2	1	-	3	Liga 2010, Liga 2011, Copa 2015.
Jarlan Barrera	1	2	-	3	Copa 2015, Copa 2017, Liga 2018.
Fabián Sambueza	1	1	1	3	Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019.
Iván Rivas	1	1	1	3	Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019.
Sergio Pabón	1	1	1	3	Liga 2018, Superliga 2019, Liga 2019.

* En negrilla los jugadores que militan actualmente en el club.

Sebastián Viera (2015, 2017, 2018-II, 2019, 2019-I y 2020), es el capitán que más títulos levantó, siendo el único capitán extranjero en al menos ganar un título. Tanto como Gabriel Berdugo (1977, 1980), Carlos Valderrama (1993, 1995), Giovanni Hernández (2003-I y 2011-II) lograron 2 títulos cada uno durante su capitanía. El otro capitán campeón es Roberto Peñaloza (2004-II), y Berdugo fue el primer capitán campeón en la historia de Junior.

Hermenegildo Segrera es el primer capitán de Junior en disputar la Copa Libertadores en 1971.