En negritas finales ganadas.

El primer finalista, Estudiantes, arrancó directo desde esta fase debido a que era el campeón de la edición anterior. En esta fase Estudiantes enfrentó a la Universidad Católica. En el partido de ida^[2]​, Estudiantes —en condición de visitante— venció por 3 a 1 a la Universidad Católica; y en el partido de vuelta^[3]​, Estudiantes —en condición de local— venció por el mismo marcador (3 a 1) a la Universidad Católica. Al ganar ambos partidos, Estudiantes clasificó a la final al ganar 4 a 0 en los puntos a la Universidad Católica.

El retador, Nacional^[4]​, se clasificó a la Copa como subcampeón uruguayo de 1968. El bolso empezó en esta fase conformando el Grupo 4 junto con Peñarol, Deportivo Quito y Barcelona; en donde los dos primeros del grupo clasificaban a la segunda fase.

En su primer partido, Nacional empató 1 a 1 con Peñarol como visitante. Luego, en su segundo encuentro, igualó 0 a 0 frente a Deportivo Quito, también en condición de visitante. En el tercer partido, volvió a empatar 1 a 1, esta vez ante Barcelona, nuevamente como visitante. Ya en la cuarta fecha, Nacional empató 2 a 2 con Peñarol actuando como local. En su quinto compromiso, logró su primera victoria al derrotar 2 a 0 al Barcelona, también en casa. Finalmente, en el sexto partido, venció 4 a 0 al Deportivo Quito, nuevamente como local.

Al concluir la fase de grupos, Nacional clasificó a la segunda fase tras terminar segundo en el Grupo 4 con un total de 8 puntos.

En la siguiente instancia, Nacional integró el Grupo B junto a Deportivo Cali y Santiago Wanderers. En esta etapa, solo el primero del grupo avanzaba a la semifinal.

En el primer encuentro de esta fase, Nacional empató 1 a 1 frente a Santiago Wanderers en condición de visitante. Luego, en el segundo partido, goleó 5 a 1 al Deportivo Cali, también como visitante. En el tercer compromiso, venció 2 a 0 a Santiago Wanderers en Montevideo. Y en el último partido del grupo, volvió a superar al Deportivo Cali por 2 a 0, esta vez también actuando como local.

Con 7 puntos, Nacional finalizó primero en el Grupo B y se clasificó a las semifinales, donde debió enfrentar a su eterno rival.

En el partido de ida, Nacional se impuso por 2 a 0. En la revancha, perdió 1 a 0. Como ambos equipos habían sumado la misma cantidad de puntos, fue necesario un tercer encuentro en el Estadio Centenario para definir al finalista. En ese decisivo partido, tras 120 minutos de juego, Nacional y Peñarol empataron 0 a 0. A pesar del empate en puntos (3 a 3), Nacional logró avanzar a la final gracias a la ventaja obtenida en la diferencia de gol (+1 contra 0).

1. ↑ «Copa Libertadores 1969». www.rsssf.org. Consultado el 3 de febrero de 2025. 
2. ↑ Mazypincha (13 de julio de 2012). «Estudiantes de La Plata: Primera Semifinal de Libertadores '69 entre Estudiantes y la Universidad Católica». Estudiantes de La Plata. Consultado el 11 de junio de 2025. 
3. ↑ Mazypincha (23 de septiembre de 2012). «Estudiantes de La Plata: Segunda Semifinal de Libertadores '69 entre Estudiantes y la Universidad Católica». Estudiantes de La Plata. Consultado el 11 de junio de 2025. 
4. ↑ «Copa Libertadores 1969 - Partidos, Posiciones y Estadísticas». www.zerozero.com.ar. Consultado el 11 de junio de 2025.