En negritas finales ganadas.

El primer finalista, Estudiantes, arrancó directo desde esta fase debido a que era el campeón de la edición anterior. En esta fase Estudiantes enfrentó a la Universidad Católica. En el partido de ida, Estudiantes —en condición de visitante— venció por 3 a 1 a la Universidad Católica; y en el partido de vuelta, Estudiantes —en condición de local— venció por el mismo marcador (3 a 1) a la Universidad Católica. Al ganar ambos partidos, Estudiantes clasificó a la final al ganar 4 a 0 en los puntos a la Universidad Católica.

El retador, Nacional, se clasificó a la Copa como subcampeón uruguayo de 1968. El bolso empezó en esta fase conformando el Grupo 4 junto con Peñarol, Deportivo Quito y Barcelona; en donde los dos primeros del grupo clasificaban a la segunda fase.

En su primer partido Nacional empató 1 a 1 con Peñarol —en condición de visitante—, en su segundo partido Nacional empató 0 a 0 con Deportivo Quito —en condición de visitante—, en su tercer partido Nacional empató 1 a 1 con Barcelona —en condición de visitante—, en su cuarto partido Nacional empató 2 a 2 con Peñarol —en condición de local—, en su quinto partido Nacional derrotó 2 a 0 al Barcelona —en condición de local—, y en su sexto partido Nacional derrotó 4 a 0 al Deportivo Quito —en condición de local—.

Al final, Nacional clasificó a la segunda fase al terminar segundo del Grupo 4 con 8 puntos.

Nacional conformó el Grupo B junto al Deportivo Cali y al Santiago Wanderers, en donde sólo el primero del grupo clasificaría a la semifinal.

En su primer partido, Nacional empató 1 a 1 con Santiago Wanderers —en condición de visitante—, en su segundo partido Nacional venció 5 a 1 al Deportivo Cali —en condición de visitante—, en su tercer partido Nacional venció 2 a 0 al Santiago Wanderers —en condición de local—, y en su cuarto partido Nacional venció 2 a 0 al Deportivo Cali —en condición de local—.

Al final, Nacional clasificó a la semifinal al terminar primero del Grupo B con 7 puntos. En esta fase, Nacional se enfrentó a Peñarol (su eterno rival). En el partido de ida, Nacional le ganó 2 a 0 a Peñarol —en condición de local—; y en el partido de vuelta, Nacional perdería 1 a 0 ante Peñarol —en condición de visitante—. Debido a que ambos equipos estaban igualados en puntos, se tuvo que jugar un tercer partido en cancha neutral para definir al finalista; y en el tercer partido Nacional empató 0 a 0 (luego de 120 min. de juego) con Peñarol —en campo neutral—.

Nacional clasificó a la final a pesar de haber empatado 3 a 3 en los puntos, pero haber ganado 2 a 1 en el global.

1. ↑ «Copa Libertadores 1969». www.rsssf.org. Consultado el 3 de febrero de 2025. 
2. ↑ Partido desempate por la clasificación en estadio neutral.