En negritas finales ganadas.

• La final se definirá en partidos de ida y vuelta.
• La final se definirá por puntos y no por diferencia de goles, y el equipo que más puntos obtenga luego de jugar los dos partidos será el campeón.
• La final de ida de jugará en Argentina La Doble Visera, y la final de vuelta se jugará en Uruguay en el Estadio Centenario.
• En el caso de que ambos equipos terminen igualados en puntos luego de jugarse los dos partidos, se jugará un tercer partido.
• Si al finalizar los 90 min. de juego del tercer partido éste termina en empate, se jugarán dos tiempos suplementarios de 15 min. c/u para definir al campeón.
• Si al finalizar los 120 min. de juego del tercer partido éste termina empatado, se usará la diferencia de goles para definir al campeón, y el equipo que gane en el marcador global de los tres partidos será el campeón.
• El tercer partido se jugará en Chile en el Estadio Nacional.
• Un mismo árbitro será el que arbitre todos los partidos de la final.

Debido a que el Independiente de Argentina era el campeón vigente del torneo, no tuvo que jugar la fase de grupos; y gracias a eso pudo clasificar directamente a la semifinal, en donde se enfrentó al Boca Juniors (también de Argentina, y primero del Grupo 1).

En dicha serie se tuvo que jugar un tercer partido luego de que ambos equipos terminaran igualados en puntos, el tercer partido terminó empatado luego de los 90 min. de juego, por lo que se tuvieron que jugar dos tiempos suplementarios de 15 min. c/u. El tercer partido terminó empatado luego de los 120 min. de juego. Independiente clasificó a la final debido a que ganó 2 a 1 en el resultado global. Cabe recordar que por aquella época, las fases de eliminación directa se definían por puntos y no por diferencia de goles, y si ambos equipos equipos terminaban igualados en puntos después de haber jugado los partidos de ida y vuelta, éstos tenían que jugar un tercer partido en campo neutral para definir al clasificado, y si el tercer partido terminaba empatado en los 90 min. de juego, se jugaban dos tiempos suplementarios de 15 min. c/u, y si al terminar los 120 min. de juego ambos equipos seguían igualados en puntos, recién se tomaba en cuenta la diferencia de goles.

El Peñarol de Uruguay, campeón nacional en 1964, integró el Grupo 3 junto con el Guaraní de Paraguay y el Deportivo Galicia de Venezuela, en donde el primero clasificaba a la semifinal en donde se enfrentaría al primero del Grupo 2.

Al terminar primero del Grupo 3, el Peñarol integró el Grupo B en donde se enfrentó al Santos de Brasil, al igual que en la otra serie semifinal, se tuvo que jugar un tercer partido, debido a que ambos equipos estaban igualados en puntos. Cabe recordar que por aquella época las fases de eliminación directa se definían por puntos y no por diferencia de goles, y si ambos equipos terminaban igualados en puntos se tenía que jugar un tercer partido en campo neutral, y el ganador del tercer partido era el clasificado a la siguiente fase. Peñarol clasificó a la final al ganar 4 a 2 en los puntos.

1. ↑ «Copa Libertadores 1965». www.rsssf.org. Consultado el 3 de febrero de 2025. 
2. ↑ El partido entre Deportivo Galicia y Peñarol terminó empatado 0 a 0; sin embargo, la CONMEBOL le dio los puntos a Peñarol debido a que el Deportivo Galicia alineó indebidamente a Roberto Leopardi. Sin embargo, se mantuvo el resultado sin goles.