Iberia Express opera desde el Aeropuerto de Madrid-Barajas a los siguientes destinos:^[1]​^[2]​

 Alemania (2 destinos)

• Berlín - Aeropuerto de Berlín-Brandeburgo Willy Brandt
• Stuttgart - Aeropuerto de Stuttgart

 Croacia (1 destino)

• Zadar - Aeropuerto de Zadar (Estacional)

 Dinamarca (1 destino)

• Copenhague - Aeropuerto de Copenhague-Kastrup

 España (13 destinos)

• Fuerteventura - Aeropuerto de Fuerteventura
• Gran Canaria - Aeropuerto de Gran Canaria
• Ibiza - Aeropuerto de Ibiza (Estacional)
• Lanzarote - Aeropuerto de Lanzarote
• La Palma - Aeropuerto de La Palma
• Madrid - Aeropuerto de Madrid-Barajas HUB
• Málaga - Aeropuerto de Málaga
• Menorca - Aeropuerto de Menorca (Estacional)
• Palma de Mallorca - Aeropuerto de Palma de Mallorca
• Santiago de Compostela - Aeropuerto de Santiago de Compostela
• Sevilla - Aeropuerto de Sevilla
• Tenerife - Aeropuerto de Tenerife Norte
• Tenerife Sur - Aeropuerto de Tenerife Sur

 Irlanda (2 destinos)

• Cork - Aeropuerto de Cork (Estacional)
• Dublín - Aeropuerto de Dublín

 Italia (3 destinos)

• Bari - Aeropuerto de Bari (Estacional)
• Cagliari - Aeropuerto de Cagliari (Estacional)
• Nápoles - Aeropuerto de Nápoles
• Palermo - Aeropuerto de Palermo (Estacional)

 Países Bajos (1 destino)

• Ámsterdam - Aeropuerto de Ámsterdam-Schiphol

Inglaterra Inglaterra (4 destinos)

• Birmingham - Aeropuerto de Birmingham
• Londres - Aeropuerto de Londres Gatwick
• Mánchester - Aeropuerto de Manchester

 Escocia (1 destino)

• Edimburgo - Aeropuerto de Edimburgo (Estacional)

 Francia (7 destinos)

• Paris - Aeropuerto de Paris-Charles de Gaulle
• Niza - Aeropuerto de Niza
• Nantes - Aeropuerto de Nantes

Islandia Islandia (1 destino)

• Reykjavík - Aeropuerto de Keflavik (Estacional)

Grecia Grecia (4 destinos)

• Cefalonia - Aeropuerto de Cefalonia (Estacional)
• Santorini - Aeropuerto de Santorini (Estacional)
• Heraklion - Aeropuerto de Heraklion (Estacional)
• Miconos - Aeropuerto de Míconos (Estacional)

Malta Malta (1 destino)

• Luqa - Aeropuerto de Luqa (Estacional)

Rumania Rumania (1 destino)

• Bucarest - Aeropuerto de Bucarest (Estacional)

Polonia Polonia (1 destino)

• Cracovia - Aeropuerto de Cracovia (Estacional)