Las banderas con la Cruz del Sur son banderas que incluyen una representación de la constelación Cruz del Sur, nombre español de la Crux, visible desde el hemisferio Sur. También se encuentra representada en los escudos de armas de varios países y entidades sub-nacionales. La constelación simboliza la ubicación austral de sus usuarios.

El término Cruz del Sur también puede referirse a la cruz de San Andrés (saltire) azul, usada en diversas banderas de los Estados Confederados de América en la guerra civil estadounidense.

La siguiente es una lista de banderas nacionales, regionales y sub-nacionales que contienen una representación de la Cruz del Sur.