En el año 2003 fue creado el Valledupar Fútbol Club, equipo que compitió en la Categoría Primera B entre 2003 y 2023 en el Estadio Armando Maestre Pavajeau, cuyo máximo logro fue disputar la serie de promoción en la temporada 2006,^[7]​ quedándose sin lograr el ascenso al caer ante Atlético Huila.

El 23 de junio de 2023, los propietarios del Valledupar F. C. informaron a través de un comunicado por sus redes sociales la desaparición del club,^[8]​ después de que sus dueños decidieran trasladar la ficha a la ciudad de Soacha^[9]​ renombrándolo en aquel momento como Real Soacha Cundinamarca, hoy Real Cundinamarca.

En 2023 fue la mejor temporada en la historia de Alianza Petrolera,^[10]​ logrando la clasificación para la Copa Sudamericana 2024.^[11]​ Posteriormente, el 16 de enero de 2024 se confirma la desaparición de Alianza Petrolera y sus colores, debido a que el propietario de la ficha Carlos Ferreira decidió trasladarla a Valledupar, cambiando su nombre a Alianza Futbol Club.

El 21 de enero de 2024 Alianza jugó su primer partido en la Categoría Primera A contra Atlético Nacional el cual perdería por 3-1 y en su último partido perdería por 1-0 ante el Atlético Bucaramanga. Al finalizar el torneo apertura Alianza terminaría en el penúltimo puesto solo por encima de Patriotas.^[12]​

Debido a que su antecesor Alianza Petrolera había clasificado a la fase preliminar de la Copa Sudamericana 2024 al ocupar el octavo puesto de la tabla de reclasificación de la temporada 2023, como Alianza Petrolera, el equipo en su primer año pudo disputar partidos internacionales. Alianza se clasificó a la fase de grupos del certamen tras derrotar en la fase previa por 2-1 al América de Cali. El equipo fue encuadrado en el grupo B de la copa junto con Cruzeiro, Universidad Católica de Ecuador y Unión La Calera, en su primer partido cayó como local por la mínima contra Unión La Calera, empató a 3-3 con Cruzeiro en condición de visitante, y después cayó como local por 1-3 frente a la Universidad Católica y 0-3 contra Cruzeiro, quedando así sin esperanza de pasar a la siguiente fase, igualó sin goles frente a Universidad Católica y en su último partido derrotó 1-0 a Unión La Calera siendo su única victoria, quedando así como tercero de su grupo.

Pasaría algo inusual ya que Alianza perdió todos los partidos de local, pero empató dos y ganó uno en condición de visitante.

Para la temporada 2025, con el ánimo de generar mayor sentido de pertenencia, el Alianza F. C. cambió su denominación a Alianza Valledupar,^[2]​ nombre con el que empezó a ser más conocido en el año. En el Torneo Apertura 2025, los dirigidos por Hubert Bodhert no lograron la clasificación a los Cuadrangulares Semifinales, quedando en el puesto 10 con 29 puntos, pero cerrando la temporada con su mayor goleada histórica por 6-1 sobre Independiente Santa Fe,^[13]​ club que a la postre se coronó campeón.

• Temporadas en 1.ª: 2 (2024-Actualidad).
• Temporadas en 2.ª: 0
• Primer gol en Primera División:
  • Leonardo Saldaña el 21 de enero de 2024.^[14]​

Mayor goleada conseguida en Primera División:

• • 6-1 al Santa Fe el 25 de mayo de 2025^[13]​

• Mayores goleadas en contra
  • 0-4 contra Águilas Doradas el 17 de abril de 2024, en condición de visitante.
  • 0-4 contra Atlético Bucaramanga el 14 de noviembre de 2024 en condición de local.

Participaciones internacionales

• Copa Sudamericana: 1 (2024)
• Primer partido en torneos internacionales:
  • Alianza Fútbol Club 0 - 1 Unión La Calera (2024) el 3 de abril de 2024 como local
• Partido histórico
  • Cruzeiro 3 - 3 Alianza Fútbol Club^[15]​ el 11 de abril de 2024 como visitante

Pts=Puntos; PJ=Partidos jugados; PE=Partidos empatados; P=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra; DIF=Diferencia de gol

Nota: en negrita jugadores parte de la última convocatoria en sus respectivas selecciones.

• Alianza Petrolera
• Valledupar Fútbol Club

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• Alianza Fútbol Club (Colombia) en X (antes Twitter)