Tras las elecciones generales del año 2000, marcadas por denuncias de fraude y una controvertida reelección de Alberto Fujimori, el panorama político peruano quedó profundamente fracturado. La posterior renuncia del mandatario en noviembre de ese mismo año, en medio de una crisis institucional sin precedentes, dio paso a un gobierno de transición encabezado por Valentín Paniagua. Este nuevo escenario abrió espacio para la reorganización de las fuerzas partidarias, especialmente en los sectores del centro y la derecha, que buscaban reposicionarse tras el colapso del sistema de partidos y de la cooptación institucional.

El Partido Popular Cristiano, de larga trayectoria histórica, había perdido su inscripción electoral al no alcanzar el 4% de los votos válidos en las elecciones generales de 1995, según lo exigido por la legislación vigente.^[1]​ Esta situación le impidió participar como organización en los comicios del año 2000, lo que llevó a Perú Posible y Somos Perú a extenderle invitaciones institucionales para integrar sus listas parlamentarias.^[2]​ Bajo el liderazgo de Lourdes Flores Nano, excongresista de oposición al régimen fujimorista durante los años noventa, y de Ántero Flores-Aráoz, el PPC logró reinscribirse a tiempo para competir en las elecciones generales de 2001.^[3]​

Solidaridad Nacional, agrupación liderada por Luis Castañeda Lossio, participó en las elecciones de 2000 con resultados marginales. Aunque inicialmente fue considerado un contendiente competitivo,^[4]​ fue objeto de ataques sistemáticos por parte de la prensa sensacionalista vinculada al régimen, los llamados “diarios chicha”, y careció de una estructura organizativa consolidada que le permitiera proyectarse a nivel nacional. Por otro lado, el ala más conservadora de la derecha, representada por José Barba Caballero y Rafael Rey Rey, articuló sus agrupaciones —Renovación Nacional y Coordinadora Democrática— en la alianza Unión de Centro Democrático,^[5]​ con la que respaldaron la candidatura presidencial de Federico Salas a través del movimiento Avancemos. Tras obtener resultados electorales cercanos al 2%, Salas fue designado brevemente como ministro de Estado durante el tercer mandato de Fujimori, en un intento fallido de apertura del régimen en medio de la crisis.^[6]​

Los principales partidos políticos que conformaron esta alianza fueron las siguientes:

Otras agrupaciones que integraron la alianza fueron las siguientes:

Actual conformación:

Para las elecciones generales, la Alianza presentó a la fundadora Lourdes Flores Nano para la Presidencia del Perú, militante del Partido Popular Cristiano.^[8]​ Flores Nano había ocupado el cargo de Congresista de la República durante el periodo 1990-2000.^[9]​^[10]​^[11]​

Luego del autogolpe de Alberto Fujimori fue miembro de la Comisión Permanente del Congreso Constituyente Democrático. Posteriormente fue reelegida para el periodo 1995-2000.

En las elecciones, logró el tercer lugar en las preferencias, por debajo del aprista Alan García. Obtuvo un 24% para las presidenciales sin pasar a la segunda vuelta. No apoyó ni a Alejandro Toledo ni a Alan García.

Unidad Nacional se consolidó como la segunda fuerza de oposición del Congreso de la República (después del Partido Aprista Peruano) logrando 17 escaños de 120. Para terminar el periodo 2001-2006, quedaron 12 Congresistas.

Unidad Nacional tuvo destacada participación al ser Ántero Flores-Aráoz el único miembro de la oposición en llegar a ser Presidente del Congreso, perdiendo así Perú Posible por un año la Presidencia del Legislativo.

En el 2002, el Candidato de Unidad Nacional y principal dirigente de Solidaridad Nacional, Luis Castañeda Lossio ganó las elecciones municipales de ese año y fue elegido alcalde de Lima Metropolitana, derrotando a Alberto Andrade quien postulaba para un tercer período. Su candidatura fue apoyada por todos los dirigentes de la alianza.

Alcaldes Provinciales electos por Unidad Nacional

En 2005, los tres partidos decidieron que van juntos a las elecciones generales del 2006, nuevamente bajo la candidatura de Lourdes Flores, quien quedó tercera por un escaso margen.^[12]​

Luego del proceso electoral, la Alianza presentó signos de desunión entre sus miembros.^[13]​ ^[14]​ Finalmente el 17 de mayo, Rafael Rey anunció el retiro del partido que lideraba (Renovación Nacional). Su retiro podría deberse a problemas personales con Luis Castañeda Lossio de Solidaridad Nacional.

El 5 de febrero de 2006, Unidad Nacional presentó a sus candidatos al Congreso de la República. Los congresistas para el periodo 2006-2011 electos por Unidad Nacional son:

A inicios del periodo legislativo 2006-2011, el congresista José Luna Gálvez fue suspendido temporalmente para que fuese investigado por el Ministerio Público en el caso de transfuguismo del régimen fujimorista. En su reemplazo se convocó a Wilder Ruiz Silva, militante de Renovación Nacional, y permaneció hasta el año 2010 cuando Luna regresó a su cargo de congresista tras quedar absuelto.

En marzo del 2007, el Congreso aprobó la suspensión de la congresista Elsa Canchaya luego de que un programa periodístico denunciara que Canchaya contrató a su empleada doméstica como su asesora congresal. Tras esto, el Jurado Nacional de Elecciones convocó a Hildebrando Tapia para ocupar su curul en su reemplazo.

Unidad Nacional presidió las Comisiones de Justicia y Derechos Humanos (Raúl Castro Stagnaro), Descentralización, Regionalización, Gobiernos Locales y Modernización de la Gestión del Estado (Juan Carlos Eguren), Economía, Banca, Finanzas e Inteligencia Financiera (Martín Pérez Monteverde) y Ética Parlamentaria (Luis Galarreta) para el periodo 2006-2007. Así mismo, la segunda vicepresidencia de la Mesa Directiva (Fabiola Morales), participando en una lista multipartidaria.

En mayo del 2007, los miembros de Renovación Nacional abandonaron la bancada, salvo Luis Galarreta, quien decidió quedarse en Unidad Nacional, renunciando a su partido. Luego, los tres congresistas de Solidaridad Nacional también renunciaron a la bancada y en 2010 pasaron a conformar la bancada Alianza Nacional, junto con los dos congresistas de Renovación Nacional y algunos independientes.

Para la alcaldía de Lima, Luis Castañeda Lossio se presentó a la reelección, superando a todos sus candidatos por casi el doble de los votos. En el caso de Lima, Unidad Nacional ganó 27 de 42 alcaldías, a diferencia del proceso de 2002 (13 de 42), manteniendo las ganadas anteriormente:

Fuera de Lima, Unidad Nacional ganó muy pocas alcaldías distritales y solo 2 provinciales. Pese a que no ganó ninguna presidencia regional, Rómulo Triveño de Ica, ganó con el auspicio de la alianza.

Alcaldes provinciales electos por Unidad Nacional

En 2025, el Partido Popular Cristiano junto con los partidos Unidad y Paz y Peruanos Unidos: ¡Somos Libres! acudieron al Jurado Nacional de Elecciones para volver a inscribir la alianza electoral Unidad Nacional y participar en las elecciones generales del 2026. La alianza está liderada por el general Roberto Chiabra, quien se encuentra como precandidato presidencial.^[15]​