Durante la década de 1970, se construyó la infraestructura que aún sirve como base del aeropuerto. En 1973, fue renombrado en honor al coronel de la Fuerza Aérea del Perú, Francisco Secada Vignetta, un piloto nacido en Iquitos que destacó por su participación en la guerra colombo-peruana de 1932-1933.^[2]​

Hasta 1979, las operaciones aéreas en Iquitos se realizaban en el antiguo Aeródromo Teniente Bergerie.^[2]​ Tras su cierre, el Aeropuerto Internacional Coronel FAP Francisco Secada Vignetta asumió plenamente las funciones aeroportuarias de la ciudad, consolidándose como el principal punto de acceso aéreo a la región.^[2]​

En 2006, la administración del aeropuerto fue otorgada en concesión a Aeropuertos del Perú (AdP), una empresa encargada de operar y mantener varios aeropuertos en el país. Bajo esta gestión, se han implementado diversas mejoras en la infraestructura y los servicios del aeropuerto.

En 2014, se llevaron a cabo obras de modernización en el aeropuerto, incluyendo la rehabilitación de los pavimentos de la pista, la remodelación del terminal y el mejoramiento de las condiciones de seguridad. Estas mejoras permitieron recibir aviones de categoría C, como los Airbus A319 y A320.

En febrero de 2019, Aeropuertos del Perú (AdP) anunció una inversión de 31 millones de dólares destinada a la rehabilitación de la infraestructura del aeropuerto. Las obras contemplaron mejoras en la pista de aterrizaje, calles de rodaje y plataforma de aeronaves, con el objetivo de garantizar la continuidad y seguridad de las operaciones aeroportuarias.^[3]​ El Plan Maestro de Desarrollo (PMD) del aeropuerto contempla la ampliación de la infraestructura, incluyendo la construcción de un nuevo terminal de pasajeros y de carga, la extensión de la pista de aterrizaje y la construcción de calles de rodaje paralelas, entre otras mejoras.^[4]​

Para facilitar la ampliación del aeropuerto, el Ministerio de Transportes y Comunicaciones (MTC) logró, hasta 2021, la adquisición del 98% de los inmuebles requeridos, equivalentes a 400 predios.^[5]​ ^[6]​ Esta iniciativa forma parte de los esfuerzos por mejorar la conectividad y capacidad operativa del terminal aéreo.

En noviembre de 2022, el aeropuerto retomó las operaciones nocturnas tras implementar mejoras en su infraestructura y sistemas de iluminación. Esta reanudación permitió ampliar la disponibilidad de vuelos y mejorar la conectividad aérea de la región.^[7]​

En enero de 2023, el MTC aprobó la expropiación de áreas de inmuebles afectados por la ejecución de nuevas obras en el aeropuerto.^[6]​

Hoy en día, el Aeropuerto Internacional Coronel FAP Francisco Secada Vignetta es el principal terminal aéreo de la Amazonía peruana, atendiendo a más de un millón de pasajeros al año y siendo el cuarto aeropuerto con mayor tráfico aéreo del país, después de los aeropuertos de Lima, Cusco y Arequipa. Además, es el único aeropuerto en la Amazonía que cuenta con la certificación ISO 9001, reflejando su compromiso con estándares internacionales de calidad.

Para información turística se disponen de módulos de iperú, Información y Asistencia al Turista, ubicados en la Sala de Llegadas. Allí se reparte material informativo gratuito además de información sobre los principales destinos turísticos de Iquitos, la Amazonia Peruana y del Perú en general, así como las empresas recomendables, precios referenciales y consejos. Esta oficina también recibe reclamos y sugerencias contra destinos o empresas turísticas.

Según AdP, el aeropuerto cuenta servicios turísticos autorizados como Delfin Amazon Cruises, Aqua Expeditions y Jungle Experiences.^[8]​

El transporte entre el aeropuerto y la ciudad se realiza por medio de taxis y mototaxis de estilo peruano. Por seguridad es recomendable tomar sólo taxis y mototaxis de las empresas o asociaciones registradas que están dispuestas a la salida de la sala de llegadas. Los conductores de estas empresas formales están uniformados y poseen un fotocheck identificatorio con su foto, nombres, placa y otros datos. Además existe la posibilidad de alquilar automóviles, contactando a la empresa ubicada en un módulo dentro de la sala de llegadas o en uno de los counters dentro del Hall principal.

El aeropuerto tiene una línea comercial donde ofrece servicios al pasajero. Tiene una red de cajeros automáticos de bancos como BBVA, BCP, Global Net, Scotiabank,^[8]​ así como tiendas que incluye Papachay Market Hall, Papachay Market, Embarque y Secure Bag.^[8]​^[9]​ También cuenta con restaurantes como Martina Café, RUTTA y el salón VIP.^[8]​

El aeropuerto dispone de una sala VIP ubicada en la sala de embarque llamada Caral VIP Lounge, a la izquierda después de los controles de seguridad.^[10]​ Esta sala opera en un horario de 07:00 a 22:00 horas.

Está ubicado a 7 km (4.5 millas) al suroeste del Centro de Iquitos. Tiene una pista única de 2,500 metros (8,202 pies) numerado en 06-29, que descansa en una planicie cercana al río Nanay. Operado por Aeropuertos del Perú, tiene una pista única de 2,500 metros (8,202 pies) numerado en 06-29,^[1]​ con una calle de rodaje.

Ver fuente y consulta Wikidata.

La información diaria de llegadas y salidas durante las 24 horas se puede obtener directamente y en tiempo real desde el sitio web del aeropuerto en CORPAC.

• El 3 de abril de 1989, un Boeing 737-200 con registro OB-R-1314 de la aerolínea Faucett sufrió una excursión de pista después de que en el aterrizaje fallara uno de los tres trenes de aterrizaje, no hubo víctimas fatales.^[11]​
• El 10 de agosto de 1989, un Douglas DC-8 de Export Air sufrió otra excursión de pista por las condiciones climáticas, no hubo víctimas fatales.^[12]​
• El 28 de marzo de 1992, un Douglas DC-8 de Export Air sufrió un colapso del tren frontal, no hubo víctimas fatales.^[13]​

•   Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Aeropuerto Internacional Coronel FAP Francisco Secada Vignetta.
• Vista Satelital por Google Earth
• Sitio de la empresa Aeropuertos del Perú -ADP-, concesionaria privada del aeropuerto de Iquitos