Fue establecida en Lima el 5 de mayo de 1887 como correspondiente a la Real Academia Española. El 30 de agosto realizó su primera función pública en el salón de actos de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, cuando se eligió como primer presidente a Francisco García Calderón, expresidente del Perú. Si bien es cierto que se inauguró en 1887, su inicio fue pospuesto a causa de la Guerra del Pacífico, ya que durante la ocupación chilena de Lima gran parte de los libros de la Biblioteca Nacional fueron sustraídos^[2]​ y llevados a Chile como botín de guerra; este suceso forzó que Ricardo Palma priorice la reconstrucción de la Biblioteca dejando de lado la idea de inaugurar años antes la APL.

A García Calderón le sucede Ricardo Palma, primero como presidente y luego como director. Palma fue un valiente defensor de los peruanismos, que expuso en sus libros Papeletas lexicográficas y Neologismos y americanismos, además de intermediar con la Real Academia Española para que los acepte.

Entre sus miembros se encuentra Mario Vargas Llosa, galardonado con el Premio Cervantes (1994) y con el Premio Nobel de Literatura (2010), quien además tiene un sillón en la Real Academia Española. Pero junto a este insigne nombre de la literatura hispanoamericana, también fueron miembros de renombre: Víctor Andrés Belaúnde, Guillermo Hoyos Osores, Augusto Tamayo Vargas, Luis Jaime Cisneros, además Aurelio y Francisco Miró Quesada. En el terreno de la lingüística quechua relacionada al español del Perú, participa Rodolfo Cerrón Palomino, y en peruanismos —sobre todo limeñismos y arcaismos—,^[3]​ Martha Hildebrandt.^[4]​

El poeta y escritor Marco Martos Carrera (Lima, 1942) fue el presidente de la institución desde 2018 hasta 2022. El actual presidente es Eduardo Hopkins Rodríguez, quien ha sido elegido hasta el año 2025.

La Academia —con sede en Lima— organizó el VIII Congreso Internacional de la Asociación de Academias (1980).

• Francisco García-Calderón y Landa
• Ricardo Palma
• José de la Riva Agüero y Osma
• Víctor Andrés Belaúnde Diez-Canseco
• Aurelio Miró Quesada Sosa
• José Jiménez Borja
• Augusto Tamayo Vargas
• Luis Alberto Sánchez Sánchez
• Estuardo Núñez Hague
• Luis Jaime Cisneros Vizquerra
• Francisco Miró-Quesada Cantuarias
• José Agustín de la Puente Candamo
• Fernando de Szyszlo Valdelomar
• Edgardo Rivera Martínez
• Martha Hildebrandt
• Ismael Pinto Vargas
• Eugenio Chang Rodríguez
• Luis Alberto Ratto Chueca

• Sr. D. Alfredo Bryce Echenique
• Sr. D. Armando Zubizarreta
• Sr. D. Luis Enrique López
• Sra. D.ª Rocío Caravedo
• Sr. D. Julio Ortega
• Sr. D. Pedro Lasarte
• Sr. D. Juan Carlos Godenzzi
• Sr. D. Jesús Cabel Moscoso

• Sr. D. James Higgins
• Sr. D. Humberto López Morales
• Sr. D. Julio Calvo Pérez
• Sr. D.ª Raquel Chang-Rodríguez
• Sr. D.ª Isabelle Tauzin-Castellanos
• Sr. D.ª Inmaculada Lergo
• Sr. D. Pedro Lastra
• Sr. D. Stephen M. Hart
• Sr. D. Juan Jesús Armas Marcelo
• Sr. D. César Ferreira
• Sr. D. Thomas Ward

• Sr. D. Johan Leuridan Huys
• Sr. D. Antonio Gamoneda Lobón
• Sr. D. Jorge Eduardo Arellano

• Francisco García-Calderón y Landa (1887-1905)
• Ricardo Palma (1905-1919)
• Javier Prado (1919-1921)
• José de la Riva Agüero y Osma (1934-1944)
• Víctor Andrés Belaúnde Diez-Canseco (1944-1966)
• Aurelio Miró Quesada Sosa (1967-1979)
• José Jiménez Borja (1979-1982)
• Augusto Tamayo Vargas (1982-1988)
• Estuardo Núñez Hague (1988-1991)
• Luis Jaime Cisneros Vizquerra (1991-2005)
• Marco G. Martos Carrera (2006-2014)
• Ricardo Silva-Santisteban Ubillús (2014-2017)
• Marco G. Martos Carrera (2018-2022)
• Eduardo Hopkins Rodríguez (2022-2025)

• Literatura del Perú.

• Academia Peruana de la Lengua