Existen nueve familias encuadradas en este suborden:^[1]​

• Anarhichadidae Bonaparte, 1835 - Peces lobo y Anguilas lobo.
• Bathymasteridae Jordan y Gilbert, 1883 - Roncos pelones.
• Cryptacanthodidae Gill, 1861
• Pholidae Gill, 1893 - Espinosos de marea.
• Ptilichthyidae Jordan y Gilbert, 1883
• Scytalinidae Jordan y Starks, 1895
• Stichaeidae Gill, 1864
• Zaproridae Jordan, 1896
• Zoarcidae Swainson, 1839 - Viruelas.

Además, en un proceso de remodelación del suborden basado en análisis del ADN mitocondrial,^[2]​ se han convertido géneros que antes estaban en otras taxones a familias o subfamilias dentro de este, que a la espera de ser aceptadas la sistemática filogenética de este suborden según Radchenko (2015)^[2]​ y Turanov (2016)^[3]​ sería la siguiente:

• Anarhichadidae Bonaparte, 1835
• Bathymasteridae Jordan y Gilbert, 1883
• Cryptacanthodidae Gill, 1861
• Eulophiidae
• Pholidae Gill, 1893Gill, 1893
• Ptilichthyidae Jordan y Gilbert, 1883
• Scytalinidae Jordan y Evermann, 1898
• Stichaeidae Gill, 1864:
  • Subfamilia Azygopterinae
  • Subfamilia Chirolophinae
  • Subfamilia Lumpeninae
  • Subfamilia Opisthocentrinae
  • Subfamilia Stichaeinae
  • Subfamilia Xiphisterinae
• Zaproridae Jordan y Evermann, 1898
• Zoarcidae Swainson, 1839:
  • Subfamilia Gymnelinae
  • Subfamilia Lycozoarcinae
  • Subfamilia Neozoarcinae
  • Subfamilia Zoarcinae

•  
  Pez lobo
•  
  Ronco pelón
•  
  Espinoso de marea
•  
  Viruela

• «Zoarcoidei (TSN 165214)». Sistema Integrado de Información Taxonómica (en inglés). 
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