Yang Jun se consideró un destacado portero joven y talentoso, fue descubierto rápidamente por el equipo Qingdao Hainiu, lo llevó al primer equipo y le abrió un camino a la selección absoluta en la temporada 2001 de la liga. En Qingdao, que había cambiado su nombre por el de Qingdao Jonoon, no tendría que esperar mucho tiempo antes de que pudiera establecerse como portero titular para el final de la temporada de 2002, cuando hizo veinte partidos al final del año. En las próximas temporadas, fue el portero titular del club hasta que decidió unirse al Changchun Yatai, auqnue no fue capaz de asegurarse un lugar y fue cedido al Beijing Guoan donde solo jugó cuatro partidos.

Changchun Yatai estaba dispuesto a dejar ir a Yang Jun, quien fue transferido al Tianjin Teda al comienzo de la temporada de la liga 2007, donde fue inmediatamente portero titular del club, así como rápidamente se convirtió en un miembro prominente del equipo. La próxima temporada sería la más exitosa con el club cuando en 2008 ayudó al club a estar entre los cuatro mejores de la liga y lograr la clasificación para la Liga de Campeones de la AFC por primera vez en su historia. En la Liga de Campeones de la AFC 2009 no tuvo éxito para el club, mientras él jugó en los primeros cuatro partidos de la fase de grupos, fue descartado durante los dos restantes después de que el equipo no pudiera progresar, sin embargo Yang jugó en todos los partidos de la liga e incluso fue capitán del equipo durante la ausencia de Wang Xiao durante un corto período. Al final de la temporada el equipo terminó en un decepcionante sexto lugar y el club estaba dispuesto a dejar ir a Yang, pero no pudo encontrar un comprador y al igual que con su compañero de equipo Han Yanming el club dejó de pagar su salario, de manera que Yang se volvió por cuenta propia a su antiguo club, el Tianjin Locomotive.

Yang fue seleccionado para ser el arquero de China en la Copa Asiática donde jugó suplente de Li Leilei. Jugó un partido en el torneo por China en 2007 contra Uzbekistán Que China perdió 3-0, dejándolos fuera del torneo.

• Copa FA de China: 2002

• Superliga de China: 2011, 2012, 2013
• Copa FA de China: 2012
• Supercopa de China: 2012
• Liga de Campeones de la AFC: 2013

• Primera Liga China: 2016

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