Werner II (ca. 1100-25 de noviembre de 1167),^[1]​ fue un conde de Habsburgo, landgrave de la Alta Alsacia y Vogt de Muri. Fue uno de los ascendientes de la Casa de Habsburgo, tatarabuelo de Rodolfo I de Habsburgo, el primer emperador de esa dinastía.^[1]​

Werner II
Información personal
Nombre en alemán	Werner II.
Fallecimiento	19 de agosto de 1167jul. Roma (Estados Pontificios)
Causa de muerte	Peste
Familia
Familia	Casa de Habsburgo
Padres	Otón II (conde de Habsburgo) (Hilla von Pfirt ?)
Cónyuge	Ida of Homberg
Hijos	Alberto III (conde de Habsburgo)
Información profesional
Ocupación	Aristócrata
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De su padre Otto II heredó numerosas posesiones en las actuales Suiza y Alsacia, entre ellas el castillo de Habsburgo, y de su madre, Hilda de Pfirt, heredó también posesiones en Alsacia.^[2]​

Asumió el mando de sus posesiones siendo aún un niño, cuando su padre fue asesinado en 1111, lo que lo obligó a permanecer alejado de los desórdenes políticos de la época. Sólo tras más de cincuenta años de mandato, quedó involucrado en la guerra de sucesión del condado de Bregenz y movilizó su hueste personal en defensa de una de las partes durante dos años, entre 1164 y 1166.^[3]​

En 1166 acompañó al emperador Federico I Barbarroja en su expedición a Italia, como parte de las luchas contra las comunas italianas, por la sucesión de Guillermo I de Sicilia y las continuas luchas entre aspirantes al papado. El combate más importante de esa campaña fue la batalla de Monte Porzio, en la que las tropas de Federico —entre ellos Werner y sus hombres— obtuvieron una victoria resonante, que les permitiría capturar Roma días más tarde.^[4]​ Sin embargo, Werner fue víctima de una epidemia, muriendo en Tusculum en noviembre de ese año.^[3]​

A su muerte, sus posesiones y títulos pasaron a su hijo Alberto III; tuvo también una hija, llamada Richenza, que se casó con el conde de Pfirt, y un hijo sacerdote, Otto, que un año antes de su muerte había sido nombrado obispo de Constanza.^[3]​