Nació en Paderborn el 31 de enero de 1940.^[2]​ Después de completar la escuela secundaria (Abitur en Gymnasium Theodorianum), estudió química, biología y física en la Universidad de Heidelberg.^[3]​ Después de completar su doctorado y habilitación, se convirtió en profesor universitario en Heidelberg y, al mismo tiempo, se convirtió en jefe de departamento en el Centro Alemán de Investigación Oncológica.^[3]​ En 1982, Franke se convirtió en presidente de la Organización Europea de Biología Celular (ECBO), cargo que ocupó hasta 1990.^[3]​ Su principal campo de investigación fue la caracterización molecular del citoesqueleto en células normales y transformadas.^[4]​ También era un experto en dopaje.^[5]​

Falleció el 14 de noviembre de 2022 a causa de una hemorragia cerebral, a los 82 años.^[1]​^[5]​

Franke es considerado un destacado experto en drogas para mejorar el rendimiento y uno de los críticos más ardientes del abuso de drogas en los deportes. Junto con su esposa, Brigitte Berendonk, quien fue lanzadora olímpica de disco y bala, luchó contra el abuso de drogas en los deportes. Ayudó a su esposa a investigar el libro de 1991 Doping: From Research to Deceit, que descubrió el uso sistemático del dopaje por parte de los atletas de Alemania Oriental.^[6]​

Defendió al ciclista Danilo Hondo después de que la sustancia prohibida fenilpiracetam fuera encontrada en su sangre durante la Vuelta a Murcia de 2005.^[7]​^[8]​ Franke argumentó que la cantidad encontrada en su sangre era "risiblemente pequeña" y que "solo se puede obtener este medicamento a través de ciertos canales en Rusia o China, donde es utilizado por el ejército y los programas de vuelos espaciales".^[9]​

Durante una entrevista el 3 de agosto de 2006 con el canal de televisión regional alemán rheinmaintv, Franke afirmó que el ciclista Jan Ullrich compraba alrededor de 35.000 € en productos de dopaje al año basándose en documentos descubiertos en el caso de dopaje de la Operación Puerto.^[10]​^[11]​ Un tribunal alemán impuso una orden de mordaza a Franke después de que descubrió que no había pruebas suficientes para vincular a Ullrich con el dopaje.^[12]​ Sin embargo, ese caso volvió a la corte con un análisis de ADN que vinculaba a Ullrich con nueve bolsas de sangre incautadas en el caso Puerto,^[13]​^[14]​^[15]​ y, finalmente, después de cuatro años, Franke ganó el proceso.^[1]​

• Miembro de la Organización Europea de Biología Molecular, (1977).^[3]​
• Premio Meyenburg, (1981).^[3]​
• Premio Ernst Jung, (1984).^[3]​
• Miembro de la Academia de Ciencias y Humanidades de Heidelberg, (1986).^[16]​
• Miembro honorario de la Asociación Estadounidense de Anatomía, (1988).^[3]​
• Miembro de la Academia Europaea, (1989).^[3]​
• Orden al Mérito de la República Federal de Alemania, (2004).^[17]​

Franke es autor y coautor de c. 660 artículos originales en el campo de la biología celular y molecular.^[3]​ A 2022, su índice h es 158, según el Google Académico.^[18]​

• Moll, Roland; Franke, Werner W.; Schiller, Dorothea L.; Geiger, Benjamin; Krepler, Reinhard (1982). «The catalog of human cytokeratins: Patterns of expression in normal epithelia, tumors and cultured cells». Cell (Elsevier BV) 31 (1): 11-24. ISSN 0092-8674. PMID 6186379. doi:10.1016/0092-8674(82)90400-7. 
• Wiedenmann, Bertram; Franke, Werner W. (1985). «Identification and localization of synaptophysin, an integral membrane glycoprotein of Mr 38,000 characteristic of presynaptic vesicles». Cell (Elsevier BV) 41 (3): 1017-1028. ISSN 0092-8674. PMID 3924408. doi:10.1016/s0092-8674(85)80082-9. 
• Franke, W W; Schmid, E; Osborn, M; Weber, K (1978). «Different intermediate-sized filaments distinguished by immunofluorescence microscopy.». Proceedings of the National Academy of Sciences 75 (10): 5034-5038. Bibcode:1978PNAS...75.5034F. ISSN 0027-8424. PMC 336257. PMID 368806. doi:10.1073/pnas.75.10.5034. 

• Franke, Werner; Ludwig, Udo (2007). Der verratene Sport die Machenschaften der Doping-Mafia ; Täter, Opfer und was wir ändern müssen (en alemán). [München]. ISBN 978-3-89883-185-7. OCLC 255677001. 
• Berendonk, Brigitte (1992). Doping: Von der Forschung zum Betrug [Doping: From Research to Deceit] (en alemán). Reinbek bei Hamburg: Rowohlt. ISBN 3-499-18677-2. OCLC 231377968. 
• Franke, Werner; Berendonk, Brigitte (1997). «Hormonal doping and androgenization of athletes: a secret program of the German Democratic Republic government». Clinical Chemistry 43 (7): 1262-1279. ISSN 0009-9147. PMID 9216474. doi:10.1093/clinchem/43.7.1262. 

• Werner Franke – Perfil de miembro de la Sociedad Estadounidense de Biología Celular.
• Esta obra contiene una traducción derivada de «Werner Franke» de Wikipedia en inglés, publicada por sus editores bajo la Licencia de documentación libre de GNU y la Licencia Creative Commons Atribución-CompartirIgual 4.0 Internacional.