La mayoría de los estudios coinciden en el Cretácico para el ancestro común más reciente de las aves modernas, pero las estimaciones varían desde el Cretácico Inferior^[1]​ hasta el Cretácico Superior.^[2]​ De manera similar, no hay acuerdo sobre si la mayor parte de la diversificación temprana de las aves modernas ocurrió en el Cretácico y se asoció con la ruptura del supercontinente Gondwana o se dio más tarde y potencialmente como consecuencia del evento de extinción del Cretácico-Paleógeno.^[3]​ Este desacuerdo se debe en parte a una divergencia en la evidencia, ya que la mayoría de los estudios de datación molecular sugieren una radiación evolutiva en el Cretácico, mientras que la evidencia fósil apunta a una radiaciónen el Cenozoico (la llamada controversia "rocas" versus "relojes").

El descubrimiento en 2005 de Vegavis del Maastrichtiense, la última etapa del Cretácico Superior, demostró que la diversificación de las aves modernas comenzó antes de la era Cenozoica.^[4]​ Las afinidades de un fósil anterior, el posible galliforme Austinornis lentu , que data de hace unos 85 millones de años,^[5]​ todavía son demasiado controvertidas para proporcionar una evidencia fósil de la diversificación de las aves modernas. En 2020, se describió Asteriornis del Maastrichtiense, que parece ser un pariente cercano de Galloanserae, el linaje divergente más antiguo dentro de Neognathae.Error en la cita: Error en la cita: existe un código de apertura <ref> sin su código de cierre </ref> Sin embargo, una estimación de 2015 que utilizó un nuevo método para calibrar los relojes moleculares confirmó que, si bien las aves modernas se originaron temprano en el Cretácico Superior, probablemente en Gondwana Occidental , se produjo un pulso de diversificación en todos los grupos principales alrededor del evento de extinción del Cretácico-Paleógeno.^[6]​ Las aves modernas se habrían expandido desde Gondwana Occidental a través de dos rutas. Una ruta fue un intercambio antártico en el Paleógeno. La otra ruta fue probablemente a través de puentes terrestres del Paleoceno entre América del Sur y América del Norte, lo que permitió la rápida expansión y diversificación de Neornithes en el Holártico y el Paleotrópico.^[6]​ Por otro lado, la presencia de Asteriornis en el hemisferio norte sugiere que Neornithes se dispersó fuera de Gondwana Oriental antes del Paleoceno.

1. ↑ Lee, Michael S. Y.; Cau, Andrea; Naish, Darren; Dyke, Gareth J. (May 2014). «Morphological Clocks in Paleontology, and a Mid-Cretaceous Origin of Crown Aves». Systematic Biology (Oxford Journals) 63 (1): 442-449. PMID 24449041. doi:10.1093/sysbio/syt110.  Parámetro desconocido |doi-access= ignorado (ayuda)
2. ↑ Prum, R. O. (2015). «A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing». Nature 526 (7574): 569-573. Bibcode:2015Natur.526..569P. PMID 26444237. S2CID 205246158. doi:10.1038/nature15697. 
3. ↑ Ericson, Per G.P. et al. (2006). «Diversification of Neoaves: integration of molecular sequence data and fossils». Biology Letters 2 (4): 543-547. PMC 1834003. PMID 17148284. doi:10.1098/rsbl.2006.0523. Archivado desde el original el 25 March 2009. Consultado el 4 July 2008. 
4. ↑ Clarke, Julia A.; Tambussi, Claudia P.; Noriega, Jorge I.; Erickson, Gregory M.; Ketcham, Richard A. (January 2005). «Definitive fossil evidence for the extant avian radiation in the Cretaceous». Nature 433 (7023): 305-308. Bibcode:2005Natur.433..305C. PMID 15662422. S2CID 4354309. doi:10.1038/nature03150. hdl:11336/80763. Archivado desde el original el 10 June 2020.  Parámetro desconocido |url-status= ignorado (ayuda)
5. ↑ Clarke, J. A. (2004). «Morphology, phylogenetic taxonomy, and systematics of Ichthyornis and Apatornis (Avialae: Ornithurae)». Bulletin of the American Museum of Natural History 286: 1-179. S2CID 84035285. doi:10.1206/0003-0090(2004)286<0001:mptaso>2.0.co;2. hdl:2246/454. Archivado desde el original el 19 June 2015. Consultado el 22 March 2015. 
6. ↑ ^{a b} Claramunt, S.; Cracraft, J. (2015). «A new time tree reveals Earth history’s imprint on the evolution of modern birds». Science Advances 1 (11). doi:10.1126/sciadv.1501005.