Se conocen las siguientes especies válidas en este género:^[1]​

• Upeneus asymmetricus Lachner, 1954
• Upeneus australiae Kim y Nakaya, 2002
• Upeneus davidaromi Golani, 2001
• Upeneus doriae (Günther, 1869)
• Upeneus filifer (Ogilby, 1910)
• Upeneus francisi Randall y Guézé, 1992
• Upeneus guttatus (Day, 1868)
• Upeneus heemstra Uiblein y Gouws, 2014
• Upeneus indicus Uiblein y Heemstra, 2010
• Upeneus itoui Yamashita, Golani y Motomura, 2011
• Upeneus japonicus (Houttuyn, 1782)
• Upeneus lombok Uiblein y White, 2015
• Upeneus luzonius Jordan y Seale, 1907
• Upeneus margarethae Uiblein y Heemstra, 2010
• Upeneus mascareinsis Fourmanoir y Guézé, 1967
• Upeneus moluccensis (Bleeker, 1855)
• Upeneus mouthami Randall y Kulbicki, 2006
• Upeneus niebuhri Guézé, 1976
• Upeneus nigromarginatus Bos, 2014
• Upeneus oligospilus Lachner, 1954
• Upeneus parvus Poey, 1852
• Upeneus pori Ben-Tuvia y Golani, 1989
• Upeneus quadrilineatus Cheng y Wang, 1963
• Upeneus randalli Uiblein y Heemstra, 2011
• Upeneus saiab Uiblein y Lisher, 2013
• Upeneus seychellensis Uiblein y Heemstra, 2011
• Upeneus stenopsis Uiblein y McGrouther, 2012
• Upeneus suahelicus Uiblein y Heemstra, 2010
• Upeneus subvittatus (Temminck y Schlegel, 1843)
• Upeneus sulphureus Cuvier, 1829
• Upeneus sundaicus (Bleeker, 1855)
• Upeneus supravittatus Uiblein y Heemstra, 2010
• Upeneus taeniopterus Cuvier, 1829
• Upeneus tragula Richardson, 1846
• Upeneus vanuatu Uiblein y Causse, 2013
• Upeneus vittatus (Forsskål, 1775)
• Upeneus xanthogrammus Gilbert, 1892

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