En su devenir histórico, la Universidad de Sonora ha sufrido pocas modificaciones en cuanto a su modo de organización institucional; ha conocido tres grandes etapas históricas, correspondientes con los momentos de cambio en el estatuto jurídico que regula su quehacer académico.

Cada período se caracteriza principalmente por las acciones manifiestas de la comunidad universitaria y de sus formas de organización, así como también por las características políticas de las administraciones que la han regido.

La primera etapa va desde el 10 de agosto de 1938, cuando se forma el Comité Pro-Fundación de la Universidad de Sonora - incluyendo el momento de la promulgación de la primera ley orgánica: La Ley N.º 92 (16 de noviembre de 1938) -, hasta el 19 de agosto de 1953, cuando se abroga la Ley N.º 39 (segunda Ley Orgánica); es el momento en que se sustituye al Comité Administrativo por el Consejo Universitario, con la inclusión de un Patronato. Los rectores durante esta etapa fueron:

• Prof. Aureliano Esquivel Casas (1942-1943),
• Ing. Francisco Antonio Astiazarán (1944 -1946) y
• Prof. Manuel Quiroz Martínez ( 1946-1953)

La segunda etapa comprende el lapso que va de agosto de 1953 a agosto de 1973, cuando entra en vigencia un nuevo estatuto jurídico, la Ley Orgánica 103 (tercera ley), que sustituye al Patronato por una Comisión de Asuntos Hacendarios (electa por el Consejo), y a los Consejos Directivos para elevar a rango de representación paritaria la representación de los alumnos con la de los maestros en los órganos de gobierno universitario. Los rectores de esta etapa fueron:

• Ing. Norberto Aguirre Palancares (1953-1956),
• Lic. Luis Encinas Johnson (1956-1961),
• Dr. Moisés Canale Rodríguez (1961-1967),
• Lic. Roberto Reynoso Dávila (1967-1968) y
• Dr. Federico Sotelo Ortiz (1968-1972)

Esta etapa se divide en dos períodos históricos claros: uno (1953 a 1966) de despegue y otro (de 1967 a 1973) de convulsión por factores internos y externos.

Es la que se inicia en agosto de 1973 (con la promulgación de la Ley Orgánica 103). Se caracteriza por una crisis de funcionalidad institucional con un entorno social profundamente cambiante y también en crisis. Sus efectos sobre la funcionalidad interna de la Universidad son determinantes, como lo son asimismo las particularidades políticas y administrativas de los rectores:

• Lic. Alfonso Castellanos Idiáquez (1973 -1982),
• Ing. Manuel Rivera Zamudio (1982-1987),
• Ing. Manuel Balcázar Meza (interinatos (1987-1989),
• Mat. Marco Antonio Valencia Arvizu (1989-1993),
• M.C. Jorge Luis Ibarra Mendívil (1993-2001),
• Dr. Pedro Ortega Romero (2001-2009),
• Dr. Heriberto Grijalva Monteverde (2009-2017),
• Dr. Enrique Fernando Velázquez Contreras (2017-2021),
• Dra. María Rita Plancarte Martínez (2021 -2025).
• Dra. Dena María Jesús Camarena Gómez (2025-2030]]

Posterior a la Ley Orgánica 4, que estuvo vigente de 1992 a 2023, actualmente rige a la institución la Ley 169 Orgánica de la Universidad de Sonora.

El escudo de la Universidad fue realizado por el maestro y pintor Francisco Castillo Blanco, quien resultó ganador de la convocatoria lanzada por el entonces rector. El escudo se caracteriza por el predominio del color amarillo que representa la inteligencia, la iluminación y la sabiduría así como la fuerza mental y sabiduría propia de maestros y estudiantes. El color azul representa la comunicación, la voluntad, la fe, la paz, el equilibrio y la felicidad; con lo cual se desarrolla el poder, la iniciativa, la fuerza y la protección propia de ejecutivos. En la parte superior se observa la cabeza del Búho de Palas Atenea, el cual simboliza la Sabiduría. La lámpara votiva y el libro nos dicen que ellos "Todo lo iluminan”. La antorcha refulgente irradia el ilimitado camino del saber.

El lema de la institución es "El saber de mis hijos hará mi grandeza" fue creado por el Maestro José Vasconcelos el cual evoca el carácter humanístico con la que fue concebida, desde la fundación de la institución. Fue aprobado por la mesa directiva del Comité Administrativo de la Universidad, el 21 de junio de 1945.^[3]​

El Himno de la Universidad de Sonora fue presentando tocado por primera vez el 18 de diciembre de 1942.^[4]​ La letra fue creada por el Prof. Adalberto Sotelo, mientras que la música fue compuesta por el Prof. Ernesto Salazar Girón.

I

Unidos vencerán los aguiluchos del valor,

unidos han de estar esas falanges del honor;

la Patria su canción por esos labios va a escuchar,

con todo el corazón esa canción se escucha ya.

II

Vamos contentos de vivir por esa senda de verdad

no nos arredra el porvenir ni nos arredra el más allá;

del que trabaja es la virtud, del que trabaja es el honor

brille tu luz, luz de verdad, por siempre así Universidad.

III

Porque Sonora valga más sus nobles hijos lucharán,

porque la Patria sea feliz y por la santa libertad

de un mundo nuevo baja ya definitivo un gran amor

fraterno amor universal que nunca más se ha de apagar.

La persona titular de Rectoría tiene la representación legal de la Universidad, con facultades de un apoderado(a) general para pleitos, cobranzas y actos de administración y de dominio; presidirá el Colegio Universitario; durará en su cargo cinco años; y no podrá ser reelecta en periodo consecutivo.

A continuación se presenta en orden cronológico las personas que han ocupado la titularidad de la Rectoría:

La Universidad de Sonora está dividida en 6 sedes a lo largo del Estado, con asiento en Nogales, Santa Ana, Caborca, Hermosillo, Navojoa y Ciudad Obregón. Hermosillo, como sede principal, alberga la mayoría de los estudiantes y de la oferta educativa.

Cuenta con cuatro Direcciones Administrativas de Campus encabezadas de la siguiente manera:

Director Administrativo de Campus Hermosillo: Dr. Juan Carlos Gálvez Ruiz

Directora Administrativa del Campus Caborca: Dra. Susana Angélica Pastrana Corral

Director Administrativo del Campus Navojoa: Dr. Jesús Alfredo Rosas Rodríguez

Director Administrativo del Campus Nogales: M.C. Isidro Manzano Torres

Campus Santa Ana:

Jefatura del Departamento de Ciencias Administrativas y Agropecuarias: Dr. Félix Ayala Álvarez

Campus Cajeme:

Jefatura del Departamento de Ciencias de la Salud: Dr. Joel Arias Martínez

Fundación: 12 de octubre de 1942

Es el primer campus y sede principal de la Universidad de Sonora. Inició actividades con las carreras de Derecho, Ingeniería y Contaduría, marcando el nacimiento de la institución. A lo largo de las décadas, se ha consolidado como el corazón académico, científico, cultural y administrativo de la universidad. Cuenta con la mayor oferta educativa, numerosos centros e institutos de investigación, una intensa vida artística y cultural, y representa el eje del desarrollo institucional a nivel estatal.

Fundación: 27 de noviembre de 1978

Inició actividades como Unidad Regional Norte, en un local provisional contiguo al Gimnasio Municipal. Recibió a 296 estudiantes en su primer ciclo escolar, quienes dieron vida al proyecto educativo en esta zona del estado. Desde entonces, el campus se ha desarrollado como un centro estratégico para la formación en ciencias sociales, administrativas, agropecuarias y ambientales, con una fuerte vinculación a la actividad minera y agrícola de la región.

Fundación: 26 de noviembre de 1979

Se creó para ampliar las oportunidades de educación superior en el sur de Sonora. Desde sus inicios ha sido un referente regional, con una sólida oferta académica en áreas como salud, educación, ciencias sociales e ingeniería. Su labor ha sido esencial en el desarrollo social, productivo y profesional de comunidades rurales y urbanas del sur del estado, consolidándose como un espacio de inclusión y progreso educativo.

Fundación: 20 de septiembre de 2004

Nació con el objetivo de atender la demanda educativa en una zona fronteriza estratégica. Inició con las licenciaturas en Comunicación Organizacional y Negocios y Comercio Internacionales, orientadas al contexto económico binacional. Posteriormente se integraron programas como Informática Administrativa (2006), Derecho (2008) y Psicología (2009). El campus se ha posicionado como un nodo académico con enfoque en desarrollo industrial, comercio internacional y atención psicosocial, alineado con la dinámica social y productiva del norte del estado.

Fundación: 16 de agosto de 2010

Es el campus más reciente de la Universidad de Sonora. Comenzó en instalaciones provisionales con 240 estudiantes en los programas de Medicina, Nutrición, Químico-Biólogo Clínico y Enfermería. Su edificio propio fue inaugurado el 18 de octubre de 2011. Ha tenido un crecimiento sostenido, incorporando nuevas carreras y desarrollando una sólida infraestructura académica, con especial énfasis en las áreas de salud. Su presencia responde a una histórica demanda de educación pública universitaria en Ciudad Obregón.

Fundación: 12 de octubre de 1963

Fue la primera extensión universitaria fuera de Hermosillo, establecida como la Escuela de Técnicos en Contabilidad y Administración. Su apertura marcó el inicio de la descentralización de la educación superior en Sonora. La primera generación se tituló en 1966, y desde entonces el campus ha sido un bastión de formación profesional en la región norte del estado, contribuyendo al arraigo y fortalecimiento académico de comunidades rurales y urbanas del noroeste sonorense.

• Sitio oficial.
• Ley Orgánica 169.

• Universidades de México