En 1859, el Gobierno Federal de Loja dirigido por don Manuel Carrión Pinzano por Decreto dispone que adscritos al Colegio San Bernardo (nombre primigenio de la actual Unidad Educativa del Milenio Bernardo Valdivieso), se impartan estudios de Jurisprudencia, Filosofía y Letras, Teología y Medicina, llegando a hacerse efectivos solamente los de Jurisprudencia, estableciéndose en este año los estudios universitarios en la ciudad.
Por lo que la Universidad Nacional de Loja, luego de la Universidad Central del Ecuador, es la segunda institución de educación superior más antigua del Ecuador.
En 1895, con motivo de la revolución liberal el General Eloy Alfaro, Jefe Supremo de la República, se crea la Facultad de Jurisprudencia, adscrita todavía al colegio "San Bernardo", y le autoriza para que otorgue a sus egresados los títulos académicos de Licenciado, Doctor en Jurisprudencia y Abogado.
Facultades y Carreras
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La Universidad Nacional de Loja (UNL) en la actualidad posee cinco Facultades con un total de 47 carreras de pregrado y 44 de posgrado.
Facultad Agropecuaria y de Recursos Renovables Naturales (FARRN)
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Ingeniería Agrónoma
Ingeniería Agrícola
Ingeniería Ambiental
Ingeniería Forestal
Medicina Veterinaria
Facultad de la Educación, el Arte y la Comunicación (FEAC)
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Artes Visuales
Artes Musicales
Pedagogía de la Lengua y la Literatura
Comunicación
Educación Básica
Educación Especial
Educación Inicial
Pedagogía de la Actividad Física y Deporte
Pedagogía de las Ciencias Experimentales - Informática
Pedagogía de las Ciencias Experimentales - Matemática y Física
Pedagogía de las Ciencias Experimentales - Química y Biología
Pedagogía de los Idiomas Nacionales y Extranjeros
Psicopedagogía
Facultad de la Energía, las Industrias y los Recursos Naturales No Renovables (FEIRNNR)
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Computación
Ingeniería en Electricidad
Ingeniería Electromecánica
Ingeniería Automotriz
Ingeniería en Minas
Ingeniería en Telecomunicaciones
Facultad Jurídica, Social y Administrativa (FJSA)
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Administración de Empresas
Administración Pública
Contabilidad y Auditoría
Derecho
Economía
Finanzas
Trabajo Social
Turismo
Facultad de Salud Humana (FSH)
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Enfermería
Laboratorio Clínico
Medicina
Odontología
Psicología Clínica
Unidad de educación a distancia
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Pedagogía de las Ciencias Experimentales - Informática (en línea)