Hacia finales de la década de 1950, un grupo de industriales y empresarios antioqueños pertenecientes a la Asociación Nacional de Industriales (ANDI), concibió la idea de establecer en Colombia una carrera de Administración, con el propósito de capacitar en el país a los directivos y empleados de sus organizaciones. El 4 de mayo de 1960, a fin de concretar el proyecto, se formalizó en Medellín la creación de la entonces denominada Escuela de Administración y Finanzas (EAF), la cual fue reconocida como Fundación por el Ministerio de Educación Nacional el 11 de junio del mismo año. Las labores académicas iniciaron el 17 de agosto con 59 alumnos matriculados, con la cátedra de contabilidad dictada por el profesor estadounidense Bernard J. Hargadon Jr., en la sede del Banco Central Hipotecario del centro de Medellín.^[2]​

El 19 de febrero de 1962, gracias al apoyo de la Fundación Whirlpool y del programa Tools for Freedom del gobierno de los Estados Unidos, la Escuela abrió los programas medios de Tecnología Textil, Industrial, Mecánica y Programación de Computadores, naciendo así el Instituto Tecnológico. Con motivo de este crecimiento, la institución pasó a llamarse Escuela de Administración, Finanzas e Instituto Tecnológico - EAFIT.^[2]​

En 1963 la institución adquirió un predio ubicado en el sector de La Aguacatala, al sur de Medellín, con el fin de construir su ciudadela universitaria, trasladando a ella sus labores académicas.^[2]​

En 1971 el Ministerio de Educación le otorgó a la escuela el título de Universidad y el sentido de la sigla cambió a Escuela de Administración, Finanzas y Tecnologías - EAFIT.

En 1973 con el apoyo de la Universidad de Georgia, EAFIT creó su Maestría en Administración, dando inicio a los posgrados, y en 1976 desaparecieron las carreras medias transformándose en carreras profesionales de ingeniería.^[3]​

En 1980 al cumplirse 20 años de su fundación, la Universidad recibió la Cruz de plata de la Orden de Boyacá, y en el plano académico, dio inicio a la carrera de Ingeniería Civil; al año siguiente se sumó Ingeniería Mecánica, y en 1983, Geología. En 1987 inauguró en su sede central el Auditorio Fundadores, y dos años después abrió su primera seccional en la ciudad de Bogotá.^[4]​

En 1993 se creó el programa de Negocios Internacionales, y en 1995 fue inaugurada la sede de la universidad en Pereira, a la que se sumaría el año siguiente la sede de Llanogrande en Rionegro. Ese mismo año surge el pregrado de Economía, seguido en 1996 de la carrera de Ingeniería de Procesos.

En 1997 inició labores la Escuela de Ciencias y Humanidades, lo que representó una diversificación importante del programa académico de la institución, que hasta entonces tenía una vocación estrictamente técnica. Dicha Escuela inició labores con el pregrado de Música. Dos años después, fue inaugurado el Centro Cultural Biblioteca Luis Echavarría Villegas, y fue creada la carrera de Ingeniería en Diseño de Producto.^[5]​

En el año 2002 fue creado al pregrado en Ingeniería Matemática, y en 2004 las carreras de Ingeniería Física, Comunicación Social y Ciencias Políticas. En mayo de 2008 el campus de Medellín recibió el Premio Lápiz de Acero de la revista Proyectodiseño en la categoría de espacios públicos por su proyecto de Universidad Parque. Al año siguiente egresó de la Universidad el primer doctor en Administración de una universidad del país, y en 2010 fue la primera institución de educación superior en recibir la renovación de la acreditación de alta calidad por parte del Ministerio de Educación Nacional.^[6]​^[7]​

En junio de 2010 se inauguró el nuevo edificio de la Escuela de Ingeniería en el costado sur del campus de El Poblado,^[8]​ contiguo al sector residencial del barrio La Aguacatala, en el que funcionan algunos centros académicos así como dependencias administrativas.^[9]​ Ese mismo año, en Pereira, se dio al servicio nueva infraestructura física.

En 2011 comenzaron dos programas de pregrado en la Escuela de Administración: Psicología y Mercadeo, y en 2012, la carrera de Biología en la Escuela de Ciencias y Humanidades. En 2014, inició el pregrado en Finanzas, y en 2015, la institución obtuvo el puesto 69 en el Ranking QS Latinoamérica, quedando incluida entre las 100 mejores universidades de la región.^[10]​^[11]​

El escudo consta de una rueda dentada (o piñón) de doce dientes de color azul marino, como símbolo de las tecnologías. En su interior se inscribe un círculo de color amarillo dorado que contiene un triángulo equilátero dividido en tres franjas que representan la pirámide de Henry Fayol, prototipo de la teoría de la Administración. Aunque a lo largo de su historia la Universidad ha ampliado sus áreas de enseñanza e investigación más allá de las originarias ramas de la administración y las tecnologías, el escudo ha permanecido como vínculo de unión con sus orígenes.^[12]​

La bandera se compone de dos franjas iguales en proporción 2:3. La franja superior es de color amarillo dorado y la inferior azul. Estos colores surgieron a partir de la vinculación de la institución con la Universidad de Siracusa. Tanto la bandera como el escudo fueron adoptados oficialmente por el Consejo Directivo el 4 de noviembre de 1964.^[12]​

En noviembre de 1988, ante la solicitud de algunos estudiantes, la Universidad convocó a un concurso con el fin de seleccionar su marcha simbólica. Como propuesta ganadora fue seleccionada una composición con letra de Hernán Gómez González y música de Guillermo González Arenas. El himno se entona de manera especial en las ceremonias de graduación, así como en eventos solemnes dentro de la institución.^[12]​

• 2000-2014: «Abierta al mundo»
• 2015-Presente: «Inspira, Crea, Transforma»

La sede principal de Medellín alberga a los órganos directivos y administrativos de la Universidad. Cuenta con un área de 148 339 m², de los cuales están construidos 84 747 m², compuestos por la biblioteca, aulas, laboratorios, etc. Las zonas verdes ascienden a 29 844 m², y, gracias a sus numerosos árboles de pimientos, carboneros y guayacanes, el campus constituye un espacio propicio para la avifauna de la ciudad.^[13]​

La sede Bogotá ofrece posgrados en los niveles de especialización y maestría.

En 2019 EAFIT abrió un centro de innovación Bogotá con el fin de gestionar iniciativas que promuevan el progreso del conocimiento y aporten al desarrollo del país.^[14]​

Aunque los vínculos de la Universidad con el Eje cafetero se remontan a 1978, la universidad mantiene presencia permanente en la región, a través de su sede en Pereira abierta en 1995. En ella se imparten posgrados, programas de educación continua e inglés virtual.

En 2010, y gracias a las gestiones del director regional y egresado de la institución, Roberto Arenas Mejía, la Universidad desarrolló una infraestructura propia en el sector de Pinares, desde la cual, además de su oferta propia, ha establecido convenios con otras universidades del occidente del país.^[15]​

La sede de Rionegro, ubicada en el sector de Llanogrande, fue inaugurada en 1997. Es un campus destinado a cursos de formación avanzada, idiomas y posgrados. Su ubicación estratégica acerca los servicios de la Universidad a la población del Oriente antioqueño.^[16]​

Mediante el decreto 2158, la Universidad recibió por tercera vez la Acreditación Institucional de Alta Calidad, otorgada por el Ministerio de Educación Nacional,^[17]​ con vigencia hasta 2026. El 13 de febrero de 2018 Recibió la Acreditación Institucional del CNA por un período de 8 años. EAFIT es considerada una de las mejores universidades de Colombia por el ranking QS (Quacquarelli Symonds).^[18]​

El Centro de Estudios Urbanos y Ambientales, también urbam EAFIT, fue fundado en 2010 por el entonces rector Juan Luis Mejía Arango y el arquitecto Alejandro Echeverri. A partir de entonces se ha instituido como un referente en temas de planeación urbana, ocupación sostenible y proyección social. Además, desde la apertura de la Maestría en Procesos Urbanos y Ambientales,^[19]​ urbam también se convirtió en un departamento académico de la Universidad. En 2020 se dio apertura al pregrado en Diseño Urbano y Gestión del Hábitat.^[20]​

En el año 2021, el Grupo de Investigación, acreditado por MinCiencia y conformado por los profesores e investigadores del Centro, recibió el máximo nivel de la convocatoria, A1.

El Centro de Educación Continua tiene como misión ofrecer cursos intensos que permitan capacitar habilidades o conocimientos en poco tiempo. Este tipo de ofertas permiten acercar a la universidad grupos poblacionales como el de adultos mayores, así como a profesionales que por su alta carga laboral, disponen de poco tiempo. El Centro estructura diplomados, cursos cortos, eventos académicos, programas para altos ejecutivos, y programas de verano.^[21]​

Idiomas EAFIT cuenta con más de 270 docentes y aproximadamente 13 000 estudiantes matriculados en programas de enseñanza de siete idiomas diferentes.^[22]​

Las actividades de investigación, son orientadas por la Vicerrectoría de Ciencia, Tecnología e innovación. La Universidad cuenta con más de 600 investigadores y más de 40 grupos clasificados por el Ministerio de Ciencias de Colombia.^[23]​

Además, está integrado por otros programas como la Universidad de los Niños,^[24]​ la oferta del Centro Cultural Biblioteca "Luís Echavarría Villegas",^[25]​ y el Centro de Computación Científica Apolo^[26]​

La Biblioteca "Luís Echavarria Villegas" cuenta con diversos acervos. La colección general comprende libros, tesis, proyectos de grado, documentos (CEDO-CEMDOC), catálogos, partituras e investigaciones. La colección de reserva está compuesta por textos guía en todas las áreas del conocimiento presentes en la Universidad. La biblioteca cuenta además con una hemeroteca y colecciones de textos patrimoniales, material audiovisual y digital.^[25]​

El Centro de Computación Científica Apolo cuenta con un datacenter dedicado al procesamiento de datos para proyectos de investigación e inicitivas de computación de alto rendimiento. Esta super-computadora está actualmente en el puesto 11 de las máquinas con mayor capacidad de cómputo de Latinoamérica, siendo la primera en Colombia.^[26]​^[27]​

Los grupos estudiantiles son colectivos creados por iniciativa de los estudiantes con el fin de aportar procesos de práctica, investigación, cultura y recreación en beneficio de la comunidad universitaria. Esta estrategia permite además desarrollar en los estudiantes un sentido de responsabilidad y pertenencia que posibilite la continuidad de este tipo de procesos.^[28]​

La Editorial EAFIT realiza publicaciones con enfoque cultural, histórico o educativo. Entre los autores publicados se encuentran filósofos como Fernando González y Gonzalo Arango, y escritoras como Rocío Vélez de Piedrahíta.^[42]​

EAFIT mantiene convenios con diversas universidades en el ámbito nacional e internacional, en áreas de cooperación científica e intercambios.

• Educación superior en Colombia
• Clasificación académica de universidades de Colombia
• Consejo Nacional de Acreditación

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