Clasificaciones previas incluían Tubulogenerina en el suborden Rotaliina del orden Rotaliida.^[3]​

Tubulogenerina incluye a las siguientes especies:^[4]​^[5]​

• Tubulogenerina aperta †
• Tubulogenerina brevis †
• Tubulogenerina butonensis †
• Tubulogenerina costata †
• Tubulogenerina cribrosa †
• Tubulogenerina eocaena †
• Tubulogenerina haywardi †
• Tubulogenerina inornata †
• Tubulogenerina inversoconica †
• Tubulogenerina jacksonensis †
• Tubulogenerina kutchensis †
• Tubulogenerina lowae †
• Tubulogenerina lunata †
• Tubulogenerina multicostata †
• Tubulogenerina multitubulosa †
• Tubulogenerina nodosa †
• Tubulogenerina papillosa †
• Tubulogenerina queraltensis †
• Tubulogenerina toddae †
• Tubulogenerina tubulifera †
  • Tubulogenerina tubulifera brevis †
• Tubulogenerina turbina †

Otra especie considerada en Tubulogenerina es:

• Tubulogenerina panayensis †, de posición genérica incierta