A mediados de campeonato, durante el mes de marzo, el brote y posterior pandemia de COVID-19, llegó al país proveniente de Italia (a donde había llegado desde Asia), ocasionando un estado de calamidad, lo que obligó que los partidos de la fecha 13 (incluyendo El Clásico) se jugaran a puerta cerrada. Posteriormente, con el agrave de la situación, las fechas fueron suspendidas.

El 25 de marzo, y viendo los precedentes en la región (declaración desierta torneo en Panamá y suspensión con declaración de campeón en El Salvador), los presidentes de los clubes convocaron a una reunión extraordinaria de realización virtual, en la que 7 equipos apoyaron la suspensión del campeonato (Cobán Imperial, Guastatoya, Iztapa, Mixco, Sanarate, Santa Lucía y Siquinalá); 4 equipos votaron por la continuación del mismo posteriormente (Antigua GFC, Comunicaciones, Municipal y Xelajú MC) mientras Malacateco se abstuvo de la votación.

Dado lo anterior, el campeonato fue declarado como cancelado, con la opción de que no se defina campeón de torneo, nombrando al líder hasta la fecha (Comunicaciones) únicamente como ganador de la clasificación; dar plazas a Liga Concacaf 2020 a Municipal, Antigua GFC y el propio Comunicaciones y descender a Siquinalá y Mixco, sin embargo, esta última decisión será considerada por la Federación Nacional de Fútbol de Guatemala.^[1]​

Sin embargo, un día después, esta medida fue revocada, puesto que no se cumplieron requisitos para darle oficialidad a las declaraciones, por lo que se consideró tomar un tiempo de espera, actuando acorde a lo que el Gobierno de Guatemala indicase y, tomando en cuenta que Concacaf otorgó un límite hasta la fecha 30 de junio para indicar participantes de la Liga Concacaf 2020.

Para esto último, se tomó en cuenta que el torneo se reanudase en su fecha 14 (la correspondiente) a más tardar a fecha 9 de mayo para que la final se disputase el 28 de junio.

Posteriormente, se realizó una reunión con representantes de las cuatro ligas federadas con el fin de aclarar los lineamientos de cómo actuará la federación si se diera la cancelación de la temporada, fijando como fecha límite el 21 de mayo:

• No declarar campeón a nadie en ninguna de las ligas.
• De Liga Nacional, descender a Deportivo Mixco y Deportivo Siquinalá.
• De Primera División, descender a Deportivo Chiantla y Capitalinos.
• De Segunda División, descender a Potros del Tecnológico, Universidad SC, Juventud Genovense y Demopilarense (plaza ocupada por CSD Escuintla).
• De Primera División, ascender a CSD Sacachispas y Deportivo Achuapa.
• De Segunda División, ascender a Tellioz y Plataneros La Blanca.
• De Tercera División, ascender a Gualán, San Pedro LL, Izabal JC y Deportivo Bolivia.
• Clasificar a la Liga Concacaf 2020 a:
  • Municipal como único campeón en temporada.
  • Antigua GFC como único subcampeón en temporada.
  • Comunicaciones como líder de tabla acumulada.

Finalmente, el 22 de mayo, se declararon oficiales las medidas mencionadas con anterioridad, a excepción de los ascensos directos. Para ello, se definieron series, apelando el mérito deportivo de la tabla acumulada:

• Ascensos de Primera División:
  • Deportivo Achuapa vs. Deportivo San Pedro
  • Deportivo Marquense vs. CSD Sacachispas.
• Descensos de Primera División:
  • Sololá Fútbol Club vs. CD Sansare (el perdedor desciende).
• Ascensos de Segunda División:
  • Plataneros La Blanca vs. CSD Sayaxché
  • Tellioz vs. Puerto San José
  • Perdedor 1 vs. Perdedor 2 (el ganado asciende, el perdedor se queda en Segunda División).
• Ascensos de Tercera División:
  • Izabal JC vs. Comitán
  • Gualán vs. La Libertad
  • San Pedro LL vs. Palencia
  • Deportivo Bolivia vs. Achik'

El torneo se divide en dos partes:

• Fase de clasificación: Formado por los 132 partidos en las 22 jornadas disputadas.
• Fase final: Reclasificación a semifinales, semifinales y final

Los 12 equipos participantes jugarán una ronda clasificatoria de todos contra todos en visita recíproca, terminando en 22 fechas de 6 partidos cada una, para un total de 132 partidos clasificatorios. Se utiliza un sistema de puntos, que se presenta así:

• Por victoria, se obtendrán 3 puntos.
• Por empate, se obtendrá 1 punto.
• Por derrota no se obtendrán puntos.

Al finalizar las 22 jornadas, la tabla se ordenará con base en los clubes que hayan obtenido la mayoría de puntos, en caso de empates, se toman los siguientes criterios:

1. Puntos
2. Puntos obtenidos entre los equipos empatados
3. Diferencial de goles
4. Goles anotados
5. Goles anotados en condición visitante.

Mientras el primero y segundo lugar clasifican directamente a las semifinales, los cuatro equipos restantes se enfrentan en un playoff para obtener los últimos dos cupos a semifinales, de la siguiente manera:

3° vs 6°

4° vs 5°

Los equipos ganadores clasificarán a las semifinales, enfrentándose al primer y segundo lugar de la ronda clasificatoria, de la siguiente forma:

1° vs Peor ganador de los playoffs según la tabla del torneo

2° vs Mejor ganador de los playoffs según la tabla del torneo

Los clubes vencedores en los partidos de playoffs y semifinales serán aquellos que en los dos juegos anoten el mayor número de goles. De existir empate en el número de goles anotados, la posición se definirá a favor del club con mayor cantidad de goles a favor cuando actúe como visitante.

Si una vez aplicado el criterio anterior los clubes siguieran empatados, se observará la posición de los clubes en la tabla general de clasificación.

Los ganadores de las semifinales se enfrentarán en la Gran Final, disputándose a ida y vuelta, el mejor clasificado entre los finalistas jugará el último partido en su estadio.

El campeón de este torneo clasificará a la Liga Concacaf 2020.

• Los horarios son correspondientes al tiempo de Guatemala (UTC-6).

Cancelados

Canceladas

1. ↑ «¡Urgente! La Liga Nacional canceló el Clausura 2020». 

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