El presente torneo consta de un formato de todos contra todos, jugándose 22 jornadas, con dos jornadas de descanso para cada equipo, para un total de 20 partidos por participante. Los primeros 8 equipos clasificarán a la fase final.^[1]​ Tras la finalización de cada partido se utiliza un sistema de puntos a fin de ordenar a los equipos en la tabla de posiciones, el cual dispone lo siguiente:

• Por victoria, se obtendrán 3 puntos.
• Por empate, se obtendrá 1 punto.
• Por derrota no se obtendrán puntos.

Los partidos que conformen cada fecha, así como el orden de estos serán definidos por sorteo antes de comenzar la competición.

Al finalizar las 22 jornadas, la tabla se ordenará con base en los clubes que hayan obtenido la mayoría de puntos, en caso de empates, se toman los siguientes criterios:

1. Puntos
2. Puntos obtenidos entre los equipos empatados
3. Diferencial de goles
4. Goles anotados
5. Goles anotados en condición visitante.

Al finalizar las 22 fechas totales, los primeros 8 equipos de la tabla general clasifican a la fase final.

Los ocho clubes calificados para esta fase del torneo serán reubicados de acuerdo con el lugar que ocupen en la tabla general al término de la fecha 22, con el puesto del número uno al club mejor clasificado, y así hasta el número 8. Los partidos a esta fase se desarrollarán a visita, en las siguientes etapas:

• Cuartos de final
• Semifinales
• Final

Los partidos de cuartos de final se jugarán de la siguiente manera:

En las semifinales participarán los cuatro clubes vencedores de cuartos de final, reubicándolos del uno al cuatro, de acuerdo a su mejor posición en la tabla General de clasificación al término de la jornada 22 del torneo correspondiente, enfrentándose:

Finalmente, en la final se enfrentan los dos vencedores de las rondas semifinales. El ganador de la serie final será proclamado como campeón de liga y clasificará a la Copa Centroamericana de Concacaf 2026.

1. ↑ «Liga Nacional define fecha de inicio del Apertura 2025, descenso y número de extranjeros». Prensa Libre. 13 de junio de 2025. Consultado el 2 de julio de 2025. 

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