Fue fundado durante la época virreinal, el 10 de agosto de 1776, por Antonio de la Torre y Miranda, cuando llegó al valle de los Carretos trayendo consigo las primeras familias provenientes de Pileta (hoy Corozal) y de la Villa de San Benito; estas familias estuvieron constituidas por 120 personas. El 11 de mayo de 1779 se protocolizaron los límites y las actas de posesión de los ejidos y distritos de San Juan y San Cayetano ante el escribano del Carmen, fue declarado municipio en el año de 1870. Luego se organiza la población convirtiéndose en un centro de mercadeo regional.^[4]​

Según los restos arqueológicos encontramos en la región que este sitio estuvo habitado durante épocas muy remotas por grupos indígenas de la cultura Malibú que pertenecían a la gran familia Caribe, estos nos dejaron como legado cultural el uso del bejuco, utilizaron la construcción de casas y corrales. Vivían en una etapa conocida en la arqueología americana colombiana como Paleoindio Arcaico, cuyas principales características son: recolección de frutas y raíces, fabricación de una cerámica rústica con grabaciones zoomorfas. Estos restos señalan los primeros asentamientos indígenas de Colombia y se localizan en la costa norte del país, remontándose a una antigüedad de 400 a 1000 años a. C. En la época federal colombiana perteneció a la Provincia del Carmen en el Estado Soberano de Bolívar.

Además de su cabecera municipal, San Juan Nepomuceno tiene bajo su jurisdicción los siguientes centros poblados:

• Corralito
• La Haya
• San Agustín de Playas Blancas
• San Cayetano
• San José del Peñón (Las Porqueras)
• San Pedro Consolado

Su cabecera está en las coordenadas 9.º 37 latitud norte y 74.º 15 longitud oeste, limita por el norte con los municipios del El Guamo y Calamar, por el este con el municipio de Mahates y por el oeste los municipios de Zambrano y San Jacinto, por el sur con los municipios de San Jacinto y María la Baja.

Tiene una extensión aproximada de 675 km² que equivalen al 1,53% del total del departamento de Bolívar. Tiene una altura de 167 m s. n. m. . Está topográficamente determinado por los Montes de María, con zonas donde se presentan pendientes muy variadas y máximo de 50.º.

Extensión total: 4130 km²

Extensión área urbana: 2040 km²

Extensión área rural: 2090 km²

Altitud de la cabecera municipal (metros sobre el nivel del mar): 167

Tº media: 27,7 °C

Distancia de referencia: 72 km a Cartagena de Indias

San Juan Nepomuceno se caracteriza por su Galleta María Luisa. Galletas hechas de harina, con cubiertas de merengue color blanco y cereza.

• Personería: Es un centro del Ministerio Público de Colombia que ejerce, vigila y hace control sobre la gestión de las alcaldías y entes descentralizados; velan por la promoción y protección de los derechos humanos; vigilan el debido proceso, la conservación del medio ambiente, el patrimonio público y la prestación eficiente de los servicios públicos, garantizando a la ciudadanía la defensa de sus derechos e intereses.

El actual Personero municipal es Iván Castillo Pérez (2024-2027).

• Concejo Municipal: Es la suprema autoridad política del municipio. En materia administrativa sus atribuciones son de carácter normativo. También le corresponde vigilar y hacer control político a la administración municipal. Se regulan por los reglamentos internos de la corporación en el marco de la Constitución Política Colombiana (artículo 313) y las leyes, en especial la Ley 136 de 1994 y la Ley 1551 de 2012.

Constituido por 13 concejales por un periodo de 4 años.

• Alcaldía Municipal: En esta se encuentra la administración municipal y las entidades descentralizadas del municipio.

El Alcalde se pronuncia mediante decretos y se desempeña como representante legal, judicial y extrajudicial del municipio. El actual Alcalde municipal es Guido Figueroa Martínez (2024-2027), elegido por voto popular.

• JAL. Sin constitución alguna en los corregimientos del municipio.