En 1840 apareció la aldea El Guaro, lugar donde llegó a vivir Paulino Fernández, proveniente de la ciudad de Santa Bárbara. Fernández compró más tarde un terreno llamado Ojo de Agua y con sus parientes más cercanos poblaron la aldea, que también pasaron a llamar Ojo de Agua.

Al llegar el inspector general Francisco López, determinaron de común acuerdo cambiarle el nombre a San Francisco. La aldea pertenecía al municipio de Santa Cruz de Yojoa, siendo en 1880 anexada al municipio de Talpetate (hoy llamado San Antonio de Cortés). De 1883 a 1887 volvió a ser parte de Santa Cruz de Yojoa. Finalmente, un acuerdo expedido por la Gobernación Política del departamento de Santa Bárbara la volvió municipio.

El municipio se encuentra a una distancia de 99.78 km de la capital de la República; a 57.66 km de San Pedro Sula —centro industrial del país—, a 90.2 km de la ciudad de Puerto Cortés — principal salida marítima del país— y a 66.31 km del Aeropuerto Internacional Palmerola.

El área del Lago de Yojoa es una de las zonas geológicamente más diversas del país. En la parte norte, hay grandes extensiones de rocas volcánicas de periodo cuaternario (de hace 10,000 hasta hace 2.5 millones de años) llamadas rocas volcánicas de Yojoa; y también roca de baja densidad (espuma volcánica). Toda la zona forma parte de la cuenca del Río Blanco, que atraviesa el municipio y que es tributario del Río Ulúa. El relieve del terreno dentro de la cuenca del Lago de Yojoa presentan ondulaciones suaves, siendo más abruptas en los cerros Los Volcanes y Babilonia (con 1,093 msnm), ubicados al Norte.

Según proyecciones de 2022, un 49.21 % de la población es hombre y un 50.79 % es mujer; además el 30.68 % de la población es rural y el 69.32 % se halla establecida en el área urbana. En ese año el 13.2 % de la población contaba con correo electrónico (el promedio departamental es de 15.1 %) y 67.9 % con celular (promedio departamental: 69.6 %). La esperanza de vida se calcula en 74.8 años. El analfabetismo de ese año se estimó en 13.4 % en hombres y mujeres (promedio departamental: 8.5 %).

El IDH del municipio para 2022 fue de 0.643, con un ingreso per cápita anual de 5,823 USD.

A lo largo de los años se han realizado clasificaciones de los municipios según diferentes criterios. A continuación se presentan las mismas, resaltando la categoría obtenida por San Francisco de Yojoa:

• Según las necesidades institucionales de las alcaldías (Comisión de Modernización del Estado de la Presidencia de la República, 1992):

A: Administración Altamente Especializadas

B: Administración Organizada

C: Administración Medianamente Organizada

D: Administración Simple

• Según las diferencias estructurales y territoriales (Secretaría de Gobernación y Justicia (SGJ), 1999)

A: Mayor Capacidad

B: Intermedios

C: Pobres

D: Muy Pobres

• Según su Índice de Desarrollo Municipal^{[n 2]}​ (SGJ, 2007)

A: Avanzadas

B: Avance Intermedio —obtenido: 54.3

C: Poco Avance

D: Sin Avance

• Según su desempeño (Secretaría de Gobernación, Justicia y Desentralización (SGJD), 2014)

A: Alto Desempeño

B: Desempeño Satisfactorio —obtenido: 78.02

C: Bajo Desempeño

D: Desempeño Crítico

• Según su Índice de Desarrollo Municipal (SGJD, 2020)

A: Desarrollada (60.1-100)

B: En Desarrollo (44.1-60) —obtenido: 58.74

C: En Crecimiento (24.1-44)

D: Crecimiento Lento (1-24)

• Municipio de San Francisco de Yojoa en Red Honduras. Consultado el 21 de agosto de 2025.
• Perfil Sociodemográfico de San Francisco de Yojoa, Cortés 2022 en la página del Observatorio Universitario de Economia y Emprendimiento de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras.
• Perfil Municipal de San Francisco de Yojoa, Cortés en la página de la Secretaría de Gobernación, Justicia y Descentralización.

• Municipio de San Francisco de Yojoa, Departamento de Cortés en Honduras.com.
• Alcaldía Municipal de San Francisco De Yojoa en el Portal Único de Transparencia del gobierno hondureño.
• Francisco de Yojoa en Municipios de Honduras.
• 0508 San Francisco de Yojoa en la página del Sistema Nacional de Información Territorial.