En 1840 apareció la aldea El Guaro, lugar donde llegó a vivir Paulino Fernández, proveniente de la ciudad de Santa Bárbara. Fernández compró más tarde un terreno llamado Ojo de Agua y con sus parientes más cercanos poblaron la aldea, que también pasaron a llamar Ojo de Agua.

Al llegar el inspector general Francisco López, determinaron de común acuerdo cambiarle el nombre a San Francisco. La aldea pertenecía al municipio de Santa Cruz de Yojoa, siendo en 1880 anexada al municipio de Talpetate (hoy llamado San Antonio de Cortés). De 1883 a 1887 volvió a ser parte de Santa Cruz de Yojoa. Finalmente, un acuerdo expedido por la Gobernación Política del departamento de Santa Bárbara la volvió municipio.

El municipio se encuentra a 99.78 km de la capital de la República; a 57.66 km de San Pedro Sula —centro industrial del país—, a 90.2 km de la ciudad de Puerto Cortés — principal salida marítima del país— y a 66.31 km del Aeropuerto Internacional Palmerola.

El área del Lago de Yojoa es una de las zonas geológicamente más diversas del país. La fertilidad del suelo es bastante alta y los recursos hídricos superficiales son abundantes. En la parte norte, hay grandes extensiones de rocas volcánicas de periodo cuaternario (de hace 10,000 hasta hace 2.5 millones de años) llamadas rocas volcánicas de Yojoa; y también roca de baja densidad (espuma volcánica). Toda la zona forma parte de la cuenca del Río Blanco (o Río Lindo), que atraviesa el municipio y que es tributario del Río Ulúa. El relieve del terreno dentro de la cuenca del Lago de Yojoa presentan ondulaciones suaves, siendo más abruptas en los cerros Los Volcanes y Babilonia (con 1,093 msnm), ubicados al norte.

La mayor parte de la diversidad se encuentra en las zonas al sur del valle de Amapá y sobre las laderas del cerro de Babilonia hasta el Lago de Yojoa. En la región del lago de Yojoa se tienen registradas las siguientes especies:

• 802 especies de plantas, pertenecientes a 141 familias:
  • 169 especies de helechos,
  • 71 de plantas acuáticas y
  • 46 de orquídeas.
• 400 especies de aves, que representan el 55 % de las especies de aves en Honduras.
  • 66 especies de estas son aves acuáticas, el 88 % de ese tipo de aves en el país.
• 54 especies de mamíferos, el 23.6 % de las especies de mamíferos de Honduras,
• 72 especies de reptiles, el 43.6 % de la halladas en Honduras.
• 29 especies de peces. Debido a proyectos piscícolas en el área, hubo un crecimiento de tilapias en el río Blanco.
• 31 especies de anfibios, el 42.2 % de los anfibios del país. El clima húmedo de la zona es apto para ellos. Hay tres especies endémicas de salamandras.

Según proyecciones de 2022, un 49.21 % de la población es hombre y un 50.79 % es mujer; además el 30.68 % de la población es rural y el 69.32 % se halla establecida en el área urbana. En ese año el 13.2 % de la población contaba con correo electrónico (el promedio departamental es de 15.1 %) y 67.9 % con celular (promedio departamental: 69.6 %). La esperanza de vida se calcula en 74.8 años. El analfabetismo de ese año se estimó en 13.4 % en hombres y mujeres (promedio departamental: 8.5 %).

El IDH del municipio para 2022 fue de 0.643, con un ingreso per cápita anual de 5,823 USD.

El municipio presenta condiciones apropiadas para el cultivo de caña, el cual se extendió ocupando áreas antes utilizadas en ganadería y otros cultivos agrícolas, antes dominados por el cultivo de banano. Del procesamiento de la caña de azúcar se obtiene azúcar refinada blanca, azúcar refinada morena, melaza y energía eléctrica. A pocos kilómetros de la comunidad de Río Lindo se encuentra la Azucarera Yojoa, S.A. (AYSA), propiedad de Ingenio Río Lindo. Esta azucarera aporta cerca del 7 % de la producción nacional y posee más de 5,000 manzanas de caña de azúcar.^[2]​ La empresa además genera energía eléctrica usando el bagazo (residuos de la caña de azúcar) como combustible para los generadores, parte de la cual es vendida a la Empresa Nacional de Energía Eléctrica.

Se siembra además plátano, naranja, piña, café, granos básico y guineo. Y hay ganadería bovina, ovina, porcina, equina, de conejas, patos y pavos. Varios habitantes dependen de la pesca artesanal para consumo propio, especialmente en aguas del Río Blanco y del Lago de Yojoa. Además, se encuentran empresas y proyectos dedicados al cultivo de tilapia, centros de procesamiento de alimentos y granjas avícolas para pollo de engorde y aves ponedoras de huevo comercial.

En San Francisco de Yojoa se ubican los balnearios:^[3]​

• El Paraíso, San Juan del Río y Río Lindo, los tres ubicados en la aldea Río Lindo,
• Cabo Cañaveral, en la comunidad El Cañaveral del barrio La Unión,
• La Aurora, en la colonia del mismo nombre,
• Las Gradas, en Sanbuenaventura,
• Pulhapanzak, en el cual se haya las Cataratas de Pulhapanzak,
• y otros como El Nacimiento y Pozo Azul.

A lo largo de los años se han realizado clasificaciones de los municipios según diferentes criterios. A continuación se presentan las mismas, resaltando la categoría obtenida por San Francisco de Yojoa:

• Según las necesidades institucionales de las alcaldías (Comisión de Modernización del Estado de la Presidencia de la República, 1992):

A: Administración Altamente Especializadas

B: Administración Organizada

C: Administración Medianamente Organizada

D: Administración Simple

• Según las diferencias estructurales y territoriales (Secretaría de Gobernación y Justicia (SGJ), 1999)

A: Mayor Capacidad

B: Intermedios

C: Pobres

D: Muy Pobres

• Según su Índice de Desarrollo Municipal^{[n 2]}​ (SGJ, 2007)

A: Avanzadas

B: Avance Intermedio —obtenido: 54.3

C: Poco Avance

D: Sin Avance

• Según su desempeño (Secretaría de Gobernación, Justicia y Desentralización (SGJD), 2014)

A: Alto Desempeño

B: Desempeño Satisfactorio —obtenido: 78.02

C: Bajo Desempeño

D: Desempeño Crítico

• Según su Índice de Desarrollo Municipal (SGJD, 2020)

A: Desarrollada (60.1-100)

B: En Desarrollo (44.1-60) —obtenido: 58.74

C: En Crecimiento (24.1-44)

D: Crecimiento Lento (1-24)

• Municipio de San Francisco de Yojoa en Red Honduras. Consultado el 21 de agosto de 2025.
• Perfil Sociodemográfico de San Francisco de Yojoa, Cortés 2022 en la página del Observatorio Universitario de Economia y Emprendimiento de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras.
• Perfil Municipal de San Francisco de Yojoa, Cortés en la página de la Secretaría de Gobernación, Justicia y Descentralización.

• Municipio de San Francisco de Yojoa, Departamento de Cortés en Honduras.com.
• Alcaldía Municipal de San Francisco De Yojoa en el Portal Único de Transparencia del gobierno hondureño.
• Francisco de Yojoa en Municipios de Honduras.
• 0508 San Francisco de Yojoa en la página del Sistema Nacional de Información Territorial.