Como representante de los docentes mantuvo un fuerte conflicto con la gobernadora María Eugenia Vidal por los recortes en el área educativa. La gobernadora a decir, en tono acusador "Que digan si son kirchneristas" tras ello recibiría amenazas de hacerlo desaparecer.^[4]​^[5]​^[6]​^[7]​^[8]​ Baradel presentó luego una denuncia penal contra el entonces presidente Mauricio Macri. Luego declaró que "Amenazaron a mi esposa y a mis tres hijos". A lo que el entonces presidente respondió en la Asamblea Legislativa que "no cree que yo necesite que alguien me cuide" y afirmó que ahora entiende ‘por qué la custodia (asignada a su familia) va y viene‘ y ‘no cumple‘ con su función de protegerlos a él y a su hijos: ‘Lo que Macri está haciendo es trabajar y eso no lo puedo tolerar y zona liberada‘. Finalmente la Justicia le ordenó al jefe de Estado que asigne una cédula.^[9]​ Tras la presentación judicial declaró "Vengo a denunciar al presidente Macri. Es un hecho gravísimo, esto nunca lo hice antes." ^[10]​

Fue blanco de fuertes críticas en redes sociales de las que formó parte, entre otros, el diputado nacional del PRO, Eduardo Amadeo. Se publicó una imagen donde se veía a Baradel en la fila de la empresa Lufthansa, bajo un cartel donde se leía "First Class". La imagen era falsa y el diputado se disculpó por su actitud.^[11]​ Previamente habían circulado fotos apócrifas, cuya difusión se atribuyó a sectores cercanos al gobierno, de un supuesto viaje realizado a Miami dos años antes.^[12]​ La imagen había sido tomada durante un viaje a Catamarca.^[13]​

Meses después, la agrupación del PRO conocida como "La Solano Lima" publicó y viralizó la imagen de un automóvil de alta gama, sosteniendo que pertenecía a Roberto Baradel. La operación fue desmantelada pocos minutos después cuando se verificó que la imagen correspondía a una publicación de Mercado Libre que había sido modificada digitalmente.^[14]​ Según diferentes medios el líder sindical enfrentó amenazas y difamaciones por parte de trolls vinculados al entonces jefe de Gabinete de Ministros Marcos Peña.^[15]​ Estos supuestos equipos le atribuyeron la realización de una lujosa fiesta que nunca existió.^[15]​

El diario Perfil afirmó que, como parte de su estrategia comunicacional, el entonces gobierno de Mauricio Macri utilizaba perfiles falsos en redes sociales para difundir mensajes críticos a las medidas de fuerza impulsadas por el gremio conducido que Baradel.^[16]​ Otro diario porteño descubrió que parte de los twitts que hostigaban a Baradel provenían de un militante macrista ligado a los servicios de Inteligencia y que durante la dictadura había formado parte del batallón 601 donde se cometieron delitos de Lesa Humanidad.^[17]​