Miniopterus zapfei fue descrita por Pierre Mein y Léonard Ginsburg en un artículo de 2002 sobre las edades y faunas de los yacimientos fósiles de La Grive-Saint-Alban, en el sureste de Francia.^[1]​ Mein y Ginsburg escribieron que era la segunda especie fósil de Miniopterus descrita, después de Miniopterus fossilis de Eslovaquia,^[2]​ pero no mencionaron Miniopterus approximatus del Plioceno de Polonia ni Miniopterus tao del Pleistoceno de China.^[3]​ En 2003 se describió otra especie fósil, Miniopterus rummeli, del Mioceno de Alemania.^[4]​ El nombre específico, zapfei, hace honor a Helmuth Zapfe, que describió M. fossilis.^[2]​ Miniopterus también incluye unas 20 especies vivas de pequeños murciélagos insectívoros distribuidos por el sur de Eurasia, África y Australia. Aunque históricamente el género se situaba en la familia Vespertilionidae, actualmente se clasifica en su propia familia, Miniopteridae.^[5]​

El material conocido (hipodigma) de Miniopterus zapfei incluye una mandíbula (maxilar inferior) con el cuarto premolar (p4), el primer molar (m1) y el segundo molar (m2); una mandíbula con m1; una mandíbula con m1 y m2; una mandíbula con m2 y el tercer molar (m3); una mandíbula sin ningún diente; y un cuarto premolar superior aislado (P4). Algunas mandíbulas conservan también los alvéolos (aberturas) de los dientes que no se han conservado. Las dimensiones del p4 (largo y ancho) son 1,03 x 0,88 mm; el m1 mide de 1,57 a 1,60 x 1,01 a 1,07 mm; el m2 mide de 1,51 a 1,64 x 0,95 a 1,05 mm; el m3 aislado mide 1,41 mm; y el P4 aislado mide 1,38 x 1,52 mm. 38 x 1,52 mm.^[6]​ En una mandíbula bien conservada, la longitud desde el alvéolo del primer incisivo hasta el extremo del m3 es de 8,80 mm y la profundidad de la mandíbula en el m1 es de 1,50 mm. 50 mm.^[2]​ Miniopterus zapfei puede identificarse como un Miniopterus por la posesión de tres premolares inferiores (designados p2, p3 y p4, porque el primer premolar original se ha perdido); un p3 de dos raíces; y los molares nyctalodont, con el posterolophid (una cresta en la parte posterior del molar) detrás de la cúspide entoconid. M. zapfei es un 30% más grande que M. fossilis y tiene un p4 más delgado. En comparación con los Miniopterus vivos, el cíngulo (repisa) que rodea el P4 está menos desarrollado y la cresta parastilo es más débil.^[2]​

Miniopterus zapfei sólo se conoce en el yacimiento de La Grive M, en el pueblo de Saint-Alban-de-Roche, departamento de Isère, sureste de Francia.^[7]​ La Grive M es uno de los varios yacimientos de relleno de fisuras de la zona, conocidos colectivamente como La Grive-Saint-Alban, que han producido una rica fauna fósil.^[8]​ La Grive M es la localidad de referencia para la zona MN 7/8,^[9]​ hace entre 13 y 11 millones de años.^[10]​ La Grive M es uno de los yacimientos más antiguos de La Grive, y Mein y Ginsburg propusieron tomarlo como localidad de referencia para una zona separada MN 7.^[9]​ M. zapfei es raro en La Grive M; Miniopterus fossilis es mucho más común en el mismo yacimiento, y también se ha encontrado en La Grive L7 y en otras localidades europeas que van de MN 6 a MN 13.^[2]​