Durante la década de 2000, los estudios moleculares han revelado que el género Miniopterus, ampliamente distribuido en África, Eurasia y Australia, es mucho más rico en especies de lo que se pensaba. En una contribución de 1995 a Faune de Madagascar sobre los murciélagos malgaches, Randolph Peterson y sus colegas enumeraron cuatro especies de Miniopterus en Madagascar y las cercanas Comoras, incluido el pequeño Miniopterus manavi, con una amplia distribución tanto en Madagascar como en las Comoras.^[1]​ Sin embargo, en 2008 y 2009, Steven Goodman y sus colegas presentaron pruebas de que el antiguo concepto de M. manavi englobaba en realidad cinco especies de Miniopterus pequeños distintas desde el punto de vista morfológico y molecular.^[2]​ Entre ellas se incluyen M. manavi en las tierras altas centrales, M. griveaudi y M. aelleni en las Comoras y en el norte y oeste de Madagascar, M. brachytragos únicamente en el norte y oeste de Madagascar y M. mahafaliensis en el suroeste de Madagascar.^[3]​ Las cinco especies reconocidas de murciélagos similares a M. manavi no son parientes cercanos entre sí, sino que aparentemente adquirieron sus similitudes a través de una evolución convergente.^[4]​

Miniopterus mahafaliensis se describió como nueva especie en el segundo artículo de 2009 de Goodman y sus colegas.^[5]​ El nombre específico deriva de la palabra malgache Mahafaly, que hace referencia a la meseta de Mahafaly, donde se ha registrado el espécimen, y al grupo étnico Mahafaly de la región.^[4]​ El análisis de las secuencias del gen mitocondrial citocromo b sugirió que M. brachytragos está más estrechamente emparentada con otra especie malgache, M. sororculus.^[6]​ Aunque las muestras de M. mahafaliensis diferían entre sí en un máximo del 2,2% en su citocromo b, Goodman y sus colegas no pudieron discernir ninguna estructura filogeográfica dentro de la especie.^[7]​

Miniopterus mahafaliensis es un Miniopterus pequeño, de cola corta y pelaje largo y denso. El pelaje de las partes superiores es marrón y los pelos de las partes inferiores tienen puntas grises.^[8]​ Miniopterus brachytragos es similar en color, pero otros pequeños Miniopterus malgaches son más oscuros.^[9]​ Las orejas son parcialmente peludas por encima, pero prácticamente desnudas por debajo y terminan en una punta redondeada.^[8]​ El tragus (una proyección en el lado interno de la oreja externa) es relativamente grueso, tiene los lados casi paralelos y termina en una punta curva y redondeada.^[10]​ La membrana del ala también es marrón, pero el uropatagium (membrana de la cola) es más claro. La membrana alar y el uropatagio están unidos a la parte superior de la pata al mismo nivel, por encima del tobillo. El uropatagio está relativamente cubierto de pelos, sobre todo en la parte superior.^[8]​ M. manavi y M. brachytragos también tienen un uropatagio densamente cubierto de pelos, pero en M. aelleni y M. griveaudi está escasamente cubierto de pelos o incluso casi desnudo.^[11]​

En 66 a 74 especímenes medidos por Goodman y colegas, la longitud total era de 87 a 96 mm (3,4 a 3,8 pulg.), con una media de 91,1 mm (3,59 pulg.); la longitud de la cola era de 38 a 48 mm (1,5 a 1. 9 in), con un promedio de 42,4 mm (1,67 in); la longitud de la pata trasera es de 6 a 7 mm (0,2 a 0,3 in), con un promedio de 6,3 mm (0,25 in); la longitud del tragus fue de 5 a 6 mm (0,2 a 0,2 in), con un promedio de 5. La longitud de la oreja era de 9 a 11 mm, con una media de 9,4 mm; la longitud del antebrazo era de 35 a 40 mm, con una media de 37,4 mm; y la masa corporal era de 2,5 mm. 47 in); y la masa corporal era de 3,8 a 7,3 g (0,13 a 0,26 oz), con una media de 4,9 g (0,17 oz).^[12]​ No hay pruebas de diferencias sustanciales de tamaño entre machos y hembras.^[10]​

En el cráneo, el rostrum (parte anterior) es relativamente largo y tiene forma de línea. El surco central de la depresión nasal es relativamente estrecho. Los huesos frontales son ligeramente redondeados y presentan una cresta sagital prominente. Más atrás en el encéfalo, la cresta lambdoidea también es prominente.^[8]​ La parte media del paladar es cóncava, no plana como en M. aelleni y M. manavi.^[11]​ En el margen posterior del paladar hay una espina palatina posterior larga y delgada. Miniopterus mahafaliensis tiene 36 dientes en la fórmula dental ${\displaystyle {\tfrac {2.1.2.3}{3.1.3.3}}}$ (tres incisivos, un canino, tres premolares y dos molares en ambas hileras superiores y dos incisivos, un canino, dos premolares y tres molares en las inferiores). Como es característico de Miniopterus, el primer premolar superior (P1) es más pequeño y simplificado que el segundo (P2).^[8]​

El área de distribución de Miniopterus mahafaliensis se extiende por el suroeste de Madagascar en el bosque espinoso y el bosque seco, a menudo pero no siempre cerca de cuevas; se ha encontrado en la meseta de Mahafaly, en el Forêt des Mikea y en el Parque Nacional Kirindy Mitea.^[7]​ Más hacia el interior, se ha encontrado en bosques de galería alterados en el Parque Nacional de Isalo, en una cueva en un hábitat de sabana cerca de Ihosy y en un hábitat no especificado en Betroka.^[4]​ Se sabe poco de la ecología de M. mahafaliensis, pero las especies de Miniopterus generalmente se alimentan de insectos, se reproducen estacionalmente y se posan en grandes colonias en cuevas.^[13]​