Fue rector de la Universidad Central y luego Decano de la Facultad de Ciencias. Director del Jardín Botánico de Madrid, y catedrático de Fitografía y de Geografía Botánica fue miembro de número de la Real Academia Española^[2]​ y de la Real Academia Nacional de Medicina^[3]​ y de otras sociedades científicas. Fue autor de múltiples y valiosas obras de botánica. Fue uno de los socios fundadores de la Real Sociedad Española de Historia Natural.^[4]​

Falleció en Madrid el 21 de junio de 1901.^[5]​^[1]​

• (Asteraceae) Cirsium colmeiroanum Sennen^[6]​

• (Asteraceae) Hieracium colmeiroanum Arv.-Touv. & Gaut.^[7]​

• (Malvaceae) Malva colmeiroi Willk.^[8]​

• (Oleaceae) Phillyrea × colmeiroana Sennen^[9]​

• (Rhamnaceae) Rhamnus × colmeiroi D.Rivera, Obón & Selma^[10]​

• La abreviatura «Colmeiro» se emplea para indicar a Miguel Colmeiro y Penido como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales.^[11]​

• Examen de las encinas y demás árboles de la Península que producen bellotas, con la designación de los que se llaman mestos, 1854 (con Esteban Boutelou).
• La botánica y los botánicos de la península hispano-lusitana: Estudios bibliográficos y biográficos, 1858.
• Enumeración y revisión de las plantas de la península hispano-lusitana e Islas Baleares, 1886-89.

• Caballero Gran Cruz de la Orden Civil de María Victoria.^[12]​

• Anexo:Naturalistas y epónimos

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«Miguel Colmeiro y Penido». Índice Internacional de Nombres de las Plantas (IPNI). Real Jardín Botánico de Kew, Herbario de la Universidad de Harvard y Herbario nacional Australiano (eds.).