El metropolitanato extendía su jurisdicción sobre los fieles de rito siríaco oriental residentes en todo el subcontinente indio, aunque su territorio real se extendía a lo largo de la costa de Malabar en el sur de la India, coincidente aproximadamente con el actual estado de Kerala.

La sede del metropolitanato se encontraba en la ciudad de Angamaly, en donde se halla la Catedral de San Hormisdas, que hoy pertenece a la Iglesia católica siro-malabar. En Kodungallur (llamada Cranganor por los portugueses y antiguamente también Shengala) se hallaba la excatedral de San Ciriaco (Mar Quriaqos).

El metropolitanato no tenía sufragáneas, aunque al momento de su erección el patriarca caldeo dispuso la erección de la diócesis de Palayur como sufragánea, lo que nunca se llevó a efecto.

La región de la costa de Malabar de la India fue durante mucho tiempo el hogar de una próspera comunidad cristiana oriental, conocida como los cristianos de Santo Tomás. La comunidad traza sus orígenes a la actividad evangélica de Tomás el Apóstol en el siglo I. Las comunidades cristianas de la India utilizaban el rito siríaco oriental, el rito litúrgico tradicional de la Iglesia del Oriente, por lo que también adoptaron algunos aspectos del diofisismo de Teodoro de Mopsuestia, a menudo denominado erróneamente nestorianismo, de acuerdo con la teología de esa Iglesia.^[1]​

No está claro cuándo se estableció la relación entre los cristianos de Santo Tomás y la Iglesia de Oriente. Inicialmente, pertenecían a la provincia eclesiástica de Fars, cuya sede era el metropolitanato de Rev Ardashir, pero se separaron de esa provincia en el siglo VII, y nuevamente en el siglo VIII, y se les dio su propio obispo metropolitano.

En el siglo XV los portugueses llegaron a la India. Inicialmente, la relación entre los cristianos nativos de Santo Tomás y los portugueses era amistosa. Pero gradualmente, las diversidades rituales se ampliaron y la relación se deterioró. Después de que una sección de la Iglesia de Oriente se convirtiera al catolicismo (cisma de la Iglesia del Oriente de 1552), tanto la Iglesia nestoriana como la católica caldea intentaron de forma intermitente recuperar su antigua influencia en la India enviando a sus obispos a los cristianos malabares.

Uno de los obispos consagrados en 1503 por el el patriarca Eliya V, Yaʿqob, trabajó junto a la jerarquía eclesiástica portuguesa en la India hasta su muerte en 1553. Inicialmente, la relación entre los cristianos indios nativos y los portugueses fue amistosa. Los cristianos que habían perdido los derechos comerciales debido a la invasión árabe y el declive de la Iglesia en Oriente Medio, encontraron esperanza en los nuevos comerciantes que les quitaron el monopolio del comercio a los árabes musulmanes.

Después de la muerte del metropolitano mar Yaʿqob y del cisma de la Iglesia del Oriente de 1552, que dio lugar a que hubiera dos patriarcas rivales, uno de los cuales entró en comunión con la Iglesia católica, el patriarcado de Mosul y Athur. Ambos patriarcas, el patriarca nestoriano y el patriarca católico caldeo, comenzaron a enviar obispos a la India. Aparentemente, el primer obispo que llegó a Malabar fue mar Abraham enviado por el patriarca nestoriano tradicionalista. No se sabe exactamente cuándo llegó Abraham a Malabar, pero debe haber estado allí ya en 1556. Aproximadamente al mismo tiempo, el patriarca caldeo Abdisho IV Maron también envió a un obispo a Malabar, a Joseph Sulaqa, hermano del primer patriarca caldeo Yohannan Sulaqa, a quien el papa Julio III mediante la bula Divina disponente clementia del 20 de abril de 1553 le reconoció que su jurisdicción se extendía también a la India:^[2]​

Patriarcha de Muzal et insulae Tigris ac ceterarum civitatum et terratum orientalium eidem Patriarchae subjectarum, necnon monasteriorum eiusdem nationis in Sin Massin et Calicuth ac tota India existentium eidem etiam Patriarchae subditorum dum viveret presidebat...

Mar Joseph fue enviado a la India con cartas de presentación del papa a las autoridades portuguesas; además, lo acompañaban el obispo Ambrosio, dominico y comisario papal del primer patriarca, su socio, el padre Antonio, y mar Elias Hormaz, arzobispo de Diyarbakır. Llegaron a Goa en noviembre de 1556,^[3]​ y permanecieron allí dieciocho meses antes de que se les permitiera entrar en la diócesis.^[4]​ Cuando los portugueses fueron finalmente alertados por la presencia de mar Abraham, permitieron a mar Joseph ocupar su sede.^[5]​ Al dirigirse a Cochín, perdieron al obispo Ambrosio; los demás viajaron a pie por Malabar durante dos años y medio, visitando cada iglesia y asentamiento aislado.^[6]​ Mar Elias regresó a su propio arzobispado de Diyarbakır en Mesopotamia. De esta manera, nominalmente hubo dos obispos rivales de Siria Oriental en Malabar hasta 1558.

Debido el cisma producido entre los dos metropolitanos rivales, mar Joseph recurrió a los portugueses en busca de ayuda. Estos arrestaron a mar Abraham y lo embarcaron a Europa. Pero en el camino logró escapar en Mozambique, regresó a Mesopotamia y se dirigió directamente a mar Abdisho IV, el patriarca católico caldeo, tras comprender por la experiencia india que, a menos que consiguiera una nominación suya, sería difícil establecerse en Malabar.^[7]​ El patriarca Abdisho IV, reconsagró a mar Abraham como obispo de la Iglesia católica caldea y lo envió a Roma. Pero todas las órdenes que había recibido habían sido conferidas en la Iglesia oriental independiente y, por lo tanto, eran inválidas desde el estricto punto de vista romano.^[8]​ Para disipar todas las dudas, el papa Pío IV dispuso que todas las órdenes, hasta el episcopado incluido, le fueran conferidas discretamente a mar Abraham. El patriarca de Venecia había ordenado a mar Abraham en Venecia, desde la tonsura hasta el sacerdocio. Así, por tercera vez, fue consagrado obispo. Sin embargo, Abraham también logró obtener del papa su nominación como arzobispo de Angamaly con cartas del papa al patriarca caldeo para que lo designara arzobispo metropolitano, al arzobispo de Goa y al obispo de Cochín, fechadas el 27 de febrero de 1565.^[9]​ El papa quería que mar Abraham reinara junto con mar Joseph y solicitó al patriarca Abdisho que dividiera la diócesis entre ambos. Tanto el patriarca como el papa, tras unirse para enviar a mar Abraham a la India, le otorgaron autoridad para dividir la esfera de los cristianos de Santo Tomás —las estribaciones y tierras altas de los Ghats Orientales, conocidas como la Serra— entre él y mar Joseph^[10]​ Pero este acuerdo nunca se llevó a cabo, ya que mar Joseph, tras ser acusado de no haber abandonado su lealtad a la Iglesia del Oriente, fue arrestado y el virrey lo destituyó y envió a Portugal en 1568 para que la Santa Sede se ocupara de su caso,^[6]​ muriendo en Roma en 1569.^[10]​

Siguiendo el pedido del papa Pío IV, el patriarca caldeo trasladó el 29 de agosto de 1567 al metropolitanato caldeo desde Cranganor a Angamaly, pasando a ser la arquidiócesis metropolitana de Angamaly con mar Abraham como metropolitano. El patriarca preveía la erección de sedes sufragáneas en la provincia eclesiástica de Angamaly.

Mar Abraham llegó a Goa en 1568. A pesar de la aprobación expresa del papa, no fue bien recibido por el virrey portugués en la India y fue arrestado por segunda vez y confinado en un monasterio.^[11]​^[12]​ Mar Abraham fue detenido en un convento, pero escapó y entró en Malabar, donde dirigió a sus fieles en la zona serrana de Angamaly, alejándose de la costa y desafiando a los portugueses hasta su muerte. Mientras tanto, el patriarca nestoriano Eliyya VII (1576-1591), que descubrió que mar Abraham había cambiado su lealtad al lado caldeo, envió a Malabar a otro metropolitano, mar Simon, quien trabajó en Malabar durante ocho años, pero fue capturado por los portugueses en 1584 y enviado a Lisboa, donde murió en 1599.^[13]​ Aunque la diócesis de Cochín se erigió el 4 de febrero de 1558 y se colocó bajo la arquidiócesis de Goa, solo afectó a los latinos y no a los cristianos de Santo Tomás. Los portugueses miraron a Abraham con recelo y algunos escritores de esa nacionalidad declararon que murió hereje "de un grado sin igual", mientras que otros estudiosos dicen que murió en unión con Roma a principios de 1597.^[14]​^[15]​

Joseph Sulaqa y Abraham, que eran metropolitanos enviados desde el patriarcado caldeo, habían recibido la confirmación del obispo de Roma. Pero la Iglesia no estaba sujeta a la arquidiócesis de Goa del Padroado portugués, elevada a provincia metropolitana el 4 de febrero de 1558. Por lo tanto, los portugueses comenzaron sus esfuerzos para aislar a la Iglesia de la India de la jurisdicción de la Iglesia del Oriente. Tras la muerte de mar Abraham, el arzobispo de Goa, Aleixo de Meneses, inició sus esfuerzos para someter Angamaly a la jurisdicción de Goa. Meneses nombró como administrador de la arquidiócesis al jesuita Francisco Roz, quien había sido consejero de Abraham y superior del seminario de Vaipicota durante doce años.

Meneses convocó el Sínodo de Diamper, que tuvo lugar entre el 20 y el 26 de junio de 1599, y que implementó diversas reformas litúrgicas y estructurales en la Iglesia india. Asistieron al sínodo 153 sacerdotes locales y 660 representantes laicos bajo la presidencia de Meneses. El Sínodo de Diamper logró uno de los objetivos de la política portuguesa en Kerala: separar a los cristianos sirios de Malabar del patriarca caldeo y extender la influencia del Padroado portugués en la India. La liturgia siríaca oriental de Addai y Mari fue "purificada del error"; y se introdujeron vestimentas, rituales y costumbres latinas para reemplazar las antiguas tradiciones. El sínodo también prohibió el uso y destruyó un cierto número de libros siríacos.^[16]​

El propio Meneses insistió en que se nombrara a un latino para la sede de Angamaly. Así, en el consistorio del 20 de diciembre de 1599, la Santa Sede aceptó las peticiones de Meneses con la condición de que la arquidiócesis se redujera a diócesis; en el mismo consistorio Francisco Roz fue nombrado obispo de Angamaly. Recibió la consagración episcopal en Goa el 25 de enero de 1601.^[17]​ Como resultado, el rey de Portugal obtuvo el derecho de nominación a la antigua sede de Santo Tomás en Malabar. La arquidiócesis de Angamaly, degradada a diócesis sujeta al Padroado portugués, se convirtió en sufragánea de la arquidiócesis de Goa el 4 de agosto de 1600 mediante el breve In supremo militantis del papa Clemente VIII.^[18]​

• José Sulaca (Mar Joseph Sulaqa) † (1555-1567)
• Abraão de Angamalé (Mar Abraão) † (1567-1597)