Mercado Pago fue fundada en 2003 como una solución para procesar los pagos dentro de Mercado Libre. El objetivo inicial fue ofrecer una pasarela de pagos interna para vendedores y compradores en la plataforma.^[4]​ Es considerada como una de las principales billeteras virtuales por los diferentes servicios que ofrece.^[5]​

A partir de 2009, comenzó su expansión como herramienta de cobro para comercios, y su llegada a Brasil fue un hito clave en su regionalización. La cuenta digital logró llegar a diferentes países de la región como Chile, Colombia, Uruguay, Perú y México.

En 2014, la compañía lanzó su aplicación móvil para operar desde celulares y smartphones.^[6]​ En los años siguientes, incorporó una serie de funcionalidades que ampliaron su alcance y consolidaron su presencia regional.

En 2017 lanzó su servicio de créditos para individuos y comercios. Esta funcionalidad se llama Mercado Crédito y permite entregar préstamos desde la app.^[7]​ Con el tiempo, el servicio se expandió a varios mercados de la región. Esta herramienta es utilizada por negocios, empresas y personas para la financiación de consumo y capital de trabajo.

En 2018 comenzó a desarrollar en Argentina la red cobro a través de código QR.^[8]​ Este permitió que comercios y emprendedores pudieran cobrar por primera vez con medios electrónicos, sin necesidad de terminales físicas ni cuentas bancarias.^[9]​ Este medio de cobro promovió la digitalización del dinero, impulsando la inclusión financiera en el país.^[10]​ En paralelo amplió el uso de sus dispositivos Point, terminales móviles que permiten cobrar con tarjetas prepagas, de débito y crédito.^[11]​

A partir de 2019 incorporó progresivamente en los países donde opera herramientas de inversión a la cuenta digital, permitiendo que los usuarios generaran rendimientos con sus saldos con liquidez inmediata. Además, la plataforma desarrolló la funcionalidad Reservas, que permite a los usuarios separar fondos dentro de su cuenta digital y asignarlos a metas o plazos específicos a la par que generan rendimientos; y habilitó también la compra y venta de criptomonedas a través de la aplicación en Brasil, México y Chile.^[12]​^[13]​

Durante la pandemia de COVID-19, Mercado Pago contribuyó a la digitalización del comercio minorista y al aumento del acceso a servicios financieros, con más de 500.000 pymes que utilizaron la plataforma para realizar transacciones.^[14]​ En 2021, comenzó a ofrecer seguros de vida y accidentes personales, integrando esta funcionalidad dentro de su plataforma digital.^[15]​

Además de la tarjeta prepaga física y virtual, la compañía también ofrece tarjetas de crédito. En México, en menos de un año, superó el millón de tarjetas de crédito emitidas.^[16]​

En Argentina y Brasil, Mercado Pago habilitó una cuenta digital para adolescentes, orientada al fomento de habilidades financieras desde edades tempranas. La apertura de estas cuentas está sujeta a la autorización de un adulto responsable, quien puede acceder a funcionalidades de control parental.^[17]​

En 2024, Mercado Pago comenzó a desarrollar funciones de pagos transfronterizos, permitiendo a los usuarios pagar en otros países desde su cuenta y sin necesidad de cambiar divisas.^[18]​ Desde diciembre de ese año, los argentinos pueden utilizar su cuenta digital para realizar pagos en comercios de Uruguay escaneando códigos QR con las tarjetas cargadas en su aplicación.^[19]​ En febrero de 2025 se habilitó también la posibilidad de que turistas brasileños abonen con Pix en comercios de Argentina, utilizando el sistema QR en las terminales Point Smart.^[20]​

Mercado Pago incorporó funciones relacionadas con pagos en el ámbito de la movilidad urbana, como la recarga y validación de medios de transporte desde la aplicación, el uso de códigos QR para abonar el transporte público en ciudades como Buenos Aires y Santiago de Chile, y la integración con el sistema TelePASE en Argentina para el pago en autopistas.^[21]​^[22]​

En mayo de 2025 actualizó su identidad visual como parte de una estrategia regional de integración con el ecosistema de Mercado Libre. La modificación incluyó la incorporación del color amarillo característico de la marca, mientras se mantuvo el logotipo original.^[23]​