Algunos indicios hacen pensar que después se trasladó a Valencia, donde asumió la dirección de la capilla de Fernando de Aragón, duque de Calabria o, al menos, estuvo vinculado con los estamentos musicales de esta ciudad. De hecho, al menos tres de sus obras aparecen en el cancionero vinculado a dicha capilla (Cancionero del duque de Calabria, también conocido como Cancionero de Upsala).
Después se piensa que se trasladó a Sigüenza, donde también fue maestro de capilla, quizás de 1537 a 1539. De 1544 a 1548 ostentaría el mismo cargo en el castillo de Arévalo, en la capilla de las Infantas María y Juana de Castilla, las dos hermanas menores de Felipe II.
A Mateo Flecha se le conoce principalmente por sus ensaladas. Estas son composiciones para cuatro o cinco voces, concebidas para diversión de los cortesanos y que alcanzaron gran fama en las fiestas palaciegas. En ellas se mezclan con frecuencia, diferentes lenguas como castellano, catalán, italiano, francés o latín , también se juntaban distintas formas musicales como el contrapunto o la homofonía. Aparte de las ensaladas, también compuso villancicos.
Las ensaladas fueron recopiladas y publicadas en Praga, en 1581, por su sobrino Mateo Flecha el Joven. De las once ensaladas que compuso, sólo seis, El jubilate, La bomba, La negrina, La guerra, El fuego y La justa nos han llegado completas. De las restantes falta una voz. El cantate se da por perdida, ya que su sobrino no quiso publicarla por considerarla demasiado larga.
A continuación se detallan las obras conservadas de Mateo Flecha. Los códigos de la columna de «Fuentes» musicales se especifican más abajo. Los de la columna de «Grabaciones» se especifican en la sección de «Discografía».
Estas obras se encuentran en las siguientes fuentes musicales:
Manuscritos
CMB - Barcelona, Biblioteca de Cataluña, Ms 454 (Cancionero de Barcelona).
CAI - Barcelona, Biblioteca de Cataluña, Ms 588 I
CII - Barcelona, Biblioteca de Cataluña, Ms 588 II.
CMM - Palma de Mallorca, Fundación Bartolomé March (olim Madrid, Biblioteca Privada de Bartolomé March Servera, R. 6829 (861); olim Biblioteca de la Casa del Duque de Medinaceli, MS 13230) (Cancionero de Medinaceli).
Libros impresos:
UPP - Villancicos de diversos autores. Jerónimo Scotto. Venecia. 1556 (Cancionero de Upsala)
ENS - Las ensaladas de Flecha. Mateo Flecha el joven. Editor: Lorge Negrino. Praga. 1581. Sólo se conserva la parte del bajo.
DIF - Le difficile de Chansons. Second Livre. Jacques Moderne. Lyon. Contiene la ensalada La justa, denominada aquí La Bataille en Spagnol.
Además las siguientes fuentes contienen transcripciones en cifra para voz y vihuela:
La siguiente discografía se ha ordenado por año de grabación, pero la referencia es la de la edición más reciente en CD. No se incluyen las recopilaciones, sólo los discos originales.
1968 - [ARS]Le Moyen-Age Catalan. Ars Musicae de Barcelona. Eric Gispert. Harmonia mundi HMA 190 051.
1973 - [RIC]Die Instrumentalvariation in der Spanischen Renaissancemusik. Ricercare y Ensemble für Alte Musik Zürich. Michel Piguet y Jordi Savall. . Edición en CD en la compilación: Reflexe Vol. 3 Stationen Europäischer Musik.
1977 - [CAR]Ensaladas de Mateo Flecha, el viejo. Coral Carmina, Solistas y Conjunto Instrumental. Jordi Casas. MEC 1015
1997 - [ANG]México Barroco / Puebla V. Missa de la Batalla / Fabián Ximeno Pérez. Angelicum de Puebla. Benjamín Juárez Echenique
1998 - [LAC]Roncevaux: Échos d'une bataille. Évocation musicale de la Chanson de Roland. Ensemble Lachrimae Consort, Ensemble vocal «La Trulla de Bozes». Philippe Foulon. Mandala MAN 4953.
1999 - [CON]The Victory of Santiago. Voices of Renaissance Spain. The Concord Ensemble. Dorian 90274.
1999 - [ORP]Fuenllana. Libro de música para vihuela, intitulado Orphénica Lyra. Orphénica Lyra. José Miguel Moreno. Glossa 920204. 1999.
2000 - [REI]Carlos V. Mille Regretz: La Canción del Emperador. La Capella Reial de Catalunya. Hespèrion XXI. Jordi Savall. Alia Vox AV 9814.
2000 - [HAR]Fire-Water. The Spirit of Renaissance Spain. The Harp Consort, The King's Singers'. Andrew Lawrence-King. RCA
2003 - [VOC]Oyd, oyd, los vivientes. Llibre Vermell de Montserrat - La Justa. Collegium Vocale de Madrid, Kaléndula, Ensemble La Danserye. M. Á. Jaraba. Lachrimae LCD 9711.
2003 - [NOT]El Fuego. Musique polyphonique profane di Siècle d'Or. Música de la Corte. Eduardo Notrica. Voice of Lyrics VOL BL 703
Mateo Flecha - Villancicos. edic. Eduardo Sohns (Eduardo Sohns, Buenos Aires, 2011) (http://www.eduardosohns.com.ar/web/musica-antigua/flechavil.php(enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).)