Nació en Bruselas del entonces gobernador de los Países Bajos, el cardenal-infante don Fernando y de una dama cuya identidad se desconoce.^[3]​^[4]​

Fue traída a España para ser criada en el convento de las Descalzas Reales de Madrid adonde llegó en 1646, con tan solo cinco años.^[5]​^[6]​ Profesó como religiosa el 28 de marzo de 1659.^[2]​ Durante sus primeros años tuvo como mentora a su pariente, doña Ana Dorotea, Marquesa de Austria, monja bajo el nombre de sor Ana Dorotea de la Concepción. Posteriormente ingresaría en el convento su sobrina segunda Margarita de Austria (1650-1686), hija de su primo don Juan José de Austria, hijo de Felipe IV. Con todas ellas se perpetuó el foco de la casa de Austria en el convento.^[7]​

Durante su vida religiosa mantuvo correspondencia epistolar con las reinas Mariana de Austria y Mariana de Neoburgo, así como con otros miembros de la familia real. También mantuvo correspondencia y relación con el embajador imperial en Madrid, el conde de Pötting.^[7]​

Murió el día 3 de septiembre de 1715, siendo la última representante de la rama española de la casa de Austria. A su muerte, Felipe V decretó que todas las abadesas de las Descalzas Reales gozarían de la dignidad de grande de España.^[8]​

1. ↑ López, Rocío Martínez (2013). Sor Mariana de la Cruz y Sor Ana Dorotea de Austria: el poder de las religiosas Habsburgo de las Descalzas Reales de Madrid. Consultado el 20 de septiembre de 2018. 
2. ↑ ^{a b} Vilacoba Ramos, Karen María; Muñoz Serrulla, María Teresa (2010). «Las religiosas de las Descalzas Reales de Madrid en los siglos XVI-XX: fuentes archivísticas». Hispania Sacra 62 (125). ISSN 0018-215X. Consultado el 20 de septiembre de 2018. 
3. ↑ Flórez, Enrique (1790). Memorias de las reynas catholicas: historia genealogica de la Casa Real de Castilla y de León, todos los infantes, trages de las reynas en estampas y nuevo aspecto de la Historia de España.... en la oficina de la viuda de Marin. Consultado el 20 de septiembre de 2018. 
4. ↑ «BLKÖ:Habsburg, Maria de la Cruz». Wikisource.org (en alemán). Consultado el 8 de enero de 2019. 
5. ↑ Vilacoba Ramos, Karen María (2005). Cartas familiares de una reina: relaciones epistolares de María Teresa de Francia y las descalzas reales. Consultado el 20 de septiembre de 2018. 
6. ↑ Hispaniarvm et Indiarvm Rex, Carolvs II (4 de junio de 2011). «Los hijos naturales del cardenal-infante don Fernando». Reinado de Carlos II. Consultado el 20 de septiembre de 2018. 
7. ↑ ^{a b} Ramos, Karen María Vilacoba (28 de marzo de 2014). El monasterio de las Descalzas Reales y sus confesores en la Edad Moderna. Editorial Visión Libros. ISBN 9788415965251. Consultado el 20 de septiembre de 2018. 
8. ↑ «Madrid, 10 de Septiembre de 1715.—Fallecimiento de súbditos reales. El Rey concedió merced perpetua de Grande de España a las Madres Abadesas del Real Convento, que es la Excelentísima Señora Sor Melchora María de Jesús». Gaceta de Madrid. 10 de septiembre de 1715. 

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