Margarida Cardoso nació en 1963 en la ciudad de Tomar y a los tres años se fue con su familia a Mozambique, donde estaba destinado su padre, que era militar de la aviación portuguesa. Hasta 1975, año en que regresó a Portugal a la edad de 12 años, vivió en varias ciudades mozambiqueñas, concretamente en la antigua Lourenço Marques (actual Maputo), en Nampula y en Beira.^[1]​^[2]​^[3]​^[4]​

De regreso a Portugal, fue a vivir con sus padres en Tancos y a los 15 años fue a estudiar a la Escuela de Arte António Arroio (Lisboa), donde realizó el curso de Imagen y Comunicación Audiovisual.^[1]​^[2]​^[5]​^[6]​ Tras finalizar sus estudios, comenzó a trabajar en cine en 1983, en la serie Histórias de Mulheres del director Lauro António. Entre otros roles, trabajó como asistente de dirección, anotadora y fotógrafa de escena, en Portugal y en Francia donde vivió durante varios años. Trabajó en más de 50 películas de directores como: Edgar Pêra, Alexander Sussmann, Inês de Medeiros, João Botelho, Joaquim Leitão, João Pedro Ruivo, Jorge Marecos Duarte, Lauro António, Luís Galvão Teles, Solveig Nordlund, entre otros.^[2]​^[4]​^[7]​

Se dio a conocer por la película A costa dos murmúrios, en la que explora temas coloniales y poscoloniales, desde una perspectiva muy singular que se evidencia en varias de sus películas.^[6]​^[8]​

En 1996 debutó como directora con el cortometraje Dois Dragões.^[9]​ Le siguen Natal 71, Kuxa Kanema - O Nascimento do Cinema, A costa dos murmúrios, por la que ganó premios en varios festivales y obtuvo reconocimiento internacional, e Yvone Kane, en la que Margarida Cardoso exploró temas coloniales y poscoloniales, basados en la memoria y sentimientos de pérdida y culpa.^[8]​^[2]​^[10]​^[11]​

También es profesora de Cine, Vídeo y Comunicación Multimedia en la Universidad Lusófona de Lisboa desde 2005. También es tutora del Máster Docnomads en The Mobile Film School.^[12]​^[13]​^[14]​

Ganó el Premio al Mejor Documental Portugués en los Encuentros de Cine de Malaposta en 1999, por su documental Natal 71.^[15]​

Con A costa dos murmúrios recibió varios premios en 2004 y 2005, entre ellos el Premio Léopards de Demain en el Festival Internacional de Cine de Locarno, una Mención Especial en el Festival Internacional de Cine de Mannheim - Heidelberg y Mejor Película en Caminhos do Cinema Português.^[16]​

Fue condecorada por el Estado portugués con el grado de Comendador de la Orden del Infante Don Enrique el 8 de marzo de 2005.^[17]​ En 2007 recibió el Gran Premio TOBIS al Mejor Largometraje en el DocLisboa de ese año, por el documental Era Preciso Fazer as Coisas.^[18]​^[19]​

Con Yvone Kane, ganó el Premio al Mejor Largometraje en el festival Caminhos do Cinema Português en 2015 y fue premiada dos veces en los Premios Autores al año siguiente, con los Premios a Mejor Película y Mejor Guión.^[20]​^[21]​

En 2015 se creó en la Universidad L'Orientale de Nápoles la “Cátedra Margarida Cardoso”, un centro de investigación creativa inspirado en sus películas.^[22]​^[23]​^[24]​

Películas dirigidas:^[2]​^[4]​^[5]​

• 1996 - Dos dragones
• 1998 - La Tierra vista desde las nubes: Historia del cine portugués 1986-1997, documental
• 1999 - Navidad 71, documental
• 1999 - Entre nosotros
• 1999 - Al otro lado, cortometraje
• 2000 - Con casi nada, documental
• 2003 - Kuxa Kanema: El nacimiento del cine, documental sobre el Instituto Nacional de Cine de Mozambique
• 2004 - La Costa del Murmullo
• 2007 - Era necesario hacer cosas, un documental que sigue los ensayos de la obra Tío Vania
• 2008 - El código de la vida de A. Montrond, cortometraje documental sobre el conde francés Armand de Montrond
• 2008 - Aljubarrota, documental sobre la batalla de Aljubarrota
• 2010 - Licínio de Azevedo: Crónicas de Mozambique, documental sobre el cineasta mozambiqueño
• 2013 - Atlas^[25]​
• 2014 - Yvone Kane^[3]​