La relación del kanuri y el tubu (tebu) ya fue reconocida por H. Barth en una carta a Karl Richard Lepsius de 1853.^[1]​ Más tarde, Gustav Nachtigal (1881, 200) identificó el parentesco con otras lenguas geográficamente cercanas y propuso la denominación "sahariana" para la familia de lenguas. Este mismo autor concluyó que la familia sahariana podía dividirse en una rama occidental (a la que pertenecían el kanuri y el tebu) y una rama oriental (formada por el zaghawa y el berti). Lukas (1939) delimitó definitivamente la familia mediante el término "sahariano oriental"^[2]​ que J. Greenberg rebautizó como "sahariano central", dividiendo la familia en tres ramas. Sin embargo los autores posteriores volvieron a la división clásica en dos ramas, esta división bipartita está bien fundamentada sobre la base del porcentaje de cognados.

La clasificación interna basada en el porcentaje de cognados en la lista de Swadesh entre las diversas lenguas se llega a la siguiente clasificación:^[3]​

Las lenguas saharianas son consideradas parte de las lenguas nilo-saharianas, aunque dicha agrupación es algo controvertida. Dentro de las lenguas nilo-saharianas, L. Bender considera que las lenguas saharianas constituyen una rama independiente sin un parentesco cercano con las otras ramas. Ehret conjetura que podría postularse una rama sahariana-saheliana, que englobara tanto a las lenguas saharianas como al grupo maba y el grupo songhay, aunque dicha hipótesis no tiene el consenso de los especialistas.

Los numerales en diferentes lenguas saharianas son:^[4]​

GLOSA	Ber (Oriental)			Kan (Kanuri)			Tu (Tebu)			PROTO- SAHARIANO
	Berti	Bideyat	Zaghawa	Kanembu	Kanuri central	PROTO- KAN	Dazaga (Tubu)	Tedaga	PROTO- TU
'1'	sang	néko	nɔ́kkɔ	tūló	tìlo	*tul(i)Co	tə̀ɾɔ̌n	tɾɔ̀ɔ́	*turono	*tul-
'2'	su	sui	súyi	yìndí	ìndi	*yandi	tʃúú	cúː	*cuu	*cui~*sui
'3'	soti	ué	wɛɛ	yàkú	yàkkə	*ʔasuku	àɡʊ̀zʊ́ʊ́	ògòzú	*akuzu	*akusu
'4'	sitti	ešté	ístîː	dīyə̄u	degə	*dig-	tʊ̀zɔ́ɔ́	tʊ̀zɔ́ː	*tuzzo	*sui-ti-suit(?)
'5'	pi	hué	hóíyi	úù	uwù	*vogu	fòú	fɔ́ː	*fohu	*βoɣu
'6'	duuti	dèštè	dɛ́stɛ́	àràkú	àràkkə	*arusku	dìsí	dɪ̀sɪ́ː	*dessi	*desti
'7'	taiti	dešté	dístiː	túlùr	tulùr	*tullor	túrùsù	túrùsù	*turesiu	*tur+siu *tur-ar
'8'	kuuzi	uèttè	ɔ́ttɛ́	ùskú	wùskú	*wusuku	wʊ́ssʊ̀	jʊ́sʊ̀	*wossu	*wasuku
'9'	kiddasi	dišti	dístî	lár	lə̀gar/ làar	*lakkir	jìsìí	jìsíː	*jissi
'10'	musang	sagoti	sógódí	mìyòu	mèwu	*mi(a)oga	mʊ́rdə̀m	mʊ́rdɔ̀m	*murdom

• Barth, Heinrich. Letter to K.R. Lepsius. Zeitschrift der Gesellschaft für Erkunde zu Berlin 2, 372-74, 384-87.
• Bender, Lionel M. 1996. The Nilo-Saharan Languages: A Comparative Essay. München - Newcastle: Lincom.
• Ehret, Christopher. 2000. A Historical-Comparative Reconstruction of Nilo-Saharan. Köln: Köppe.
• Greenberg, Joseph H. 1950. The Eastern Sudanic Family. Southwestern Journal of Anthropology 6/2, 143-160.
• Jakobi, Angelika & Crass, Joachim. 2004. Grammaire du beria (langue saharienne). Köln: Köppe.
• Nachtigal, Gustav. 1879-81-89. Sahara und Sudan. Ergebnisse sechsjähriger Reisen in Afrika, I-III. Berlín
• Petráček, Karel. 1985. Das Saharanische und die nilo-saharanische Sprachfamilie. Acta Universitatis Carolinae - Philologica 4, 71-95.
• Petráček, Karel. 1988. The BER-Group of Saharan Languages. Archiv orientální, 129-136.
• Petráček, Karel. 1987. Berti or Sagato-a (Saharan) Vocabulary. Afrika und Übersee 70, 163-193.
• Václav Blažek (2007): "On application of Glottochronology for Saharan Languages", Viva Africa 2007. Proceedings of the IInd International Conference on African Studies (April 2007), ed. Tomáš Machalík & Jan Záhořík. Plzeň: Dryáda 2007[08], 19-38.