Las lenguas kuki-chin y naga son lenguas clasificadas dentro del grupo tibetano-birmano de las lenguas sino-tibetanas. Claramente el grupo kuki-chin es un grupo filogenético claro, pero el conjunto de lenguas clasificadas como "grupo naga" no es un grupo filogenético firmemente establecido y tampoco está clara que las "lenguas kuki-chin-naga" constituyan una rama filognética dentro del tibetano-birmano.

Existe acuerdo general en que el karbi está relacionado con austro-asiáticas, aunque resulta muy aberrante dentro de esta familia. Sin embargo, Thurgood (2003) sigue clasificando el karbi dentro del austroasiático. El mru en otro tiempo clasificado como una lengua kuki se clasifica actualmente dentro del austroasiático.

La clasificación inicial de las lenguas kuki-chin-naga propiamente dichas ha cambiado ligeramente desde que fueran propuestas como grupo hace más de un siglo. En particular la evidencia disponible permite reconocer un grupo kuki-chin y diversos grupos que algunos autores relacionan tentativamente con el kuki-chin. En concreto las lenguas denominadas colectivamente como "naga" no parecen constituir un grupo filognético probado. Bradley excluye un buen número de lenguas del grupo y considera que existe relación entre las siguientes:

• Karbi (Mikir): Karbi, Amri
• Kuki-chin
  • Central: Mizo (Lushai), Zyphe, Bawm (Banjogi), Hmar, Hakha (Lai Pawi), Ngawn, Senthang, Tawr, Zotung, Darlong, Pangkhua
  • Septentrional: Falam (Hallam, incl. Laizo, Zahao), Anal, Hrangkhol, Zo (Zou, Zome), Aimol, Biete (Bete), Paite, Siyin (Sizaang), Tedim (Tiddim), Thado, Chiru, Gangte, Kom, Lamkang, Chothe (Naga) (antes "Old Kuki"), Kharam (Naga), Milhiem, Monsang (Naga), Moyon (Naga), Purum (Naga), Tarao (Naga), Ralte, Ranglong, Sakachep, Simte, Vaiphei, Yos
  • Meridional: Shö (Asho/Khyang, Bualkhaw, Chinbon, and Shendu), Mara (Lakher), Khumi (Khumi proper and Khumi Awa), Daai (Nitu), Mro, Mün, Nga La, Welaung (Rawngtu)

Bradley (1997) incluye al meithei.

La clasificación de Burling es más conservadora y no considera probada la existencia de una rama kuki-chin-naga para él las lenguas comúnmente agrupadas dentrod el kuki-chin-naga pertenecen a diferentes grupos sinotibetanas cuya relación necesita ser esclarecida:

• Grupo Ao: Ao-Chungli, Ao-Mongsen, Yacham-Tengsa, Sangtam (Tukumi), Yimchungrü (Yachumi), Lotha (Lhota).
• Grupo Angami-Pochuri: Angami, Chokri, Kheza, Mao (Sopvoma), Pochuri (Sangtam meridional, Rengma oriental), Ntenyi, Meluri (Anyo), Pochuri, Simi/Sema, Rengma (propiamente dicho).
• Grupo Zeme: Zeme (Empeo, Kachcha), Mzieme, Liangmai (Kwoireng), Nruanghmei (Rongmei, Kabui), Puiron, Khoirao, Maram.
• Grupo Tangkhul: Tangkhul, Maring.
• Grupo Mizo-Kuki-Chin, dividido a su vez en:
  • Chin septentrional: Tiddim Chin, Siyin, Thado, Ralte, Paite, Gangte, Pawi, Chiru, Simte.
  • Chin central: Mizo (Lushai), Lai/Laizo, Hakha Lai, Zahao, Bawm (Banjogi), Mara (Lakher, Maram).
  • Chin meridional: Shö, Daai (Nitu), Khyang.
  • Kuki: Kom, Aimol, Bete, Hallam, Langrong, Anal, Chothe/Chote/Chawte, Hmar.
• Karbi (también llamado Arleng o Mikir)
• Meithei/Meitei (previamente llamado también Manipuri)

Los numerales comparados en lenguas kuki-chin, lenguas naga, metei y karbi:

GLOSA	PROTO- KUKI-CHIN	PROTO- AO	PROTO- ANG.-POCH.	PROTO- ZEME	PROTO- TANGKHUL	Meithei	Karbi (Mikir)
'1'	*kʰat	*(ə-)kʰa-		*kʰət	*(a-)kʰət	ə-mə	isi
'2'	*hniʔ	*ə-ni(t)	*k-ni	*k-ni	*kʰ-ni	ə-ni	hi-ni
'3'	*tʰum	*ə-sam	*k-san	*k-tʰum	*k-tʰum	ə-húm	ke-tʰom
'4'	*b-li	*b-li	*b-di	*mə-dai	*b-li	mə-ri	pʰ-li
'5'	*b-ŋa *r-ŋa	*b-ŋa	*b-ŋa~ *b-ŋo	*me-ŋai	*b-ŋa	mə-ŋa	pʰo
'6'	*t-ruk *k-ruk	*t-ruk	*ʦ-ro	*ʦ-ruk	*tʰ-ruk	tə-ruk	tʰ-rok
'7'	*s-riʔ *s-giʔ	*t-ni(t)	*ʦ-ni~ *s-ni	*ʦ-nai	*s-ni	tə-ret	6+1
'8'	*k-riat *t-riat	*tiza	*t-ʦa	*ʦ-ʦat	*t-ʦət	ni-pan 10-2	10-2
'9'	*t-kua	*t-ku	*t-ku	*ʦ-kiu	*t-ko	mə-pən 10-1	10-1
'10'	*sʰawm	*tərə	*t(i)-rə	*k-reu	*tʰ-ra	təra	kep~ kre-

Los guiones representan segmentaciones morfémicas introducas para mostrar más claramente las raíces emparentadas.

• lenguas lai

• George van Driem (2001) Languages of the Himalayas: An Ethnolinguistic Handbook of the Greater Himalayan Region. Brill.
• Thurgood, Graham (2003) "A subgrouping of the Sino-Tibetan languages: The interaction between language contact, change, and inheritance." In G. Thurgood and R. LaPolla, eds., The Sino-Tibetan languages, pp 13–14. London: Routledge.