Capell (1948-49) sugirió el parentesco con las lenguas Goroka, hipótesis que fue asumida por S. Wurm (1961, 1964). William A. Foley (1986) considera listas comparativas de vocabulario básico (ver más adelante léxico comparado) y muestra claras evidencias del parentesco con la slenguas Goroka.

Sobre la base de algunas reconstrucciones preliminares W. A. Foley, el proto-Kainantu el siguiente inventario consonántico:

	Labial	Alveolar	Palatal	Velar
oclusiva	*p	*t		*k
fricativa		*s
nasal	*m	*n
aproximante	*w		*y

En cuanto al inventario vocálico se reconstruyen al menos cuatro fonemas distintivos /*i, *a, *o, *u/, podría haber un sexto fonema reconstruible como /*aa/ o tal vez /*ɔ/ (esto explicaría algunas correspondencias regulares). En el apartado de comparación léxica se muestran algunas correspondencias que sustentan este sistema reconstruido.

Algunos términos tomados de la lista de W. A. Foley (1986) son:

	GLOSA	Awa	Auyana	Gadsup	Tairora	PROTO- KAINANTU
1	'dos'	tɔtare	kaiʔa	kaantani	taaraʔanta	*taata
2	'hombre'	wɛ	waiya	banta	bainti	*wai-
3	'agua'	no	nomba	nomi	namari	*no-(mb-)
4	'fuego'	ira	irama	ikai	iha	*i-ta-
5	'árbol'	ta	taima	yaani	katari	*ta-/ *ya-(?)
6	'hoja'	ɔnɔ	anama	anai	mare	*ana-
7	'raíz'	anuʔ	anuʔa	anuʔi	tuʔa	*
8	'casa'	nɔ	naamba	maʔi	naabu	*naambo
9	'seno'	nɔ	naamba	naami	naama	*naama
10	'diente'	awɛ	awaiyamba	abakuni	aabai	*a-wai
11	'hueso'	ayɔnta	ayaantamba	ayampai	buhaarima	*a-yampa-
12	'oreja'	ɔre	aʔa	aakami	aato	*aato
13	'pelo'	(a)yɔra	aayara	-nyoi	kauhi	*yaara(?)
14	'pierna'	ai	aisamima	akani	aiʔu	*ai-
15	'sangre'	nɛe	naema	naarei	naare	*nae-
16	'mano'	ayɔnobeh	ayamba	aayaami	kauʔu	*ya
17	'huevo'	au	auma	amuʔi	auru	*amu
18	'sol'	popoʔnah	aabauma	ikona	kauri	*po-
19	'hacha'	konaro	koraroba	kunataʔi	kaarima	*konato-
20	'bolsa de red'	unɔ	unaamba	unaami	uta	*
21	'comer'	nɔno	nare	naano	naana	*naano
22	'morir'	pukire	pukai	pukono	ʔutubiro	*puki-
23	'decir'	iraruwo	siyo	seʔu	tiena	*si-
24	'dar'	awiʔ	ami	ameno	amina	*ami-
25	'grande'	aanotɔ	anomba	inoʔna	nora	*no-mpa~ *no-ta

De esta lista de palabras pueden obtenerse cognados claros que permiten reconstruir las siguientes correspondencias fonéticas regulares:

Awa	Auyana	Gadsup	Tairora	PROTO- KAINANTU	Nº COGNADO
p	p/b	p	p	*p	18, 22
m	m	m	m	*m	24
t	t	l	t/r	*t	1, 25
	s	s		*s	23
n	n	n	n	*n	3, 6, 9, 15, 21
k	k	k	k	*k	19, 22
w	w	b	b	*w	2, 10
y	y	y		*y	16
a	a	a	a	*a	7, 10, 11, 14, 24
i	i	i	i	*i	4, 14, 24
u	u	u	u	*u	7, 20, 22
o	o	o	o	*o	3, 25
ɔ	a/aa	a/aa	aa	*aa	6, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 21

Los numerales en diferentes lenguas Kainantu:^[1]​

GLOSA	Gadsup-Awa				Tairora			PROTO- KAINANTU
	Agarabi	Awa	Gadsup	Usarufa	Binumarien	Tairoa sept.	Waffa
'1'	mana	morə́	ma̠nǎi	morama	mɔːʔdáː	βoʔaɪqa	mmuaa-vai	*maana
'2'	kan	tǽtɑ́re	kanta̠nnî	kaayaʔa	ʔaːɽɐʔɐ́ndɐ	tarau	taara- vaitana	*taata
'3'	kanú manaú	əpɑtə́ro	kamoré	kaomomo	2+1	taraumoru	taara- vooma	*taata-mana (2+1)
'4'	kamí kamí	itəréitəre	eríyéwá̠mi	kaayaʔte kaayaʔteʔa	2+2	2+2	taarama taarama	*2+2
'5'	dan manápá	moberíɑ	man̠a yá̠cmá̠nni	mora tiyaapaʔa	mɔːʔdáːnːɐi ʔísɐukːu	2+2+1	yaaku sai-vai	*
'6'	'mano'+1	'mano'+1	'mano'+1	'mano'+1		'mano'+1	'mano'+1	*'mano'+1
'7'	'mano'+2	'mano'+2	'mano'+2	'mano'+2		'mano'+2	'mano'+2	*'mano'+2
'8'	'mano'+3	'mano'+3	'mano'+3	'mano'+3		'mano'+3	'mano'+3	*'mano'+3
'9'	'mano'+4	'mano'+4	'mano'+4	'mano'+4		'mano'+4	'mano'+4	*'mano'+4
'10'	tiyan mikan	inajɑ́hnku	tiyǎnkanni	make tiyaakama	ʔísɐukːuʔɐɽɐ		yaaku- vaitana	*tiyan-kam-

• William A. Foley (1986). The Papuan Languages of New Guinea. Cambridge: Cambridge University Press. ISBN 0-521-28621-2. Google Books.
• Malcom Ross (2005). "Pronouns as a preliminary diagnostic for grouping Papuan languages." In: Andrew Pawley, Robert Attenborough, Robin Hide and Jack Golson, eds, Papuan pasts: cultural, linguistic and biological histories of Papuan-speaking peoples, 15-66. Canberra: Pacific Linguistics.