Capell (1948-49) sugirió el parentesco con las lenguas Kainantu, hipótesis que fue asumida por S. Wurm (1961, 1964). Scott (1978) proporcionó una lista comparativa de vocabulario básico comparado (ver más adelante léxico comparado).

Sobre la base de algunas reconstrucciones preliminares W. A. Foley propone para el proto-Goroka el siguiente inventario consonántico:

	Labial	Alveolar	Palatal	Velar
oclusiva	*p	*t		*k
fricativa		*s
nasal	*m	*n
aproximante	*w		*y

El fonema /*s/ es una reconstrucción muy tentativa tal vez podría tratarse de una aproximante [ɹ]. Los datos del Kainantu apoyan tanto la reconstrucción /*s/ como /*ɹ/ para el fonema que Foley reconstruye como /s/. En cuanto al inventario vocálico Foley reconstruye cinco fonemas distintivos /*i, *e, *a, *o, *u/. En el apartado de comparación léxica se muestran algunas correspondencias que sustentan este sistema reconstruido.

Algunos términos tomados de la lista de Scott (1978) son:

	GLOSA	Gende	Siane	BenaBena	Kamano- Yagaria	Foré	PROTO- GOROKA
1	'dos'	ogondrari	lele	loe	lole	tara	*tote
2	'hombre'	vei	we	vo	ve	wa	*wai
3	'agua'	nogoi	no	nagami	ni(na)	wani	*no(k)
4	'fuego'	tuva	yo	logo	hali	yakuʔ
5	'árbol'	izo	ya	yafa	yava	yaː	*ya(pa)
6	'hoja'	kuruma	aila	haya(ʔa)	haeya	aʔyeʔ	*
7	'raíz'	tovaya	lufawa	lufusa(ʔa)	havu	aubu	*supa-
8	'casa'	nomu	numu(na)	no(hi)	yo(na)	naːmaʔ	*nomo-
9	'seno'	ami-	ami(na)	amiha(ʔa)	ami(maʔa)	nono	*ami
10	'diente'	va(iza)	auma	yogo(ʔa)	(ä)veʔ	(a)wa	*wa
11	'hueso'	yami-	auma	felisa(ʔa)	(a)pu(va)	(a)yaːmpu	*yampu
12	'oreja'	ka-	ka(la)	(e)kesa(ʔa)	(ä)geta	(a)ge	*ke~*ka
13	'pelo'	yogo	yowa(la)	oka(ʔa)	(a)yokaʔ	(a)yaːʔ	*yoka
14	'pierna'	kia-	kiya(na)	gigusa(ʔa)	(a)gia	(a)gisaː	*kia
15	'sangre'	mamia-	wanu	golaha(ʔa)	gola(na)	koraːʔ	*kota
16	'mano'	ya	(a)na	yaha(ʔa)	(ä)ya	ya	*ya
17	'huevo'	mura	mula	mu(ʔa)	mu(na)	amuʔ	*mut(a)
18	'sol'	po	fo	yafi	yafo	yaːbu	*(ya-)po
19	'hacha'	tu	lu(na)	lu	lu	tuʔ	*tu
20	'bolsa de red'	ko	owo	gu(ʔi)	gu(na)	koʔ	*ko
21	'comer'	na-	n-	na-	no-	na-	*na-
22	'morir'	pri-	fol-	fili-	fili-	puri-	*puti-
23	'decir'	ti-	l-	li-	hi-	i-	*si-
24	'dar'	imi-	om-	m-	mi-	mi-	*(a)mi-
25	'grande'	namba	namba	napa	legapa	tabe	*(n)ampa

De esta lista de palabras pueden obtenerse cognados claros que permiten reconstruir las siguientes correspondencias fonéticas regulares:

Gende	Siane	BenaBena	Kamano- Yagaria	Foré	PROTO- GOROKA	Nº COGNADO
p	f	f	f	p/b	*p	18, 22
p	v	f	f	b		7
m	m	m	m	m	*m	9, 17, 24
t	l	l	l	t	*t	1, 15, 19
r	l	l	l	r		1, 17?, 22
n	n	n	n	n	*n	4, 8, 21
t	l	l	h	Ø	*s/*ɹ	4, 8, 21
k/g	k/g	g	g	k/g	*k	12, 13, 14, 15, 20
v	w	v	v	w	*w	2, 10
y	y	y	y	y	*y	5, 13
a	a	a	a/e/o	a	*a	5, 9, 10, 11, 14, 15, 16, 21, 25
i	i	i	i	i	*i	9, 14, 22, 23, 24
u	u	u	u	u	*u	7, 17, 19
e	e	e	e	e/a	*e	1, 2, 12
o	o	o	o	o	*o	3, 8, 13

Los numerales en diferentes lenguas Goroka:^[1]​

GLOSA	Fore	Gahuku-Benabena		Kamano-Yagaria			PROTO- GOROKA
		Alekano	Dano	Inoke- Yate	Keyagana	Yagaria
'1'	ká:ne	hamoʔ	hamoʔ	nagoke	magoke	bgotvoʔ	*mako-
'2'	tarawe	lositaʔ	setaʔ	togole	lole	rori/ lolemo	*tote
'3'	kakágawé	losive makole	setohomoʔ	togoli nagonagi	loleʔe magoʔe	rorigʔ bgotvagiʔ	*2+1
'4'	tarawatarawakíné	losive losive	setaʔve setaʔve	togoli togoli	loleʔe loleʔe	rorigʔ rorigʔ	*2+2
'5'	naya ká amúné			nako nayamaʔa	naya magokayaga	dzaʔ hatgidiʔ	*naya tote
'6'					5+1		*naya (ma)ko
'7'					5+2
'8'					5+3
'9'					5+4
'10'	naya: tára amúné			naya togole	naya lole		*naya tote

• William A. Foley (1986). The Papuan Languages of New Guinea. Cambridge: Cambridge University Press. ISBN 0-521-28621-2. Google Books.
• Malcom Ross (2005). "Pronouns as a preliminary diagnostic for grouping Papuan languages." In: Andrew Pawley, Robert Attenborough, Robin Hide and Jack Golson, eds, Papuan pasts: cultural, linguistic and biological histories of Papuan-speaking peoples, 15-66. Canberra: Pacific Linguistics.