Kyoto Animation fue cofundado en 1981 por la pareja casada Yoko y Hideaki Hatta; se convirtió en Yūgen gaisha en 1985 y Kabushiki gaisha en 1999.^[5]​ Yoko Hatta, quien se desempeña como vicepresidenta de la compañía, había trabajado como pintora en Mushi Production hasta que se mudó a Kioto después de casarse con su esposo, quien se desempeña como presidente.^[6]​ El logotipo de la empresa se origina en el kanji kyō (京, kyō^?), el primer carácter de Kyoto (京都, Kyoto^?).^[7]​

Desde 2009, Kyoto Animation ha acogido los premios anuales Kyoto Animation Awards en tres categorías: novelas originales, manga y escenarios. Algunas presentaciones ganadoras se publican bajo el sello KA Esuma Bunko de la compañía y tienen la posibilidad de ser adaptadas más tarde como anime.^[8]​ Chūnibyō Demo Koi ga Shitai!, Free!, Kyōkai no Kanata y Musaigen no Phantom World se basaron en novelas que recibieron una mención honorífica en este concurso.^[8]​^[9]​^[10]​ En 2014, la novela Violet Evergarden se convirtió en la primera y única obra hasta ahora en ganar un gran premio en cualquiera de las tres categorías.^[11]​

Kyoto Animation ha sido reconocida por sus altos valores de producción y «sensibilidad a las maravillas y dilemas de la vida cotidiana».^[12]​ A diferencia de la mayoría de los estudios de animación, los empleados de la empresa son asalariados en lugar de trabajadores independientes y reciben formación interna.^[13]​ Se ha citado que estas prácticas animan a los empleados a centrarse en la calidad del marco en lugar de las cuotas de producción.^[14]​^[15]​ La compañía ha recibido elogios por el trato positivo de su personal y fue honrada por Women in Animation con su Premio a la Diversidad en 2020 por sus esfuerzos para crear una fuerza laboral con equilibrio de género y alentar a las mujeres a ingresar a la industria.^[16]​

En abril de 2020, la compañía anunció que suspendería su trabajo durante un mes debido a la pandemia de COVID-19, extendiendo posteriormente el período hasta finales de mayo.^[17]​

Una empresa afiliada llamada Animation Do Co., Ltd. (株式会社アニメーションドゥウ, Kabushiki-gaisha Animēshon Dū^?), se estableció en 2000 para ayudar a la producción en Kyoto Animation.^[4]​ Originalmente se estableció como una oficina del estudio en Osaka, se incorporó como sociedad limitada en 2000, y luego como corporación en 2010. Ambas compañías eran dirigidas por Hideaki Hatta y se gestionaban conjuntamente como una sola. Produjeron trabajos prometedores bajo la etiqueta Animation Do con Kyoto Animation como su contratista principal y trabajaban como una empresa junto con Kyoto Animation. Trabajaron en la mayoría de los proyectos de animación de Kyoto Animation y muchos de ellos tienen firmas conjuntas. El 16 de septiembre de 2020, la publicación de National Printing Bureau anunció que Kyoto Animation absorbió Animation Do, que incluye todos los derechos y propiedades asociadas.^[18]​

En la mañana del 18 de julio de 2019, un incendio provocado en el primer estudio de Kyoto Animation en Fushimi-ku mató a 36 personas (incluidos los directores Yasuhiro Takemoto y Yoshiji Kigami),^[19]​^[20]​^[21]​^[22]​ hirieron a otras 34 (incluido el sospechoso) en diversos grados, y destruyó la mayoría de los materiales y computadoras del edificio. El sospechoso, Shinji Aoba, de 41 años,^[23]​ luego admitió haber cometido el ataque.^[24]​ En enero de 2024 fue declarado culpable y condenado a muerte.

En las tablas siguientes solo se enumeran las producciones en las que Kyoto Animation fue productor principal.

La siguiente lista muestra las novelas ligeras publicadas por Kyoto Animation bajo su sello KA Esuma Bunko:^[113]​

Creamer, Nick (2 de diciembre de 2015). «What Makes Kyoto Animation So Special?» (en inglés). Anime News Network. Consultado el 1 de agosto de 2021. 

• Sitio web oficial (en japonés)
• Sitio web oficial de Animation Do (en japonés)
• Kyoto Animation en la enciclopedia Anime News Network (en inglés)