Tres ciudades mostraron interés en ser sede de la segunda edición de los Juegos Panamericanos Junior:

•   Asunción: Faltando menos de tres días para el inicio de los Juegos Suramericanos de 2022, la capital paraguaya expresó interés en albergar esta versión del Pan, con el objetivo de reutilizar parte de la estructura que se utilizaría en los Juegos Suramericanos. Paraguay nunca antes había sido sede de una edición de los Juegos Panamericanos, así como también sería sede por primera vez de los Juegos Sudamericanos.^[3]​

•   Lima: La capital peruana buscaba una candidatura para las elecciones con el objetivo de impulsar el deporte en el país. Según el proyecto, la ciudad utilizaría buena parte de las estructuras que se habilitaron para los Juegos Panamericanos y los Juegos Parapanamericanos de 2019, al igual que lo haría sufrir algún tipo de modificación para adaptarse a los modelos actuales.^[4]​

•   Santa Marta: La ciudad costera de Colombia oficializó su candidatura el 22 de julio de 2022 y tendría como objetivo celebrar el aniversario de la región, que cumpliría 500 años. años en 2025. Además, la elección también serviría como prueba para los Juegos Panamericanos de 2027 y los Juegos Parapanamericanos de 2027, que se llevarán a cabo en Barranquilla. El país también fue sede de la primera edición de los Juegos Panamericanos Junior en 2021, a través de la ciudad de Calí y la región del Valle del Cauca, que también celebró el 50 aniversario de los Juegos Panamericanos de 1971, también en Calí.^[5]​

El proceso de elección de la segunda edición de los Juegos Panamericanos Junior se llevó a cabo el 28 de noviembre de 2022, durante una asamblea general de PanAm Sports en Miami, en los Estados Unidos.^[6]​Sólo las ciudades de Asunción y Santa Marta continuaban en la disputa final por definir la sede, ya que Lima se había retirado días antes.

La capital paraguaya recibió 32 votos contra 16 de la ciudad colombiana en una sola vuelta, siendo proclamada vencedora de la elección.

Cuatro meses después de la votación, Asunción se convirtió en sede oficial de la segunda edición de los Juegos Panamericanos Junior el 15 de marzo de 2023, en un acto formal de firma de contrato en Palacio de Gobierno, con la presencia de autoridades locales y miembros de PanAm Sports.

Los siguientes recintos albergarán los distintos deportes en la ciudad de Asunción y otras subsedes.

El 11 de octubre de 2024 el comité organizador confirmó que 28 deportes, cantidad similar a la edición anterior, con un total de 43 disciplinas, serán desarrollados en estos Juegos:^[7]​
Los deportes/disciplinas que debutarán en esta edición son: natación en aguas abiertas, BMX freestyle, tiro con escopeta, golf, esquí acuático, baloncesto 5x5, hockey y rugby 7.

Los 41 países miembros de la Organización Deportiva Panamericana enviarían delegaciones de deportistas. A continuación, los países participantes junto al código COI de cada uno:

• Página oficial.